萨拉·巴斯科夫斯基;文森特·莫尔顿;安德烈亚斯·斯皮尔纳;吴道阳 按循环顺序排列的树的邻域。 （英语） Zbl 1334.92288号 牛市。数学。生物。 77，第1期，46-70（2015）。 摘要：在系统发育学中，为一组物种构建进化树的一种常用策略是在所有这些树的空间中搜索一个优化给定评分函数（例如最小进化、简约或似然评分）的树。由于这可能是计算密集型的，最近有人建议将这种搜索限制在与集合（X）的循环次序兼容的所有树的集合中。因此，为了指导高效算法的设计以执行此类搜索，在树的邻域中找到与固定顺序兼容的树的数量的界限是很有意义的，该顺序由搜索树常用的某些树操作确定：最近邻交换（NNI），子树剪枝重植（SPR）和树二分和重连（TBR）操作。我们证明了与NNI操作相关联的二叉树的这种邻域的大小与树的拓扑无关，但SPR和TBR操作并非如此。我们还给出了SPR和TBR操作的二叉树邻域大小的严格上界和下界，并描述了获得这些上界的树的特征。 引用于1文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 关键词：系统发育树;最近邻互通式立交;子树修剪和重新修剪;树木平分和重新连接;邻居网;循环排序 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Baskowski}等人，公牛。数学。生物学77，第1期，46-70（2015；Zbl 1334.92288） 全文： 内政部 链接 参考文献： [1] Allen B，Steel M（2001）子树转移操作及其在进化树上的诱导度量。安·库姆5:1-15·Zbl 0978.05023号 ·doi:10.1007/s00026-001-8006-8 [2] Bansal MS，Eulenstein O（2008）An\[\omega\]ω（n\[\hat{}\]^2/log n）基因复制问题的tbr启发式加速。IEEE/ACM Trans-Comput生物信息（TCBB）5（4）：514-524·doi:10.1109/TCBB.2008.69 [3] Bastkowski S、Spillner A、Moulton V（2014）《使用邻域网捕捞最小进化树》。Inf过程通知114:13-18·Zbl 1332.92039号 ·doi:10.1016/j.ipl.2013.10.003 [4] Bryant D（1996）在二进制字符集中寻找树：提取、枚举和优化的有效算法。计算机生物学杂志3:275-288·doi:10.1089/cmb.1996.3.275 [5] Bryant D（1997）建造树木、狩猎树木和比较树木。新西兰坎特伯雷大学博士论文 [6] Bryant D（2004）树附近的裂缝。安·库姆8:1-11·Zbl 1094.68071号 ·doi:10.1007/s00026-004-0200-z [7] Bryant D，Moulton V（2004）邻域网：构建系统发育网络的聚合方法。分子生物学进化21:255-265·doi:10.1093/molbev/msh018 [8] Cleary S，St John K（2009）旋转距离是固定参数可控制的。Inf过程Lett 109:918-922·Zbl 1205.68531号 ·doi:10.1016/j.ipl.2009.04.023 [9] De Loera J、Rambau J、Santos F（2010）《三角剖分：算法和应用的结构，数学中的算法和计算》，第25卷。柏林施普林格·Zbl 1207.52002号 [10] Desper R，Gascuel O（2002）基于最小进化原理的快速准确系统发育重建算法。计算机生物学杂志9:687-705·Zbl 1016.68692号 ·doi:10.1089/106652702761034136 [11] Ding Y，Grunewald S，Humphries P（2011）关于协议森林。梳理论期刊A 118:2059-2065·兹比尔1231.05072 ·doi:10.1016/j.jcta.2011.04.013 [12] Felsenstein J（2004）推断系统发育。Sinauer Associates Inc，桑德兰 [13] Gordon K、Ford E、St John K（2013）《哈密尔顿进化树行走》。IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioninform（TCBB）10（4）：1076-1079·doi:10.1109/TCBB.2013.105 [14] Humphries P，Wu T（2013）《关于树木的邻里》。IEEE/ACM Trans-Comput生物信息10:721-728·doi:10.1109/TCBB.2013.66 [15] Jamison R（1987）树中的交替惠特尼和和匹配。离散数学67:177-189·Zbl 0649.05027号 ·doi:10.1016/0012-365X（87）90026-4 [16] Kubatko，L。；Friedman，A.（编辑），《系统发育树推断》，第1922号，第1-38页（2008年），柏林·Zbl 1300.92064号 ·doi:10.1007/978-3-540-74331-6_1 [17] Lemey P、Salemi M、Vandamme AM（2009）《系统发育手册：系统发育分析和假设检验的实用方法》。剑桥大学出版社·doi:10.1017/CBO9780511819049 [18] 李M，Tromp J，Zhang L（1996）关于进化树之间的最近邻交换距离。《Theor生物学杂志》182:463-467·doi:10.1006/jtbi.1996.0188 [19] Luccio F，Enriquez AM，Pagli L（2010）二叉树旋转距离的下限。Inf过程Lett 110（21）：934-938·Zbl 1379.05026号 ·doi:10.1016/j.ipl.2010.07.025 [20] Pournin L（2014）结合面体的直径。高级数学259:13-42·Zbl 1292.52011年 ·doi:10.1016/j.aim.2014.02.035 [21] Robinson D（1971）标记树与价三的比较。梳理论期刊B 11:105-119·Zbl 0185.27704号 ·doi:10.1016/0095-8956（71）90020-7 [22] Robinson D，Foulds L（1981）系统发育树的比较。数学生物科学53:131-147·兹比尔0451.92006 ·doi:10.1016/0025-5564（81）90043-2 [23] Sanderson MJ、McMahon MM、Steel M（2011）《进化树空间中的阶地》。科学333（6041）：448-450·doi:10.1126/science.1206357 [24] Semple C，Steel M（2003）《系统发育学》。牛津大学出版社·Zbl 1043.92026 [25] Semple C，Steel M（2004）循环排列和进化树。高级应用数学32:669-680·Zbl 1050.05027号 ·doi:10.1016/S0196-8858（03）00098-8 [26] Sleator D、Tarjan R、Thurston W（1988）《旋转距离、三角剖分和双曲线几何》。美国数学学会杂志1:647-681·Zbl 0653.51017号 ·doi:10.1090/S0894-0347-1988-0928904-4 [27] Tepe E，Farruggia F，Bohs L（2011）茄科茄属植物（Solaranum section Herpystichum，Solaranaceae）10个基因的系统发育和系统发育方法的比较。《美国医学杂志》98:1356-1365·doi:10.3732/ajb.1000516 [28] Whelan S，Money D（2010）树空间中的多购买流行率及其对树搜索的影响。分子生物学进化27:2674-2677·doi:10.1093/molbev/msq163 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。