维拉·瓦萨斯;克莉莎·费尔南多;安德拉斯·斯齐拉吉;伊斯坦·扎哈尔;莫罗·桑托斯;厄尔斯·萨塔马里 原始进化:僵局和挑战。 (英语) Zbl 1321.92053号 J.西奥。生物。 381, 29-38 (2015). 摘要:虽然人们普遍认为某些复制的非生物化合物是生命的前驱体,但对其可能的化学性质存在很大争议。新陈代谢第一种方法提出,简单有机分子的相互催化组能够自我复制和基本化学进化。特别是,描述两亲分子组装的梯度自催化复制域(GARD)模型受到了相当大的兴趣。该系统跨代传播成分信息,建议成为自然选择的目标。然而,进化模拟表明,该系统缺乏选择性(即选择对平衡浓度的影响可以忽略不计)。我们详细阐述了从GARD模型的例子中吸取的教训,更广泛地说,还阐述了进化性问题,并讨论了类似新陈代谢第一场景的含义。我们发现,GARD中假设的基于非共价键的简单合并型化学,在催化相互作用随机分布时,不太可能导致替代的自催化循环。一个更严重的问题源于催化因子的对数正态分布,由于无法返回催化助剂的高效催化组分占主导地位,导致此类回路的固有动力学不稳定性。因此,GARD模型的动力学主要由强催化而非自催化分子控制。没有有效的自催化作用,稳定的遗传繁殖是不可能的。模型的多次重复和不同缩放都无法解决问题。尽管所有的尝试都表明了相反的观点,但GARD模型并不是可进化的,这与自反性自催化网络相比,并辅以罕见的非催化反应和分隔。后者以化学键的生成和断裂为基础,可以从给定的环境可用化合物集合中生成新的(“突变”)自催化环。形成或破坏共价键的真实化学反应,而不仅仅是组分的结合,对于开放式进化来说是必要的。几个具体的化学系统(而不是奇异的稀奇性)能否实现自反性自催化大分子网络的问题,将最终决定新陈代谢第一方法与生命起源的相关性,作为走向真正开放性的垫脚石,这需要结合由存储在模板复制子中的信息控制的丰富组合化学。 引用于1文件 MSC公司: 92C45型 生化问题中的动力学(药代动力学、酶动力学等) 92D15型 与进化有关的问题 92碳40 生物化学、分子生物学 92E20型 化学中的经典流动、反应等 关键词:生命的起源;化学演化;自动催化;催化反应网络;新陈代谢第一理论;集体自催化集;可进化性;GARD模型 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{V.Vasas}等人,J.Theor。生物学381,29-38(2015;Zbl 1321.92053) 全文: 内政部 参考文献: [1] Barve,A。;Wagner,A.,《通过代谢系统中的抽吸实现进化创新的潜在能力》,《自然》,500,203-206(2013) [2] Dyson,F.J.,《生命的起源》(1985),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社,英国剑桥 [3] Eigen,M.,《物质的自组织和生物大分子的进化》,Naturwissenschaften,58,465-523(1971) [4] Erdös,P。;Rényi,A.,关于随机图的演化,Publ。数学。匈牙利学院。科学。,5, 17-61 (1960) ·Zbl 0103.16301号 [5] 费尔南多,C。;坎皮斯,G。;Szathmáry,E.,自然和人工系统的进化性,Proc。压缩机。科学。,7, 73-76 (2011) [6] Gánti,T.,《生活原则》(2003),牛津大学出版社:牛津大学出版社,英国牛津 [7] Gould,S.,《美好生活》(1989),诺顿:纽约诺顿 [8] Griesemer,J.,《进化过渡的单位》,《选择》,1-3,67-80(2000) [9] 毛重,R。;福克森,I。;柳叶刀,D。;Markovitch,O.,《成分组合种群中的准物种》,BMC Evol。生物学,14265(2014) [10] Hordijk,W。;Steel,M.,《自动催化装置扩展:动力学、抑制和概括》,J.Syst。化学。,3, 5 (2012) [11] 亨丁,A。;Kepes,F。;柳叶刀博士。;明斯基,A。;诺里斯,V。;Raine博士。;Sriram,K。;Root-Bernstein,R.,《生命起源中的成分互补性和益生元生态》,《生物论文》,28,399-412(2006) [12] Kampis,G.,《自我修正系统》(1991),帕杰马农:英国牛津帕杰马诺 [13] 考夫曼,S.A.,蛋白质的自催化组,J.Theor。生物学,119,1-24(1986) [15] Korb,K.B。;Dorin,A.,《无拘无束的进化:释放复杂性之箭》,Biol。菲洛斯。,26, 317-338 (2011) [16] 柳叶刀,D。;萨多夫斯基,E。;Seidemann,E.,生物受体库中分子识别的概率模型——对嗅觉系统的重要性,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,90,3715-3719(1993) [17] Lewontin,R.,《选择单位》,Annu。经济评论。系统。,1, 1-18 (1970) [18] 马科维奇,O。;Lancet,D.,有效进化需要过度的相互催化,Artif。生活,18,243-266(2012) [19] 马科维奇,O。;Lancet,D.,分子组装的益生进化:从分子到生态学,ECAL,134-135(2013) [20] 马科维奇,O。;Sorek,D。;Lui,L.T。;柳叶刀,D。;Krasnogor,N.,益生元进化中是否存在最优水平的开放性?,原始生命进化。生物相。,42, 469-473 (2012) [21] 梅纳德·史密斯,J.,《进化模型》,Proc。伦敦皇家学会,B,219315-325(1983)·Zbl 0531.92015号 [22] 梅纳德·史密斯(Maynard Smith,J.),《如何建模进化》(How to model evolution),(杜普雷,J.,《最新的最佳选择》,《进化与优化论文》(1987),麻省理工学院出版社:麻省理学学院出版社剑桥),119-131 [23] 梅纳德·史密斯(Maynard Smith,J.)。;Szathmáry,E.,《进化中的主要转变》(1995),牛津大学出版社:牛津大学出版社,英国牛津 [24] Odling Smee,F.J.(牛津大学出版社)。;Laland,K.N。;Feldman,M.W.,《生态位构建:进化中被忽视的过程》。《群体生物学专著》,第37期(2003年),普林斯顿大学出版社:普林斯顿大学出版社新泽西 [25] 塞热,D。;Ben-Eli,D。;迪默,D.W。;《柳叶刀》,D.,《脂质世界》,Orig。生命进化。生物相。,31, 119-145 (2001) [26] 塞热,D。;Ben-Eli,D。;Lancet,D.,《合成基因组:相互催化非共价组装中的益生元信息传递》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,97,4112-4117(2000) [27] 塞热,D。;柳叶刀,D。;Kedem,O。;Pilpel,Y.,分级自催化复制域(GARD):相互催化组中自我复制的动力学分析,Orig。生命进化。生物相。,28, 501-514 (1998) [28] 塞热,D。;Shenhav,B。;卡夫里,R。;Lancet,D.,《成分遗传的分子根源》,J.Theor。《生物学》,213481-491(2001) [29] Szathmáry,E.,《复制因子的进化》,Philos。事务处理。R.Soc.伦敦,B:生物。科学。,355, 1669-1676 (2000) [30] Szathmary,E.,《关于超循环与合作的概念错误传播》,J.Syst。化学。,4, 1 (2013) [31] 瓦萨斯,V。;费尔南多,C。;桑托斯,M。;考夫曼,S。;Szathmáry,E.,基因之前的进化,生物学。直接,7,1(2012) [32] 瓦萨斯,V。;Szathmáry,E。;Santos,M.,《自我维持的自催化网络缺乏进化性限制了生命起源的第一种情况下的新陈代谢》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,1071470-1475(2010) [33] von Kiedrowski,G。;奥托,S。;Herdewijn,P.,欢迎回家,系统化学家!,J.系统。化学,1,1(2010) [34] 吴,M。;希格斯,P.G.,《成分遗传:自组装和催化的比较》,Orig。生命进化。生物相。,38, 399-418 (2008) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。