《福布斯》杂志布可夫斯基;张元林;亨利·沃尔科维奇 蛋白质构象中旋转异构体选择的半定规划的有效使用。 (英语) Zbl 1304.90224号 信息J.计算。 26,第4期,748-766(2014). 小结:测定蛋白质的结构可以帮助理解当该蛋白质与其他蛋白质或小分子结合时,结构是如何变化的。本文研究了中提出的(NP-hard)边链定位问题的半定规划(SDP)松弛[B.玉米片等,《信息与计算》。16,第4期,380–392(2004年;Zbl 1239.90083号)]. 我们证明了Slater约束限定(严格可行性)对于SDP松弛是失败的。然后,我们展示了使用面部缩小来正则化SDP的优势。事实上,在进行面部整容后,我们有一个较小的问题是更稳定无论是在理论上还是在实践中。我们包括切割平面来改进舍入的SDP近似解。 引用于三文件 MSC公司: 90 C90 数学规划的应用 90C22型 半定规划 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词:蛋白质结构;侧链定位;半定规划 引文:Zbl 1239.90083号 软件:奇梅拉;SDPT3系统 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.Burkowski}等人,《信息与计算》。26,第4号,748--766(2014;Zbl 1304.90224) 全文: 内政部 链接 参考文献: [1] Akutsu T(1997)蛋白质侧链包装的NP-hardness结果。基因组信息学8:180-186. [2] Anstreicher KM,Wolkowicz H(2000)关于二次矩阵约束的拉格朗日松弛。SIAM J.矩阵分析。申请。22:41-55. ·Zbl 0990.90088号 [3] Banner DW、Bloomer A、Petsko GA、Phillips DC、Wilson IA(1976)鸡肉中磷酸三糖异构酶的原子坐标。生物化学。生物物理学。Res.Commun公司。72:146-155. [4] Berman HM、Westbrook J、Feng Z、Gilliland G、Bhat TN、Weissig H、Shindyalov IN(2000)蛋白质数据库。核酸研究。28:235-242. [5] Carlson HA(2002)《蛋白质柔韧性和药物设计:如何击中移动目标》。货币。操作。化学。生物。6:447-452. [6] Chazelle B,Kingsford C,Singh M(2004)采用新舍入策略进行侧链定位的半定规划方法。信息J.计算。16:380-392. [摘要]·Zbl 1239.90083号 [7] Cornell WD、Cieplak P、Bayly CI、Gould IR、Merz KM Jr、Ferguson DM、Spellmeyer DC(1995)第二代力场,用于模拟蛋白质、核酸和有机分子。J.艾默。化学。Soc公司。117:5179-5197. [8] Desmet J,de Maeyer M,Hazes B,Lasters I(1992)死链消除定理及其在蛋白质侧链定位中的应用。自然356:539-542. [9] Dolan ED,MoréJJ(2002)《性能曲线基准优化软件》。数学。编程91:201-213. ·邮编:1049.90004 [10] Dunbrack RL Jr,Karplus M(1993),蛋白质应用于侧链预测的背骨依赖型旋转体库。分子生物学杂志。230:543-574. [11] Eckart C,Young G(1936)一个矩阵与另一个低阶矩阵的近似。心理测量学1:211-218。 [12] Fortin C,Wolkowicz H(2004)信赖域子问题与半定规划。最佳方案。方法软件。19时41分至67分·Zbl 1070.65041号 [13] Freund RM,Ordóñez F,Toh K-C(2007)行为度量及其与半定规划问题IPM迭代计数的相关性。数学。编程109:445-475. ·Zbl 1278.90447号 [14] Goldstein RF(1994)高效旋转体消除技术应用于蛋白质侧链和相关自旋玻璃。生物物理杂志。66:1335-1340. [15] Gordon DB,Mayo SL(1999)《分支与终止:蛋白质设计的组合优化算法》。结构7:1089-1098. [16] Gruber G,Rendl F(2002)半定规划中不适定问题的计算经验。计算。最佳方案。申请。21:201-212. ·Zbl 0988.90024号 [17] Hu X,Beratan D,Yang W(2009)《逆向分子设计的应急策略》。科学。中国Ser。B: 化学。52:1769-1776. [18] Kingsford CL(2005)蛋白质结构和功能问题的计算方法。新泽西州普林斯顿大学博士论文。 [19] Lovell SC、Word JM、Richardson JS和Richardson-DC(2000)倒数第二个旋转异构体库。蛋白质:结构功能。遗传学40:389-408. [20] Motiejunas D、Gabdouline R、Wang T、Feldman-Salit A、Johann T、Winn PJ、Wade RC(2008)通过模拟受生化约束的结合过程实现蛋白质-蛋白质对接。蛋白质71:1955-1969. [21] Olszewski KA,Yan L,Edwards D,Yeh T(2000)《从折叠识别到同源建模:不同预测复杂性水平下的蛋白质建模挑战分析》。计算。化学。24:499-510. [22] Pettersen EF、Goddard TD、Huang CC、Couch GS、Greenblatt DM、Meng EC、Ferrin TE(2004)UCSF Chimera-探索性研究和分析的可视化系统。J.计算。化学。25:1605-1612. [23] Poljak S,Rendl F,Wolkowicz H(1995)(0,1)-二次规划的半定松弛方法。J.全球优化。7:51-73. ·Zbl 0843.90088号 [24] Rajamani D、Thiel S、Vajda S、Camacho CJ(2004),蛋白质相互作用中的锚定残基。美国国家科学院101:11287-11292. [25] Shapovalov MV,Dunbrack RL(2011年),自适应核密度估计和回归得到的蛋白质的平滑的依赖于脊骨的旋转体库。结构19:844-858。 [26] TüTüncüRH,Toh KC,Todd MJ(2003)使用SDPT3求解半定二次线性程序。数学。编程95:189-217. ·兹比尔1030.90082 [27] Wang C,Schueler-Furman O,Baker D(2005),蛋白质对接的改进侧链模型。蛋白质科学。14:1328-1339。 [28] Wolkowicz H,Zhao Q(1999)图划分问题的半定规划松弛。离散应用程序。数学。96/97:461-479. ·Zbl 0932.90030号 [29] Zhao Q,Karisch SE,Rendl F,Wolkowicz H(1998)二次分配问题的半定规划松弛。J.库姆。最佳方案。2:71-109. 组合优化问题的半定规划和内点方法(Fields Institute,多伦多,ON,1996)·Zbl 0904.90145号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。