伊亚尼克·普兰特;吕克·德夫罗伊;弗朗西斯·库奇诺塔。 中间态可逆反应格林函数的随机抽样。 (英语) Zbl 1301.82030号 J.计算。物理学。 242, 531-543 (2013). 摘要:开发了精确随机变量生成器,用于对用于化学系统模拟的布朗动力学(BD)算法中的格林函数进行采样。这些算法使用的内存不足1000字节,为类似工作中使用的查表方法提供了一种有用的替代方法;(2) 可逆扩散影响反应和(3)具有中间状态的反应,如酶催化。通过与独立反应时间(IRT)方法所得结果的比较,验证了结果。这项工作是我们努力开发模型的一部分,以了解辐射化学在人体辐射影响中的作用,并可能最终纳入基于事件的空间辐射风险模型。 引用于三文件 MSC公司: 82B80型 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010) 65二氧化碳 蒙特卡罗方法 82-08 计算方法(统计力学)(MSC2010) 60J65型 布朗运动 81V55型 分子物理学 92C05型 生物物理学 关键词:计算机模拟;蒙特卡罗模拟;单分子反应动力学;相互作用的生物物理机制 软件:算法680 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{I.Plante}等人,《计算杂志》。物理学。242531-543(2013;Zbl 1301.82030) 全文: DOI程序 参考文献: [1] Edelstein,A.L。;Agmon,N.,《一维可逆反应的布朗动力学模拟》,J.Chem。物理。,99, 5396-5404 (1993) [2] Edelstein,A.L。;Agmon,N.,可逆双分子反应中的平衡,J.Phys。化学。,99, 5389-5401 (1995) [3] Agmon,N.,《反反应扩散》,化学杂志。Phys,81,2811-2817(1984) [4] Kim,H。;Shin,K.J。;Agmon,N.,一维猝灭激发态可逆双生复合,J.Chem。物理。,111, 3791-3799 (1999) [5] Agmon,N。;波波夫,A.V.,可逆靶反应统一理论,化学杂志。物理。,119, 6680-6690 (2003) [6] Kim,H。;Shin,K.J.,三维孤立对的可逆扩散影响反应的精确解,Phys。修订稿。,82, 1578-1581 (1999) [7] 南帕克。;Agmon,N.,《溶液中静态酶的扩散控制Michaelis−Menten动力学理论与模拟》,J.Phys。化学。B、 1125977-5987(2008) [8] van Zon,J.S。;ten Wolde,P.R.,《格林函数反应动力学:基于粒子的方法在时间和空间模拟生化网络》,J.Chem。物理。,123, 234910 (2005) [9] Kim,H。;Shin,K.J。;Agmon,N.,一维扩散影响的可逆双生重组。二、。恒定场效应,J.Chem。物理。,114, 3905-3912 (2001) [10] 波波夫,A.V。;Agmon,N.,《双生ABCD反应的精确溶液》,J.Chem。物理。,1175770-5779(2002年) [11] Plante,I.,Monte-Carlo水和水溶液辐解非均相化学分步模拟代码第I部分:理论框架和实现,Radiate。环境。生物物理学。,50, 389-403 (2011) [12] Plante,I.,水和水溶液辐解非均相化学的Monte-Carlo逐步模拟代码。第二部分:不同LET、pH和温度条件下的辐射产额计算。环境。生物物理学。,50, 389-403 (2011) [13] 普兰特,I。;蒂帕亚蒙特里,T。;北卡罗来纳州Autsavapromporn。;Meesungnoen,J。;Jay-Gerin,J.-P.,Monte-Carlo模拟硫酸铈剂量计通过低LET辐射的辐解,加拿大。化学杂志。,90, 717-723 (2012) [14] 普兰特,I。;Cucinotta,F.A.,细胞培养中配体启动信号转导的模型:模拟包含受体的平面膜附近的分子,Phys。版本E.,84,051920(2011) [15] Rice,S.A.,《综合化学动力学》。《综合化学动力学,扩散限制反应》,第25卷(1985年),Elsevier:Elsevier阿姆斯特丹 [16] Krissinel,E.B。;Agmon,N.,球对称扩散问题,J.计算。化学。,17, 1085-1098 (1995) [17] 波普,G.P。;Wijers,C.M.J.,《算法680:复杂误差函数的评估》,ACM Trans。数学。软质。,16, 47 (1990) ·Zbl 0900.65025号 [18] Carslaw,H.S。;Jaeger,J.C.,《固体中的热传导》(1959),牛津大学出版社:牛津大学出版社·Zbl 0972.80500号 [19] Papoulis,A.,《概率、随机变量和随机过程》(1991年),McGraw-Hill·Zbl 0191.46704号 [20] Green,N.J.B。;Pilling,M.J。;Pimblott,S.M。;Clifford,P.,辐射轨道中快速动力学的随机建模,J.Phys。化学。,94, 251-258 (1990) [21] 克利福德,P。;Green,N.J.B。;Pilling,M.J.,基于对分布函数的随机模型,用于包含一种自由基的辐射诱导杂散反应,J.Phys。化学。,86, 1318-1321 (1982) [22] 克利福德,P。;Green,N.J.B。;奥尔德菲尔德,M。;Pilling,M.J。;Pimblott,S.M.,辐射诱导刺激中多物种动力学的随机模型,J.Chem。Soc.Faraday Trans.公司。,1, 82, 2673-2689 (1986) [23] 皮姆布罗特,S.M。;LaVerne,J.A.,水和水溶液电子辐解的随机模拟,J.Phys。化学。A、 1015828-5838(1997) [24] Goulet,T。;弗雷泽,M.-J。;Frongillo,Y。;Jay-Gerin,J.-P.,关于描述液态水辐解非均相动力学的独立反应时间近似的有效性,Radiate。物理学。化学。,51, 85-91 (1998) [25] Frongillo,Y。;Goulet,T。;弗雷泽,M.-J。;科布特,V。;Patau,J.P。;Jay-Gerin,J.-P.,《液态水中快电子和质子轨道的蒙特卡罗模拟-II》。非均匀化学,辐射。物理学。化学。,51445-254(1998年) [26] Meesungnoen,J。;Jay-Gerin,J.-P.,液态水与(^1 H^+,^4 He^{2+}的高LET辐解^{12} C类^{6+}\),以及\(^{20} Ne公司^{9+}离子:多重电离效应,J.Phys。化学。A、 1096406-6419(2005) [27] 北卡罗来纳州Autsavapromporn。;Meesungnoen,J。;普兰特,I。;Jay-Gerin,J.-P.,《酸度和LET对水辐解初级自由基和分子产率影响的蒙特卡罗模拟研究——应用于Fricke剂量计》,加拿大。化学杂志。,85214-229(2007年) [28] Meesat,R。;Sanguanmith,S。;Meesungnoen,J。;Lepage,M。;Khalil,A。;Jay-Gerin,J.P.,《使用硫酸亚铁(Fricke)剂量计评估胱胺的辐射防护潜力:实验和蒙特卡罗模拟》,Radia。研究,177813-826(2012) [29] Devroye,L.,非均匀变量生成(2000),Springer-Verlag:Springer-Verlag纽约,luc.Devroye.org/rnbookindex.html [30] von Neumann,J.,蒙特卡罗方法,国家标准局系列,12,36-38(1951)·兹伯利0045.22105 [31] 出版社,W.H。;Teukolsky,S.A。;韦特林,W.T。;Flannery,B.P.,《C中的数字配方》(1992),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社·Zbl 0778.65003号 [32] 波波夫,A.V。;Agmon,N.,《可逆双分子反应的三维模拟:简单目标问题》,J.Chem。物理。,115, 8921-8932 (2001) [33] 南帕克。;Shin,K.J。;波波夫,A.V。;Agmon,N.,扩散影响的激发态转移反应,\(A^*+BVus===================================================C^*\)+D,具有两种不同的寿命:理论和模拟,J.Chem。物理。,123, 034507 (2005) [34] Hong,K.M。;Noolandi,J.,库仑势下Smoluchowski方程的解。I.一般结果,J.Chem。《物理学》,68,5163-5171(1978) [35] 库奇诺塔,F.A。;普兰特,I。;Ponomarev,A.L。;Kim,M.-H.,重离子传输中的核相互作用和基于事件的风险模型,Radiate。保护。剂量。,143, 384-390 (2011) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。