Ryu、Joonghyun;Kim、Deok-Soo 通过β-复合物侧链定位优化蛋白质结构。 （英语） Zbl 1277.90166号 J.全球。最佳方案。 57，第1期，217-250（2013）。 摘要：分子结构决定分子功能，正确理解分子结构对生物技术很重要。分子结构的计算预测是重要生物分子应用的经常要求，如同源性建模、对接模拟、蛋白质设计等，其中分子结构的优化是基础。蛋白质结构优化的核心问题之一是侧链的优化，称为侧链定位问题。侧链定位问题假设骨架和旋转异构体库的刚性，试图将旋转异构体优化分配给每个残基，从而使蛋白质的势能整体最小化。使用（混合）整数线性规划和死区消除技术的最优解方法，即使对于中等大小的蛋白质也会受到影响，因为副链定位问题是NP-hard。另一方面，注重速度的流行启发式方法会产生低质量的解决方案。本文提出了一种有效的算法，称为BetaSCP，用于解决基于beta-complex的侧链定位问题。BetaSCP算法将更高的优先级放在解决方案质量上，在合理的计算时间内生成非常接近最优值的解决方案。BetaSCP的有效性和效率通过使用从蛋白质数据库中选择的20个测试模型对著名算法进行的基准测试进行了实验验证。 引用于2文件 MSC公司： 90 C90 数学规划的应用 90立方厘米 整数编程 90 C59 数学规划中的近似方法和启发式 关键词：蛋白质结构优化;蛋白质设计;旋转加速器;Voronoi图;准三角形调节;β-复合体;整数线性规划;最优的;启发式的;BetaSCP公司;SCWRL公司;区域服务提供商 软件：QTFier公司;BetaSCP公司;迷你球;SCWRL4号机组;区域服务提供商;查姆 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Ryu}和\textit{D.-S.Kim}，J.Glob。最佳方案。57，第1号，217--250（2013；Zbl 1277.90166） 全文： 内政部 参考文献： [1] Althaus，E.，Kohlbacher，O.，Lenhof，H.P.，Müller，P.：蛋白质与柔性侧链对接的组合方法。摘自：RECOMB’00《第四届计算分子生物学国际年会论文集》，第15-24页（2000） [2] Althaus E.、Kohlbacher O.、Lenhof H.P.、Müller 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