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Bhalchandra D.塔特。

重建谱系：重组突变模型的一些可识别性问题。 （英语） Zbl 1258.92030号

数学杂志。生物。 66，编号1-2，37-74（2013）.
小结：谱系是有向无环图，表示种群中个体之间的祖先关系。基于一个示意性重组过程，我们描述了两个简单的基于谱系进化的序列马尔可夫模型，即模型R（无突变重组）和模型RM（有突变重组）。对于这些模型，我们提出了一个可识别性问题：是否可以根据现有序列的联合概率分布构建谱系？我们给出了一般谱系的部分可识别性结果：我们表明，当交叉概率足够小时，某些跨越子图序列可以从现有序列的联合分布中计算出来。我们演示了如何通过计算生成子图序列来区分早期看起来难以区分的谱系。

引用于6文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
05C20号 有向图（有向图），比赛
05C90年 图论的应用
60J20型 马尔可夫链和离散时间马尔可夫过程在一般状态空间（社会流动、学习理论、工业过程等）上的应用

关键词：

可识别性
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.D.Thatte}，J.数学。生物学66，编号1--2，37-74（2013；Zbl 1258.92030）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Bininda-Emonds O（2004）系统发生超树：结合信息揭示生命树。多德雷赫特·克鲁沃·Zbl 1060.68083号
[2] Bresler G，Mossel E，Sly A（2008）从样本重建马尔可夫随机场：一些观测值和算法。参见：Goel A等人（编辑），第11次国际研讨会，大约2008年，第12次国际研讨会（随机2008年，LNCS，第5171卷）。柏林施普林格，第343–356页。http://front.math.ucdavis.edu/0712.1402 ·Zbl 1159.68636号
[3] Buneman P（1971）从不同测量中恢复树木。在：考古和历史科学中的数学。爱丁堡大学出版社，爱丁堡，第387-395页
[4] Chang JT（1996）进化树上马尔可夫模型的完全重建：可识别性和一致性。数学生物科学137（1）：51–73·Zbl 1059.92504号 ·doi:10.1016/S0025-5564（96）00075-2
[5] Gascuel O，Steel M（eds）（2007年），重建演变。数学和计算的新进展。牛津大学出版社
[6] 霍尔丹JBS（1919）连锁值的组合，以及连锁因子的位点之间距离的计算。《遗传学杂志》8:299–309·doi:10.1007/BF02983270
[7] Lange K（2002）遗传分析的数学和统计方法，第2版。生物与健康统计。纽约州施普林格·Zbl 0991.92017号
[8] Lovász L（1993）组合问题与练习，第2版。荷兰北部，阿姆斯特丹·Zbl 0785.05001号
[9] McKay BD（1997）小图是可重构的。澳大利亚J组合15:123–126·Zbl 0878.05062号
[10] Pearl J，Tarsi M（1986）构建因果树。J综合体2:60–77·Zbl 0589.68060号 ·doi:10.1016/0885-064X（86）90023-3
[11] Petrie T（1969）有限状态马尔可夫链的概率函数。数学统计年鉴40:97–115·Zbl 0181.21201号 ·doi:10.1214/aoms/1177697807
[12] Semple C，Steel M（2003），系统发育学，牛津数学及其应用系列讲座，第24卷。牛津大学出版社·Zbl 1043.92026
[13] Steel M（1994）从马尔可夫模型下生成的树叶颜色中恢复树木。应用数学快报7（2）：19–23·Zbl 0794.60071号 ·doi:10.1016/0893-9659（94）90024-8
[14] Steel M，Hein J（2006）《重建谱系：组合视角》。《Theor生物学杂志》240（3）：360–367·doi:10.1016/j.jtbi.2005.09.026
[15] Thatte BD（2008）谱系组合学-I：重建问题的反例。SIAM J离散数学22（3）：961-970。doi:10.1137/060675964，http://link.aip.org/link/？SJD/22/961/1 ·Zbl 1211.05081号
[16] Thatte BD，Steel M（2008）《重建谱系：随机视角》。《Theor生物学杂志》251（3）：440–449·Zbl 1398.92190号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2007.12.004
[17] Torfason EF，Sveinbjörnsson JI（2008）基因组数据的组合谱系推断。雷克雅未克大学计算机科学学院技术报告
[18] Ulam SM（1960）数学问题集。《纯粹数学与应用数学的跨科学导论》，第8卷。Interscience Publishers，纽约
[19] Whitney H（1932）同余图和图的连通性。美国数学杂志54:160–168·doi:10.2307/2371086
[20] ZareckiĭKA（1965）根据悬挂顶点之间的一组距离构建树。乌斯佩希·马特·诺克20（6）：90–92
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