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树拓扑限制对缺失数据的单倍型复杂性的影响。 (英语) Zbl 1241.68070号

Chen,Jianer(编辑)等,计算模型的理论和应用。2009年5月18日至22日在中国长沙举行的TAMC 2009第六届年会。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-642-02016-2/pbk)。计算机科学讲座笔记5532201-210(2009)。
摘要:单倍型预测,也称为单倍型阶段预测,是从基因型数据预测可能的单倍型的问题。一种快速的单倍型方法是基于进化模型,在进化模型中寻找一个完美的系统发育树来解释观察到的数据。不幸的是,当数据条目丢失时,就像实验室数据中经常出现的情况一样,由此产生的不完全完美系统发育单倍型问题ipph公司是NP完全的,关于它的近似性、固定参数可处理性或精确算法,还没有已知的理论结果。即使是彻底简化的版本,例如对只包含来自给定根的两条有向路径的系统发育树的限制,仍然是NP完整的;但这里已知一个固定参数算法。我们表明,没有必要做出如此极端和特别的简化伊普赫固定参数可处理:我们对我们在论文中开发的算法进行了第一次理论分析,该算法适用于以下任意实例伊普赫从负面来看,我们表明限制完美系统发育的拓扑并不总是降低计算复杂性:虽然不完全定向完美系统发育问题众所周知可以在多项式时间内解决,但我们表明限制于路径拓扑的同一问题是NP-完全的。
关于整个系列,请参见[Zbl 1163.68001号].

MSC公司:

65年第68季度 算法和问题复杂性分析
2017年第68季度 问题的计算难度(下限、完备性、近似难度等)
92-08 生物学问题的计算方法
92D10型 遗传学和表观遗传学
92D15型 与进化有关的问题
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全文: 内政部