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王建新；谢敏珠；陈建尔

个体单倍型问题MEC/GI的实用精确算法。 （英语） Zbl 1191.68841号

算法 56，第3期，283-296（2010）.
摘要：单倍体在复杂疾病的遗传关联研究中发挥着重要作用。最近，有助于确定人类单倍型的计算技术得到了广泛研究。考虑到基因型和个体的对齐单核苷酸多态性（SNP）片段，利用基因型信息进行最小误差校正（MEC/GI）是一个重要的计算模型，可以通过校正给定SNP片段中的最小SNP数来推断与基因型兼容的一对单倍型。MEC/GI问题已经被证明是NP-hard问题，目前还没有实用的精确算法。尽管分子生物学技术进步迅速，但现代高通量测序仪无法直接测序含有1200多个核苷酸碱基的DNA片段。在SNP密度较低的情况下，现有数据表明，DNA片段覆盖的SNP位点的数量（k）通常小于10个。基于上述事实，我们开发了一种新的运行时间为（O（mk2^{k}+m\log m+mk）的动态规划算法，其中（m\）是片段数。由于在实际生物应用中，\（k）很小，因此该算法实用高效。

引用于三文件

MSC公司：

68周05 非数值算法

关键词：

单核苷酸多态性；单倍型；基因型；NP-hardness（NP-hardeness）；参数化算法
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Wang}等人，Algorithmica 56，No.3，283--296（2010；Zbl 1191.68841）
全文： 内政部

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