珍妮·赖特（Janine A.Wright）。;理查德·巴克。;马修·斯科菲尔德。;阿兰·弗朗茨（Alain C.Frantz）。;安德烈亚·拜伦（Andrea E.Byrom）。;戴安·格里森（Dianne M.Gleeson）。 将基因型不确定性纳入标记-再捕获型模型，以使用DNA样本估计丰度。 （英语） Zbl 1172.62067号 生物计量学 65，No.3，833-840（2009）. 摘要：非侵入性DNA采样在识别动物方面具有优势，例如需要对样本中的动物进行独特识别的标记-再捕获建模。虽然可以从非侵入性DNA来源生成大量数据，但挑战在于克服可能导致错误识别个体的基因分型错误。错误的一个主要来源是等位基因缺失，这是一个或多个基因座的DNA扩增失败。由于只检测到一个等位基因，因此杂合子个体在这些位点上被评分为纯合子。如果错误未被发现，并且基因型在标记-再捕获模型中被天真地使用，那么可能会出现对种群规模的显著高估。为了避免这种情况，通常会拒绝低质量的样品，但这可能会导致大量数据的删除。最好保留这些低质量的样本，因为它们仍然以部分基因型的形式包含有用的信息。我们在分析中对辍学建模，而不是试图最小化错误或丢弃容易出错的样本。我们描述了一种基于数据增强的方法，该方法允许我们对包含不确定基因型的样本数据进行建模。应用欧洲獾（Meles Meles）的数据进行说明。 引用于21文件 MSC公司： 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 92D10型 遗传学和表观遗传学 2015年1月62日 贝叶斯推断 65立方厘米 马尔可夫链的数值分析或方法 关键词：等位基因遗漏;贝叶斯推断;标记重新捕获;马尔科夫蒙特卡洛;微型卫星;无创性基因取样;人口估计 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.A.Wright}等人，《生物统计学》65，第3期，第833--840页（2009年；Zbl 1172.62067） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Agresti，简单捕获-再捕获模型，允许不均匀捕获和可变采样，《生物计量学》50，第494页–（1994年）·doi:10.307/2533391 [2] 阿尔珀斯，收集头发样本以提高PCR的DNA产量，《保护遗传学》4，第779页–（2003年）·doi:10.1023/B:COGE.0000006119.77842.4b [3] Buchan，无创基因分型中的基因座效应和错误来源，《分子生态学注释》5，第680页–（2005）·doi:10.1111/j.1471-8286.2005.01002.x [4] Carpenter，39个多态性微卫星基因座的分离和欧亚獾（Meles Meles）荧光标记标记集的开发（食肉动物：鼬科），分子生态学注释3第610页–（2003）·文件编号：10.1046/j.1471-8286.2003.00529.x [5] 克雷格，《利用标记标本估计飞行昆虫种群》，《生物特征40》第170页–（1953年）·Zbl 0051.11004号 ·doi:10.1093/biomet/40.1-2.170 [6] 克里尔，黄石狼中易出错非侵入性微卫星基因型的种群估计，《分子生态学》，第12页，2003-（2003）·doi:10.1046/j.1365-294X.2003.01868.x [7] 费尔南多，《可靠的基因分型：幻想还是现实》，《遗传杂志》94页115–（2003）·doi:10.1093/jhered/esg022 [8] Frantz，A.2004獾（Meles Meles）生态学研究中的非侵入性基因分型博士论文 [9] Frantz，使用粪便DNA对欧亚獾（Meles Meles）进行可靠的微卫星基因分型，分子生态学12页1649–（2003）·doi:10.1046/j.1365-294X.2003.01848.x [10] Frayling，微卫星不稳定性，Gut 45 pp 1–（1999）·doi:10.1136/gut.45.1.1 [11] Gagneux，基于从脱发中扩增的核DNA进行非侵入性基因分型相关的微卫星评分错误，分子生态学6，第861页–（1997）·doi:10.1111/j.1365-294X.1997.tb00140.x [12] 盖尔曼，贝叶斯数据分析（2004）·Zbl 1117.62343号 [13] Gerloff，野生活倭黑猩猩（Panpaniscus）粪便DNA中高变简单序列重复序列（微卫星）的扩增，分子生态学4，第515页–（1995）·doi:10.1111/j.1365-294X.1995.tb00247.x [14] 微型卫星：发展和应用（1999年） [15] Goossens，《作为DNA来源的拔毛样本：二核苷酸微卫星基因分型的可靠性》，《分子生态学》第7卷第1237页–（1998年）·doi:10.1046/j.1365-294x.1998.00407.x文件 [16] Huggins，《捕获实验的统计分析》，《生物统计学》第76页第133页–（1989）·Zbl 0664.62115号 ·doi:10.1093/biomet/76.1.133 [17] Johnson，在缺乏参考数据的情况下，微卫星基因型的等位基因缺失和假等位基因错误率的最大似然估计，Genetics 175 pp 827–（2007）·doi:10.1534/genetics.106.064618 [18] Kalinowski，《使用非侵入性样本中的DNA识别个人和人口普查人群：一种容忍基因分型错误的证据方法》，《保护遗传学》第7卷第319页–（2006年）·doi:10.1007/s10592-005-9024-6 [19] Lukacs，P.2005捕获再捕获研究中使用遗传标记进行个体识别的统计方面博士论文 [20] Lukacs，基于DNA的封闭捕获-再捕获数据结合基因分型错误估算种群规模，《野生动物管理杂志》69页396–（2005a）·doi:10.2193/0022-541X（2005）069<0396:EPSFDC>2.0.CO；2 [21] Lukacs，适用于非侵入性基因采样的捕获-再捕获方法综述，《分子生态学》第14页第3909页–（2005b）·doi:10.1111/j.1365-294X.2005.02717.x [22] McKelvey，《与使用非侵入性分子标记进行种群估计相关的遗传错误：问题和新解决方案》，《野生动物管理杂志》68页439–（2004）·doi:10.2193/0022-541X（2004）068[0439:GEAWPE]2.0.CO；2 [23] Miller，使用最大似然法评估等位基因缺失和基因型可靠性，《遗传学》160页357–（2002） [24] Miller，根据遗传标记重新捕获数据估计小种群规模的新方法，《分子生态学》，第14页，1991-（2005）·doi:10.1111/j.1365-294X.2005.02577.x [25] Mills，《利用非侵入性DNA取样估算动物丰度：前景与陷阱》，《生态学应用》第10卷第283页–（2000年）·doi:10.1890/1051-0761（2000）010[0283:EAAUND]2.0.CO；2 [26] Morin，对野生黑猩猩（Pan troglodytes verus）非侵入性样本DNA进行定量聚合酶链反应分析，分子生态学10 pp 1835–（2001）·doi:10.1046/j.0962-1083.2001.01308.x [27] Mullis，《体外DNA的特异酶扩增：聚合酶链反应》，《冷泉港定量生物学研讨会》51，第263页–（1986）·doi:10.1101/SQB.1986.051.01.032 [28] Navidi，《利用PCR对非常小的DNA样本进行准确基因分型的多管方法：统计考虑》，《美国人类遗传学杂志》50 pp 347–（1992） [29] Okello，非洲草原象微卫星的非侵入性基因分型和孟德尔分析，遗传杂志96页679–（2005）·doi:10.1093/jhered/esi117 [30] 奥蒂斯，封闭动物种群捕获数据的统计推断，《野生动物专题论文》62第1页–（1978年）·Zbl 0424.62077号 [31] Paetkau，基于DNA的人口调查中数据质量的实证探索，《分子生态学》12页1375–（2003）·文件编号：10.1046/j.1365-294X.2003.01820.x [32] Roon，《使用微卫星进行非侵入性遗传研究时，评估混合样本作为错误来源》，《分子生态学》14，第195页–（2005）·doi:10.1111/j.1365-294X.2004.02385.x [33] Seber，估算动物丰度和相关参数（1982年） [34] Segelbacher，《鸟类非侵入性遗传分析：测试羽毛样本的可靠性》，《分子生态学笔记》第2页，第367页–（2002年） [35] Sobel，《统计遗传学中基因分型错误的检测与整合》，《美国人类遗传学杂志》70页496页–（2002年）·数字对象标识代码：10.1086/338920 [36] Taberlet，非侵入性基因取样和个体识别，《林奈学会生物学杂志》68页41–（1999）·doi:10.1111/j.1095-831.1999.tb01157.x [37] Taberlet，使用PCR对DNA含量极低的样本进行可靠的基因分型，《核酸研究》24，第3189页–（1996）·doi:10.1093/nar/24.16.3189 [38] Taberlet，《非侵入性基因取样：三思而后行》，Tree 14第323页–（1999） [39] Tanner，《通过数据增强计算后验分布》（带讨论），《美国统计协会杂志》82页528–（1987）·Zbl 0619.62029号 ·doi:10.2307/2289457 [40] Valiere，《非侵入性遗传抽样试点研究的重要性：马鹿基因分型误差和种群规模估计》，《保护遗传学》第8页，69–（2007）·doi:10.1007/s10592-006-9149-2 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。