伊莎贝尔·法尼奥;加列·莱兰代斯;圣埃芬·维亚莱特 蛋白质相互作用图比较分析的有界列表内射同态。 （英语） Zbl 1146.05313号 J.离散算法 178-191年第2期第6页（2008年）. 摘要：比较不同进化距离下多个物种的基因组特性是研究生物学和进化原理的有力方法。在蛋白质相互作用图的比较分析中，我们使用基于图的形式来检测给定蛋白质复合体的保存情况。我们证明，如果每个蛋白质在其他物种中最多有两个直系同源，但对于三个蛋白质来说，这个问题是多项式时间可解的。此外，我们建议通过将问题转换为众所周知的组合优化问题来解决困难，从而允许在快速指数时间算法中使用许多最新结果。出于对更精确模型的需要，我们给出并讨论了问题的三个自然扩展，从而得出结论。 引用于2评论引用于5文件 MSC公司： 05C85号 图形算法（图形理论方面） 05C90年 图论的应用 05C70号 具有特殊属性的边子集（因子分解、匹配、分区、覆盖和打包等） 92D15型 与进化有关的问题 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 关键词：蛋白质相互作用图;图形匹配;列表同态;基因组特性;进化距离;otholog（音乐学）;组合优化问题 软件：糠 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{I.Fagnot}等人，《离散算法》6，第2期，178--191（2008；Zbl 1146.05313） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Aspvall，B。；普拉斯，M。；Tarjan，R.，用于测试某些量化布尔公式真值的线性时间算法，IPL，8，3，121-123（1979）·Zbl 0398.68042号 [2] R.Beigel，在稀疏图和一般图中寻找最大独立集，收录于：Proc。第十届ACM-SIAM离散算法年度研讨会（SODA），1999年，第S856-S857页；R.Beigel，在稀疏图和一般图中寻找最大独立集，收录于：Proc。第十届ACM-SIAM离散算法年会（SODA），1999年，第S856-S857页·Zbl 0938.68073号 [3] 库克，S.，《理论证明过程的复杂性》，（第三届ACM计算理论研讨会论文集（1971），ACM:ACM纽约），151-158·Zbl 0253.68020号 [4] Dahlöf，C。；Jonsson，P。；Wahlström，m.，《计算2-SAT和3-SAT中令人满意的作业》，（第八届国际计算与组合学年会（COCOON’02）。程序。第八届国际计算与组合学年会（COCOON’02），计算机科学讲稿，第2387卷（2002），斯普林格出版社，535-543·Zbl 1077.68657号 [5] Dantsin，E。；Goerdt，A。；赫希，E。；Kannan，R。；Kleinberg，J。；Papadimitriou，C。；Raghavan，P。；Schoening，U.，基于局部搜索的（k-）-sat确定性算法，TCS，289，69-83（2002）·Zbl 1061.68071号 [6] Davis，M。；Putnam，H.，量化理论的计算过程，美国计算机学会，7201-215（1960）·Zbl 0212.34203号 [7] 唐尼，R。；Fellows，M.，参数化复杂性（1999），Springer·Zbl 0914.68076号 [8] Fagnot，I。；Lelandais，G。；Vialette，S.，蛋白质相互作用图比较分析的有界列表内射同态，（生物化学和进化网络第一算法和计算方法汇编（CompBioNets）（2004），KCL出版物），45-70·Zbl 1146.05313号 [9] Fertin，G。；Rizzi，R。；Vialette，S.，《寻找蛋白质相互作用图中蛋白质复合物的精确和最大出现次数》，（第30届计算机科学数学基础国际研讨会（MFCS）论文集）。程序。第30届计算机科学数学基础国际研讨会（MFCS），计算机科学讲稿（2005），斯普林格·Zbl 1156.92317号 [10] 加里，M。；Johnson，D.，《计算机与难处理性：NP-完全性理论指南》（1979），W.H.Freeman:W.H.Freeman San Francisco·Zbl 0411.68039号 [11] A.加文。；Boshe，M.，《通过蛋白质复合物的系统分析实现酵母蛋白质组的功能组织》，《自然》，4146868141-147（2002） [12] 顾J。；Purdom，P。；Franco，J。；Wah，B.，《可满足性（SAT）问题的算法：综述》，（可满足性问题：理论和应用。可满足性：理论与应用，离散数学和TCS中的DIMACS系列，第35卷（1997），AMS），1-18 [13] Hirsch，E.，SAT的新最坏情况上界，J.Automat。原因。，24, 4, 397-420 (2000) ·Zbl 0960.03009号 [14] Ho，Y。；Gruhler，A.，《用质谱法系统鉴定酿酒酵母中的蛋白质复合物》，《自然》，4156868180-183（2002） [15] 凯利，B。；沙兰，R。；卡普，R。；Sittler，T。；根，D.E。；斯托克韦尔，B。；Ideker，T.，全球蛋白质网络比对揭示的细菌和酵母内的保守途径，Proc。美国国家科学院。科学。，100, 20, 11394-11399 (2003) [16] M.Moskewicz、C.Madigan、Y.Zhao、L.Zhang、S.Malik、Chaff：设计高效的sat解算器，见：Proc。2001年第38届设计自动化会议（DAC'01）；M.Moskewicz、C.Madigan、Y.Zhao、L.Zhang、S.Malik、Chaff：设计高效的sat解算器，见：Proc。2001年第38届设计自动化会议（DAC’01） [17] Papadimitriou，C.，计算复杂性（1994），Addison-Wesley·Zbl 0833.68049号 [18] 佩莱格里尼，M。；马科特，E。；汤普森，M。；艾森伯格，D。；Yeates，T.，通过比较基因组分析分配蛋白质功能：蛋白质系统发育谱，Proc。美国国家科学院。科学。，96, 8, 4285-4288 (1999) [19] 佩雷拉·里尔，J。；恩赖特，A。；Ouzounis，C.，《从蛋白质相互作用网络中检测功能模块》，《蛋白质》，54，1，49-57（2004） [20] Robson，J.，《最大独立集的算法》，J.Algorithms，7，3，425-440（1986）·Zbl 0637.68080号 [21] J.Robson，寻找时间上的最大独立集（operatorname{O}（2^{n/4}））；J.Robson，寻找时间上的最大独立集\（\运算符名称｛O｝（2^｛n/4｝）\） [22] 沙兰，R。；Ideker，T。；凯利，B。；沙米尔，R。；Karp，R.，《通过酵母和细菌蛋白质相互作用数据的比较分析鉴定蛋白质复合物》，（第八届国际计算分子生物学年会论文集（RECOMB 2004）（2004），ACM出版社），282-289 [23] 斯普林，V。；Mirny，L.，《分子网络中的蛋白质复合物和功能模块》，Proc。美国国家科学院。科学。，100, 21, 12123-12128 (2003) [24] Tarjan，R。；Trojanowski，A.，《寻找最大独立集》，SIAM J.Compute。，6, 537-546 (1977) ·Zbl 0357.68035号 [25] Titz，B。；施莱纳，M。；Uetz，P.，我们从高通量蛋白质相互作用数据中学到了什么？，抗癌治疗专家评论，1,111-121（2004） [26] Tong，A。；德雷斯，B。；Nardelli，G。；Bader，G。；Brannetti，B。；Castagnoli，L。；Evangelista，M。；Ferracuti，S。；B.纳尔逊。；Paoluzi，S.等人。；昆丹，M。；祖科尼，A。；霍格，C。；菲尔兹，S。；布恩，C。；Cesareni，C.，《为肽识别模块定义蛋白质相互作用网络的综合实验和计算策略》，《科学》，295553284-287（2002） [27] Uetz，P。；Giot，L.，《酿酒酵母蛋白质相互作用的综合分析》，《自然》，4036770623-627（2000） [28] Uno，T.，枚举二部图中所有完美、最大和最大匹配的算法，（第八届算法与计算国际研讨会论文集（ISAAC'97）。第八届国际算法与计算学术研讨会论文集（ISAAC'97），计算机科学讲义，第1350卷（1997），施普林格出版社，92-101·兹标0897.05066 [29] Valiant，L.，枚举和可靠性问题的复杂性，SIAM J.Compute。，8, 3, 410-421 (1979) ·Zbl 0419.68082号 [30] Williams，R.，《关于计算k-CNF公式属性》（Giunchiglia，E.；Taccella，A.，第六届可满足性测试理论与应用国际会议（SAT 2003）的会议记录）。程序。第六届可满足性测试理论与应用国际会议（2003年SAT），《计算机科学讲义》，第2919卷（2004年），斯普林格出版社，精选修订论文·Zbl 1204.68212号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。