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卢、范;苏恩杜斯、凯莱什;斯蒂芬·赖特。;格蕾丝·瓦巴

核正则化框架及其在蛋白质聚类中的应用。 （英语） Zbl 1135.62345号

程序。国家。阿卡德。科学。美国 102，第35号，12332-12337（2005）.
摘要：我们开发并应用了一个以前未描述的框架，该框架旨在从可能粗糙、有噪声、不完整、不一致的对象对之间的差异信息中提取正定核矩阵形式的信息，这些信息可以在各种上下文中获得。任何正定核都定义了一组一致的距离，拟合核在欧氏空间中提供了一组坐标，试图尊重可用信息，同时控制核的复杂性。得到的坐标集非常适合于可视化，并作为分类和聚类算法的输入。该框架是根据一类可以使用现代凸锥规划软件有效解决的优化问题来制定的。在基于初级序列数据的蛋白质聚类的背景下，说明了该方法的威力。将其应用于蛋白质球蛋白家族，形成了一个易于可视化的球蛋白3D序列空间，其中几个亚家族和亚组与文献一致，很容易识别。

引用于1审查
引用于9文件

MSC公司：

62H30型 分类和区分；聚类分析（统计方面）
92C40型 生物化学、分子生物学
90C25型 凸面编程
90 C90 数学规划的应用

关键词：

分类;凸锥规划;差异信息;跟踪惩罚;序列数据

软件：

SDPT3系统
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Lu}等人，Proc。国家。阿卡德。科学。美国102，第35号，12332--12337（2005；Zbl 1135.62345）
全文： 内政部 链接

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