盖德·兰道。;拉克斯米·帕里达;奥伦·魏曼 使用PQ树进行比较基因组学。 （英语） Zbl 1130.92301号 Apostolico，Alberto（编辑）等，组合模式匹配。2005年6月19日至22日在韩国济州岛举行的CPM 2005第16届年度研讨会。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 3-540-26201-6/pbk）。计算机科学课堂讲稿3537，128-143（2005）。 摘要：代表基因组上基因簇的字符串上的排列已被频繁研究，最大排列模式的概念在年被引入[R.埃雷斯,L.帕迪亚和G.M.朗道，“自动发现聚类图案的组合方法”，Lect。注释计算。科学。2812, 139–150 (2003)]. 在本文中，我们提出了一种新的工具，使用PQ树来表示和检测多基因组中的基因簇：它简洁地描述了簇的内部结构和簇之间的关系，有助于从明显无意义的簇中筛选有意义的簇，并提供了一种自然而有意义的方式来可视化复杂簇。我们确定了一个最小一致性PQ树，并证明了它等价于一个最大（pi）模式[loc.cit.]，并且PQ树的每个子图对应于一个非最大置换模式。我们提出了一个处理排列中多重性的一般方案，并给出了一个线性时间算法来构造最小一致性PQ树。此外，我们在全基因组数据集上演示了结果。在我们对人类和大鼠的整个基因组的分析中，我们发现了大约150万个常见基因簇，但只有大约500个最小一致性PQ树，并且，在大约15000个基因簇中，我们仅发现了大约450个最小一致的PQ树。此外，我们展示了这两种情况下功能相关基因的具体实例。关于整个系列，请参见[Zbl 1076.68002号]. 引用于1文件 MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 68兰特 单词组合学 68T05型 人工智能中的学习和自适应系统 关键词：模式发现;数据挖掘;集群;模式;图案;置换模式;PQ树;比较基因组学;全基因组分析;进化分析 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{G.M.Landau}等人，Lect。注释计算。科学。3537、128--143（2005年；Zbl 1130.92301） 全文： 内政部