×

XS系统:用于模拟细胞行为的扩展S系统和代数微分自动机。 (英语) Zbl 1032.68659号

Sahni,Sartaj(编辑)等人,《高性能计算-HiPC 2002》。第九届国际会议,印度班加罗尔,2002年12月18日至21日。诉讼程序。柏林:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。2552, 431-442 (2002).
小结:一些生物和生化机制可以用相对简单的微分代数方程组(DAE)建模。这些微分方程的数值解为生物学家和生物化学家提供了主要的研究工具。然而,当涉及多个变量时,非常复杂系统的数值轨迹集变得难以处理。为了解决这个问题,我们提出了一种新的方法,通过以一种新方式组合来自数值分析、时序逻辑和验证以及可视化的众所周知的工具来查询大型数值记录道集。
在本文中,我们描述了XS-系统:计算模型,其目的是为S-系统的用户提供一个额外的工具,即对复杂生化反应的时间演化进行建模的自动机。从微分方程的数值解和解析解出发,描述了自动机的构造,并考虑了参数的确定和调整。介绍了一种用于表示和验证XS系统属性的时序逻辑语言,并给出了一个原型实现。
有关整个系列,请参见[Zbl 1014.00025号].

MSC公司:

2005年第68季度 计算模型(图灵机等)(MSC2010)
92C40型 生物化学、分子生物学
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 链接