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埃伯哈德·沃伊特。

后基因组时代的数据模型和过程模型。 （英语） 2014年10月15日

数学。Biosci公司。 180, 263-274 (2002).
摘要：随着我们进入后基因组时代，数据模型，例如基因序列和微阵列的挖掘和过滤方法以及共表达基因的聚类，必须辅之以过程模型，以解释基因组信息与生物化学和生理学层面的现象之间的关系。其中许多模型将具有隔间模型的结构，其概念化、识别和分析将从根本上受益于杰克·雅克[生物学和医学中的分区分析。（1988；兹比尔0703.92001)]. 本文通过三个小插曲指出，生物化学系统理论形成中的非线性隔间模型是后基因组过程模型的可行候选。

引用于4文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
93A30型 系统数学建模（MSC2010）

关键词：

生物化学系统理论;舱室模型;后基因组时代;S系统

引文：

Zbl 0703.92001号
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.O.Voit}，数学。Biosci公司。180、263--274（2002；Zbl 1015.92014）
全文： 内政部

参考文献：

[1] （Neugebauer，O.；Sachs，A.，《数学楔形文字》（1945），美国东方学会和美国东方研究学院：美国东方学会与美国东方研究院纽黑文，CT）·Zbl 0060.00401号
[2] Savageau，M.A.，《复杂系统的增长可能与其潜在决定因素的特性有关》，Proc。美国国家科学院。科学。，76, 5413 (1979) ·兹比尔0411.92005
[3] Paustenbach，D.J.，《健康风险评估调查》（Paustenbah，D.J，《环境和人类健康危害的风险评估：案例研究教科书》（1989），John Wiley:John Wiley New York）
[4] Leicester，H.M.，《从古代到现代生物化学概念的发展》（1974年），哈佛大学：哈佛大学，马萨诸塞州剑桥
[5] T.R.马尔萨斯，《人口原则论文》，伦敦，1798年；由纽约圣马丁出版社重印，1966年；T.R.马尔萨斯，《人口原则论文》，伦敦，1798年；由纽约圣马丁出版社重印，1966年
[6] Verhulst，P.F.，《人口诉讼通知》，通讯社，Mathémat。物理。，10, 113 (1838)
[7] A.J.Lotka，《物理生物学要素》，威廉姆斯和威尔金斯出版社，巴尔的摩，1924年；再版为《数学生物学原理》，多佛，纽约，1956年；A.J.Lotka，《物理生物学要素》，威廉姆斯和威尔金斯出版社，巴尔的摩，1924年；再版为《数学生物学原理》，1956年，纽约多佛
[8] Volterra，V.，Leçons sur la Théorie Mathématique de la Lutte pour la Vie（1931年），《高地维拉：巴黎高地维拉斯》
[9] 西澳州科马克。；McKendrick，A.G.，《流行病数学理论的贡献》，罗伊。《Stat.Soc.J.》，第115、700页（1927年）·Zbl 0007.31502号
[10] Savageau，M.A.，《增长方程：一般方程和特殊情况调查》，《数学》。生物科学。，48, 267 (1980) ·Zbl 0419.92001号
[11] DiStefano III，J.J.，《建模方法论坛：扩展部门》，美国生理学杂志。，248，C187（1985）
[12] J.A.Jacquez，《生物学和医学的区系分析》，第三版，密歇根州德克斯特，汤姆逊海岸，1996年；J.A.Jacquez，《生物学和医学中的分区分析》，第3版，汤姆森-绍尔，德克斯特，密歇根州，1996年·Zbl 0703.92001号
[13] Lineweaver，H。；Burk，D.，《酶离解常数的测定》，J.Amer。化学。《社会学杂志》，56658（1934）
[14] Scatchard，G.，《蛋白质对小分子和离子的吸引力》，Ann.N.Y.Acad。科学。，51, 660 (1949)
[15] B.Woolf，引自：J.B.S.Haldane，K.G.Stern（编辑），Allgemeine chemie der Enzyme，Steinkopf，Dresden and Leipzig，1932年；B.Woolf，引自：J.B.S.Haldane，K.G.Stern（编辑），Allgemeine chemie der Enzyme，Steinkopf，Dresden and Leipzig，1932年
[16] Segel，L.A.，《生物动力学》（1991），剑桥大学：剑桥大学·Zbl 0743.92017号
[17] Garfinkel，D.，《计算机模拟在生物化学中的作用》，Comp。生物识别。《决议》，第2、1、31条（1968年）
[18] Garfinkel，D.，《复杂生物系统的计算机建模及其简化》，《美国物理学杂志》。，239，1，R1（1980）
[19] Garfinkel，D.，《基于计算机的固有复杂生物系统建模：问题策略和方法》，《生物识别》。生物芯片。《学报》，44,6823（1985）
[20] G.L.Atkins，生物系统的多组分模型，Methue，1969年；G.L.Atkins，生物系统的多组分模型，Methue，1969年
[21] Jacquez，J.A.，《生物学和医学中的分区分析》（1972），爱思唯尔：爱思唯尔阿姆斯特丹·Zbl 0703.92001号
[22] Godfrey，K.R.，《隔间模型及其应用》（1983），学术出版社：伦敦学术出版社
[23] M.A.Savageau，生物化学系统分析，分子生物学中的功能和设计研究。Addison-Wesley，雷丁，马萨诸塞州，1976年；M.A.Savageau，生物化学系统分析，分子生物学中的功能和设计研究。Addison-Wesley，马萨诸塞州雷丁市，1976年·Zbl 0398.92013号
[24] Heinrich，R。；拉波波特，S.M。；Rapoport，T.A.，代谢调节和数学模型，Prog。生物物理学。摩尔。生物学，32，1（1977）
[25] Shiraishi，F。；Savageau，M.A.，三羧酸循环盘状网柄菌I.替代动力学表征的公式，J.Biol。化学。，267, 22912 (1992)
[26] 阿尔梅达，J.S。；Reis，M.A.M。；Carrondo，M.J.T.，荧光假单胞菌反硝化中硝酸盐和亚硝酸盐还原的竞争，生物技术。生物工程。，46, 476 (1995)
[27] Neves，A.R。；拉莫斯，A。；Nunes，M.C。；Kleerebezem先生。；Hugenholtz，J。；德沃斯，W.M。；阿尔梅达，J。；Santos，H.，体内核磁共振研究乳酸乳球菌，生物技术。生物工程。，64, 2, 200 (1999)
[28] DeRisi，J.L。；V.R.Iyer。；Brown，P.O.，探索基因组尺度上基因表达的代谢和遗传控制，科学，278680（1997）
[29] 拉什卡里，D.A。；DeRisi，J.L。；McCusker，J.H。；Namath，A.F。；Gentile，C。；Hwang，S.Y。；布朗，P.O。；Davis，R.W.，用于全基因组并行遗传和基因表达分析的酵母微阵列，Proc。美国国家科学院。科学。美国，94，24，13057（1997）
[30] 沃迪卡，L。；Dong，H。；米特曼，M。；Ho，M.H。；Lockhart，D.J.，基因表达监测酿酒酵母、自然生物技术、。，15, 1359 (1997)
[31] E.O.Voit，生化系统的计算分析。《生物化学家和分子生物学家实用指南》，剑桥大学，英国剑桥，2000年；E.O.Voit，生化系统的计算分析。《生物化学家和分子生物学家实用指南》，剑桥大学，英国剑桥，2000年
[32] （Bower，J.M.；Bolouri，H.，《遗传和生物化学网络的计算建模》（2001），麻省理工学院：麻省理学院剑桥分校）
[33] Savageau，M.A.，生化系统分析，I.组分酶反应速率定律的一些数学性质，J.Theor。生物学，25365（1969）
[34] Savageau，M.A.，《生化系统分析》，第二卷。使用幂律近似的（n）-池系统的稳态解，J.Theor。生物学，25370（1969）
[35] E.O.Voit（编辑），标准非线性建模。理解复杂性的S系统方法，Van Nostrand Reinhold，纽约，1991年；E.O.Voit（编辑），标准非线性建模。理解复杂性的S系统方法，Van Nostrand Reinhold，纽约，1991年·Zbl 0785.92004号
[36] Voit，E.O。；Radivoyevitch，T.，全基因组表达数据的生化系统分析，生物信息学，16，11，1023（2000）
[37] 可从以下位置获得<http://rana.Stanford.EDU/clustering/Figure2。文本；可从以下位置获得<http://rana.Stanford.EDU/clustering/Figure2。文本
[38] M.B.Eisen，P.T.Spellman，P.O.Brown，D.Botstein，《全基因组表达模式的聚类分析和显示》，Proc。美国国家科学院。科学。美国95（1998）14863-14868；M.B.Eisen，P.T.Spellman，P.O.Brown，D.Botstein，全基因组表达模式的聚类分析和显示，Proc。美国国家科学院。科学。美国95（1998）14863-14868
[39] Lindquist，S.，《热休克反应》，《生物化学年鉴》。，55, 1151 (1986)
[40] 库托，R。；Sorribas，A。；Cascante，M.，发酵途径的比较表征酿酒酵母运用生化系统理论和代谢控制分析。模型定义和命名，数学。生物科学。，130, 25 (1995) ·Zbl 0835.92015号
[41] 卡斯坎特，M。；库托，R。；Sorribas，A.，发酵途径的比较特征酿酒酵母运用生化系统理论和代谢控制分析。稳态分析，数学。生物科学。，130, 51 (1995) ·Zbl 0835.92016号
[42] Sorribas，A。；库托，R。；Cascante，M.，发酵途径的比较表征酿酒酵母运用生化系统理论和代谢控制分析。模型验证和动态行为，数学。生物科学。，130, 71 (1995) ·Zbl 0835.92017号
[43] Galazzo，J.L。；Bailey，J.E.，悬浮和固定化发酵路径动力学和代谢通量控制酿酒酵母，酶微生物。技术。，12, 162 (1990)
[44] Galazzo，J.L。；Bailey，J.E.，《酶微生物学》。技术。，13，363（1991），勘误表
[45] 托雷斯，N.V。；Voit，E.O。；Glez-Alcon，C。；Rodriguez，F.，《生物化学系统的间接优化方法：最大化乙醇-甘油和碳水化合物生成速率的方法和应用描述》酿酒酵母，生物技术。生物工程。，55, 5, 758 (1997)
[46] 罗德·盖兹·阿科斯塔，F。；Regelado，C.M。；Torres，N.V.，通过随机算法对生物技术过程进行非线性优化：通过酿酒酵母，J.生物技术。，68, 15 (1999)
[47] 戴维森，J.F。；怀特，B。；Bissinger，P.H。；Schiestl，R.H.，氧化应激与热诱导细胞死亡酿酒酵母《美国国家科学院院刊》，93，5116（1996）
[48] 戈登，C。；拉格尼尔，G。；Lee，J。；Buhler，J.M。；Kieffer，S。；Perrot，M.，（H_2 O_2）刺激素酿酒酵母《生物学杂志》。化学。，273, 22480 (1998)
[49] Boy-Marcotte，E。；拉格尼尔，G。；佩罗，M。；Bussereau，F。；Boudsocq，A。；杰奎特，M。；Labarre，J.，《酵母的热休克反应：Msn2p/Msn4p和Hsf1p调节子的差异调节和贡献》，Molec。微生物。，33, 2, 274 (1999)
[50] 宾利，W.E。；北卡罗来纳州米尔贾利利。；Andersen，哥伦比亚特区。；Davis，R.H。；Kompala，D.S.，质粒编码蛋白：与重组细菌相关的代谢负荷的主要因素，生物技术。生物工程。，35, 668 (1990)
[51] Snoep，J.L。；Yomano，L.P。；韦斯特霍夫，H.V。；Ingram，L.O.，蛋白质负荷运动发酵单胞菌：糖酵解酶过度生产导致的负通量和生长控制，微生物学，1412329（1995）
[52] 史密斯，H.P。；Hauf，J。；缪勒，S。；霍布利·T·J。；Zimmermann，F.K。；Hahn-Hägerdal，B。；尼尔森，J。；Olsson，L.，糖酵解下部的酶同时过表达可以提高酿酒酵母《酵母》，16，1325（2000）
[53] 博拉兹奎兹，医学硕士。；拉古纳斯，R。；甘塞多，C。；Gancedo，J.M.，海藻糖-6-磷酸，一种抑制己糖激酶的酵母糖酵解新调节物，FEBS Lett。，329, 51 (1993)
[54] Hottiger，T。；德维吉利奥，C.D。；霍尔，M.N。；Boller，T。；Wiemken，A.，海藻糖的生理浓度增加了体外蛋白质的热稳定性，欧洲生物化学杂志。，219, 187 (1994)
[55] Teusink，B。；沃尔什，M.C。；大坝，K.V。；Westerhoff，H.V.，涡轮设计代谢途径的危险，趋势生物化学。科学。，23, 162 (1998)
[56] Fell，D.A.，《代谢控制分析——理论和实验发展调查》，《生物化学》。J.，286313（1992）
[57] Savageau，M.A.，《参数敏感性作为评价和比较生化系统性能的标准》，《自然》，229，542（1971）
[58] Savageau，M.A.，完整生物化学控制系统的行为，Curr。主题单元格。第6条、第63条（1972年）
[59] Savageau，M.A.，《生物化学系统行为与其潜在分子属性相关的概念》，Arch。生物化学。生物物理学。，145, 612 (1971)
[60] Lanczos，C.，《应用分析》（1964年），普伦蒂斯·霍尔：新泽西州普伦蒂斯霍尔-恩格尔伍德悬崖·Zbl 0111.12403号
[61] Sorribas，A。；Cascante，M.，《代谢途径中的结构可识别性：基于幂律形式主义的模型参数估计》，《生物化学》。J.，298303（1994）
[62] 可从以下位置获得<网址：http://snp.cshl.org/; 可从以下位置获得<http://snp.cshl.org/
[63] 国际SNP图谱工作组，包含142万个单核苷酸多态性的人类基因组序列变异图谱。《自然》409（2001）928；国际SNP图谱工作组，包含142万个单核苷酸多态性的人类基因组序列变异图谱。《自然》409（2001）928
[64] Lander，E.S.，《新基因组学：生物学的全球观点》，《科学》，274536（1996）
[65] 卢萨托，L。；Mehta，A.，葡萄糖6-磷酸脱氢酶缺乏症，（Scriver，C.R.；Beaudet，A.L.；Sly，W.S.；Valle，D.，《遗传疾病的代谢和分子基础》，第7版，第三卷（1995年），McGraw-Hill:McGraw-希尔纽约），3367
[66] 柯林斯，F.S.，《针头和干草堆：通过定位克隆发现人类疾病基因》，临床。Res.，39，615（1991）
[67] Risch，N。；Merikangas，K.，《复杂人类疾病遗传研究的未来》，《科学》，2731516（1996）
[68] Savageau，M.A.，《生物化学控制系统的替代设计理论》。生物化学。《学报》，44875（1985）
[69] D.H.Irvine，《受控数学比较方法》，载于E.O.Voit（Ed.），规范非线性建模。理解复杂性的S系统方法，Van Nostrand Reinhold，纽约，1991年，第90页；D.H.Irvine，《受控数学比较方法》，载于E.O.Voit（Ed.），规范非线性建模。理解复杂性的S系统方法，Van Nostrand Reinhold，纽约，1991年，第90页·Zbl 0785.92004号
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