谢德轩;斯科特·里奇韦;塔玛·施利克 约束分子动力学模拟的SHAKE-SOR算法分析。 （英语） Zbl 0995.92019号 方法应用。分析。 7，第3期，577-590（2000）. 小结：将分子动力学与约束于平衡值的键相结合是一种常用的方法，用于增加可行的时间步长，从而减少整体模拟时间。在这里，我们在一个通用算法框架中分析了约束分子动力学模拟中广泛使用的数值迭代格式SHAKE，从中可以建立SHAKE与非线性解算器的关系。利用非线性SOR-Newton迭代方法，我们定义了SHAKE的一个加速变量SHAKE-SOR，并证明了SHAKE-SER和SOR-Newton之间的基本关系。基于这种关系，在非线性SOR理论框架下证明了SHAKE-SOR的收敛性。数值结果表明，通过优化参数选择，SHAKE-SOR可以减少每个时间步长的迭代次数，从而显著提高标准SHAKE的性能。 引用于2文件 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 65C20个 概率模型，概率统计中的通用数值方法 92C05型 生物物理学 关键词：约束分子动力学;SHAKE（震动）;SOR-Newton迭代法 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{D.Xie}等人，方法应用。分析。7，第3号，577--590（2000；Zbl 0995.92019） 全文： DOI程序