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贾高翔;王新雷;李启伟;陆伟（Lu，Wei）;唐西明;伊格纳西奥·维斯塔巴;谢，杨

RCRnorm：一个用于规范化纳米串计数器数据的随机高效层次回归模型集成系统。 （英语） Zbl 1433.62306号

附录申请。斯达。 第13期，第3期，1617-1647（2019）.
综述：福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样品在生物标志物发现、回顾性研究和疾病诊断或预后方面具有巨大潜力。然而，传统的基因表达谱技术在受损RNA上的表现并不令人满意，阻碍了它们的应用。NanoString nCounter平台非常适合FFPE样本的分析，并以高灵敏度测量基因表达，这可能极大地促进FFPE样本科学和临床价值的实现。然而，归一化方法的开发，这是分析此类数据的关键步骤，却远远落后。为该平台设计的现有方法分别使用来自不同类型内部控制的信息，并依赖于一个过于简单的假设，即管家基因的表达在全球尺度的样本中是恒定的。因此，这些方法没有针对nCounter系统进行优化，更不用说它们不是针对FFPE样品开发的。我们构建了一个随机有效的层次回归模型集成系统，以捕获从FFPE样本的NanoString数据中观察到的主要模式和特征，并开发了一种贝叶斯方法来估计参数并规范样本间的基因表达。我们的方法被称为RCRnorm，它融合了实验设计各个方面的信息，同时消除了各种来源的偏差。它消除了对家政基因的不切实际的假设，并提供了很好的解释性。此外，它适用于新鲜冷冻或类似样品，这些样品通常被视为FFPE样品的简化案例。仿真和应用表明了RCR范数的优越性能。

引用于1文件

MSC公司：

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
92D10型 遗传学和表观遗传学
62G05型 非参数估计
62J02型 一般非线性回归

关键词：

贝叶斯层次建模;控制探头;FFPE公司;管家基因;归一化;随机系数回归

软件：

贝叶斯DA;纳米字符串规范;Voom公司;RUVseq公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.Jia}等人，Ann.Appl。Stat.13，No.3，1617--1647（2019；Zbl 1433.62306）
全文： 内政部 arXiv公司 欧几里得

参考文献：

[1] Abdueva，D.、Wing，M.、Schaub，B.、Triche，T.和Davicioni，E.（2010年）。用affymetrix微阵列对福尔马林固定石蜡包埋样品进行定量表达谱分析。《分子诊断杂志》12 409-417。
[2] April，C.、Klotzle，B.、Royce，T.、Wickham-Garcia，E.、Boyaniwsky，T.，Izzo，J.、Cox，D.、Jones，W.、Rubio，R.等人（2009年）。福尔马林固定石蜡包埋组织样品的全基因组基因表达谱。公共科学图书馆ONE 4 e8162。
[3] Chen，H.-Y.，Yu，S.-L.，Chen，C.-H.，Chang，G.-C.，Cheng，C.-Y。非小细胞肺癌的五基因特征和临床结果。北英格兰。《医学杂志》356 11-20。
[4] Efron，B.和Stein，C.（1981年）。方差的折刀估计。安。统计师。9 586-596. ·Zbl 0481.62035号 ·doi:10.1214/aos/1176345462
[5] Eisenberg，E.和Levanon，E.Y.（2013）。人类家政基因，重温。趋势基因。29 569-574.
[6] 弗里德曼，M.M.（1997）。临床实验室改进修正案。Home Healthc公司。现在是15 393-395。
[7] Geiss，G.K.，Bumgarner，R.E.，Birditt，B.，Dahl，T.，Dowidar，N.，Dunaway，D.L.，Fell，H.P.，Ferree，S.，George，R.D.等人（2008年）。用彩色编码探针对进行基因表达的直接多重测量。自然生物技术。26 317-325.
[8] Gelman，A.、Carlin，J.B.、Stern，H.S.、Dunson，D.B.、Vehtari，A.和Rubin，D.B.（2014）。贝叶斯数据分析，第三版，《统计科学丛书》。佛罗里达州博卡拉顿CRC出版社·Zbl 1279.62004号
[9] Gubern，C.、Hurtado，O.、Rodríguez，R.、Morales，J.R.、Romera，V.G.、Moro，M.A.、Lizasoain，I.、Serena，J.和Mallolas，J.（2009）。脑缺血体内和体外模型中定量实时PCR的看家基因验证。BMC分子生物学。10 57.
[10] Iddawela，M.、Rueda，O.M.、Klarqvist，M.，Graf，S.、Earl，H.M.和Caldas，C.（2016）。使用cDNA介导的退火、延伸、选择和结扎全基因组（DASL-WG）分析对福尔马林固定石蜡包埋乳腺癌组织（FFPE）进行可靠的基因表达谱分析。BMC医学基因组学9 54。
[11] Irizarry，R.A.、Hobbs，B.、Collin，F.、Beazer Barclay，Y.D.、Antonellis，K.J.、Scherf，U.和Speed，T.P.（2003）。高密度寡核苷酸阵列探针水平数据的探索、规范化和总结。生物统计学4 249-264·Zbl 1141.62348号 ·doi:10.1093/biostatistics/4.2.249
[12] Jia，G.，Wang，X.，Li，Q.，Lu，W.，Tang，X.Wistuba，I.和Xie，Y.（2019年）。《RCRnormal:用于规范化NanoString计数器数据的随机有效分层回归模型集成系统》的补充。DOI:10.1214/19-AOAS1249SUPP·Zbl 1433.62306号
[13] Kulkarni，M.M.（2011年）。使用NanoString n计数器系统进行数字多路基因表达分析。货币。协议。分子生物学。94第25B.10.1-25B.10.17节。
[14] Law，C.W.、Chen，Y.、Shi，W.和Smyth，G.K.（2014）。voom：精确权重解锁用于RNA-seq读取计数的线性模型分析工具。基因组生物学。15 R29。
[15] Li，C.和Wong，W.H.（2001）。寡核苷酸阵列的基于模型的分析：表达指数计算和离群值检测。程序。国家。阿卡德。科学。美国98 31-36·Zbl 0990.62091号 ·doi:10.1073/pnas.98.1.31
[16] Lüder Ripoli，F.、Mohr，A.、Conradine Hammer，S.、Willenbrock，S.和Hewicker-Trautwein，M.、Hennecke，S.，Murua Escobar，H.和Nolte，I.（2016）。通过分支DNA分析比较新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的犬乳腺肿瘤标本。国际分子科学杂志。17 724.
[17] Ludwig，J.A.和Weinstein，J.N.（2005）。肿瘤分期、预后和治疗选择中的生物标记物。《国家癌症评论》5 845-856。
[18] Masuda，N.、Ohnishi，T.、Kawamoto，S.、Monden，M.和Okubo，K.（1999年）。福尔马林固定样品中RNA的化学修饰分析和此类样品分子生物学应用的优化。核酸研究27 4436-4443。
[19] NanoString Technologies，Inc.（2017年）。基因表达数据分析指南-NanoString。MAN-C0011-04。
[20] Omolo，B.、Yang，M.、Lo，F.Y.、Schell，M.J.、Austin，S.、Howard，K.、Madan，A.和Yeatman，T.J.（2016）。结直肠癌中FF到FFPE组织RAS通路激活特征的适应性。BMC医学基因组9 65。
[21] Paluch，B.E.，Glenn，S.T.，Conroy，J.M.，Papanicolau-Sengos，A.，Bshara，W.，Omilian，A.R.，Brese，E.，Nesline，M.，Burgher，B.等人（2017年）。使用靶向RNA测序稳健检测FFPE样本中的免疫转录物。Oncotarget 8号3197-3205。
[22] Perlmutter，M.A.、Best，C.J.、Gillespie，J.W.、Gathright，Y.、González，S.、Velasco，A.、Linehan，W.M.、Emmert-Buck，M.R.和Chuaqui，R.F.（2004）。组织标本基因表达谱快速冷冻与乙醇固定的比较。分子诊断杂志6 371-377。
[23] Reis，P.P.、Waldron，L.、Goswami，R.S.、Xu，W.、Xuan，Y.、Perez-Ordonez，B.、Gullane，P.、Irish，J.、Jurisica，I.等人（2011年）。使用多重彩色编码探针对档案样本中的mRNA转录物进行量化。BMC生物技术。11 46.
[24] Risso，D.、Ngai，J.、Speed，T.P.和Dudoit，S.（2014）。使用控制基因或样本的因子分析对RNA-seq数据进行归一化。自然生物技术。32 896.
[25] Rosenfeld，N.、Aharonov，R.、Meiri，E.、Rosenwald，S.、Spector，Y.、Zepeniuk，M.、Benjamin，H.、Shabes，N.和Tabak，S.等人（2008年）。MicroRNAs能准确识别癌症组织来源。自然生物技术。26 462-469.
[26] Shapiro，S.S.和Wilk，M.B.（1965年）。正态性方差检验分析：完整样本。生物特征52 591-611·Zbl 0134.36501号 ·doi:10.1093/biomet/52.3-4.591
[27] Solassol，J.、Ramos，J.，Crapez，E.、Saifi，M.、Mangé，A.、Vianès，E.、Lamy，P.-J.、Costes，V.和Maudelonde，T.（2011）。配对冷冻和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）结直肠癌组织中Kras突变检测。国际分子科学杂志。12 3191-3204.
[28] Stefan，U.、Michael，B.和Werner，S.（2010年）。三种不同保存方法对人和牛皮质骨力学性能的影响。骨骼47 1048-1053。
[29] Tang，H.、Xiao，G.、Behrens，C.、Schiller，J.、Allen，J.，Chow，C.-W.、Suraokar，M.、Corvalan，A.、Mao，J.等人（2013年）。一个12基因集预测非小细胞肺癌患者辅助化疗的生存益处。临床。癌症研究19 1577-1586。
[30] Thompson，D.、Botros，I.、Rounseville，M.、Liu，Q.、Wang，E.、Harrison，H.和Roche，P.（2014）。使用核酸酶保护与下一代测序相结合的自动化高保真度RNA表达谱分析。在默克技术研讨会上，新泽西州Long Branch 6。
[31] Vallejos，C.A.、Risso，D.、Scialdone，A.、Dudoit，S.和Marioni，J.C.（2017）。规范化单细胞RNA测序数据：挑战与机遇。自然方法14 565-571。
[32] von Ahlfen，S.、Missel，A.、Bendrat，K.和Schlumpberger，M.（2007年）。FFPE样品中RNA质量的决定因素。公共图书馆综合2 e1261。
[33] Waggott，D.、Chu，K.、Yin，S.、Wouters，B.G.、Liu，F.-F.和Boutros，P.C.（2012）。NanoStringNorm：用于NanoString mRNA和miRNA数据预处理的可扩展R包。生物信息学28 1546-1548。
[34] Wang，H.、Horbinski，C.、Wu，H.，Liu，Y.、Sheng，S.、Liu，J.、Weiss，H.和Stromberg，A.J.以及Wang，C.（2016）。NanoStringDiff：基于NanoString计数器数据的差异表达分析的新统计方法。核酸研究44 e151-e151。
[35] Xie，Y.、Xiao，G.、Coombes，K.R.、Behrens，C.、Solis，L.M.、Raso，G.，Girard，L.、Erickson，H.S.、Roth，J.等人（2011年）。福尔马林固定石蜡包埋样本的稳健基因表达特征可预测非小细胞肺癌患者的预后。临床。癌症研究17 5705-5714。
[36] Xie，Y.、Lu，W.、Wang，S.、Tang，X.、Tang、H.、Zhou，Y.，Moran，C.、Behrens，C.、Roth，J.等人（2017）。肺癌辅助化疗反应的12基因预测性特征的验证。J.托拉克。昂科尔。12 S1544。
[37] Ziober，A.F.、Patel，K.R.、Alawi，F.、Gimotty，P.、Weber，R.S.、Feldman，M.M.、Chalian，A.A.、Weinstein，G.S.和Hunt，J.等人（2006年）。快速筛查口腔鳞癌的基因特征的鉴定。临床。癌症研究12 5960-5971。
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