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达尼洛·古洛托;马里奥·萨尔瓦多·诺拉西;安德烈亚·贝尔尼尼;奥塔维亚·斯皮加;尼科莱

探索扩大弱同源折叠检测的蛋白质空间。 （英文） Zbl 1406.92456号

J.西奥。生物。 320, 152-158 (2013).
摘要：冗余预测方法已被用于探索弱同源蛋白基序的发生。实现了一种基于模板的混合算法，通过检测具有低序列身份的结构域构建子结构来预测蛋白质结构的不同层。对物理化学决定因素、二级结构轮廓和多重排列进行了分析，以生成一系列广泛的结构亚域。然后，密集的计算程序在二级结构预测、碎片组装和结构同源物检测的基础上生成了所有各种三维褶皱。该算法不仅可以识别常见的蛋白质亚结构，还可以通过链接超二级结构的主干轨迹来检测高阶结构，如域超家族/超家族。应用刚性转换协议，获得了与本地结构的平均均方根偏差为2.3º且本地结构的模板建模平均得分为0.43的检测域构建模型的总体。这里提出的折叠检测算法比以前提出的方法产生更准确的结果，对于序列一致性小于20%的蛋白质，也可以预测结构同源性。我们的工具可在http://www.acbrc.org/tools.html.

引用于1文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

蛋白质基序;结构预测;蛋白质折叠;远同源性;结构生物信息学

软件：

ClustalW公司;TM-对齐;爆炸;PSI-爆炸;COMPASS（指南针）;美国金融服务贸易协会
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Gullotto}等人，J.Theor。生物.320，152--158（2013；Zbl 1406.92456）
全文： DOI程序

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