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根据路径频率推断图形。 (英语) Zbl 1243.05171号

摘要:本文考虑了从顶点标记路径的出现次数推断图的问题,这与图的预成像问题密切相关:从特征空间表示重建图。结果表明,如果图是最大度由常数定界的树,并且给定路径的长度和字母表的大小由常数定界,则通过使用动态规划算法,可以在输出图大小的多项式时间内解决问题的精确和近似版本。另一方面,证明了如果路径的最大长度不有界,即使对于有界度的树,这个问题也是强NP难的。还研究了从固定大小子串的出现次数推断字符串的问题。

MSC公司:

05C62号 图形表示(几何和交点表示等)
68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制)
05C85号 图形算法(图形理论方面)
05C90年 图论的应用
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全文: 内政部

参考文献:

[1] Akutsu,T。;Fukagawa,D.,从路径频率推断图形,(第16届组合模式匹配年度研讨会论文集,第16届联合模式匹配年度会议论文集,计算机科学讲稿,第3537卷(2005)),371-382·Zbl 1131.68476号
[2] Akutsu,T。;Fukagawa,D.,根据标记路径和小片段的频率从特征向量推断化学结构,(第五届亚太生物信息学会议论文集(2007),帝国理工学院出版社:帝国理工大学出版社伦敦),165-174
[3] Asano,T.,构建具有规定度的最大连通图的一种时间算法,《计算机与系统科学杂志》,51,503-510(1995)·Zbl 1294.05144号
[4] 巴基尔,G.H。;韦斯顿,J。;Schölkopf,B.,《学习寻找预图像》,《神经信息处理系统进展》,16,449-456(2004)
[5] 巴克尔,G.H。;Zien,A。;Tsuda,K.,《学习寻找图形前图像》,(第26届DAGM研讨会论文集,第26届DIGM研讨会论文,计算机科学讲稿,第3175卷(2004)),253-261
[6] C.Cortes,M.Mohri,J.Weston,学习转导的一般回归技术,收录于:Proc。第22届机器学习国际会议,2005年,第153-160页。;C.Cortes,M.Mohri,J.Weston,学习转导的一般回归技术,收录于:Proc。第22届机器学习国际会议,2005年,第153-160页。
[7] 科尔特斯,C。;莫赫里,M。;Weston,J.,《学习字符串映射的一般回归框架》(Bakir等,预测结构化数据(2007),麻省理工学院出版社),143-168
[8] 科尔特斯,C。;Vapnik,V.,支持向量网络,机器学习,20273-297(1995)·Zbl 0831.68098号
[9] 迪尼茨,Y。;艾泰,A。;Rodeh,M.,关于子树同构的Zemlyachenko算法,《信息处理快报》,70,141-146(1999)·Zbl 1339.05383号
[10] 藤原,H。;Wang,J。;赵,L。;Nagamochi,H。;Akutsu,T.,用给定路径频率枚举树状化学图,化学信息与建模杂志,481345-1357(2008)
[11] Garey,M.R。;Johnson,D.S.,《计算机与难治性》。《NP完备性理论指南》(1979),W.H.Freeman and Co.:W.H.Freeman&Co.纽约·兹伯利0411.68039
[12] T.Gärtner,P.A.Flach,S.Wrobel,《论图核:硬度结果和有效替代品》,载于:Proc。第十六届计算学习理论年会和第七届内核研讨会,2003年,第129-143页。;T.Gärtner,P.A.Flach,S.Wrobel,《图形核:硬度结果和有效替代品》,摘自:Proc。第十六届计算学习理论年会和第七届内核研讨会,2003年,第129-143页·Zbl 1274.68312号
[13] Hizukuri,Y。;Yamanishi,Y。;O.中村。;八木,F。;Goto,S。;Kanehisa,M.,通过计算糖组学提取人类白血病特异性聚糖基序,碳水化合物研究,3402270-2278(2005)
[14] 石田,Y。;加藤,Y。;赵,L。;Nagamochi,H.公司。;Akutsu,T.,《使用分离剪切枚举给定路径频率的树状化学图的分枝定界算法》,《化学信息与建模杂志》,50,934-946(2010)
[15] H.鹿岛,K.Tsuda,A.Inokuchi,标记图之间的边缘化核,摘自:Proc。第20届国际机器学习会议,2003年,第321-328页。;H.鹿岛,K.Tsuda,A.Inokuchi,标记图之间的边缘化核,摘自:Proc。第20届国际机器学习会议,2003年,第321-328页。
[16] Lauri,J。;Scapellato,R.,《图形自同构与重构专题》(2003),剑桥大学出版社:英国伦敦剑桥大学出版社·Zbl 1038.05025号
[17] C.Leslie,E.Eskin,W.S.Noble,光谱核:支持向量机蛋白质分类的字符串核,in:Proc。2002年太平洋生物计算研讨会,第564-575页。;C.Leslie,E.Eskin,W.S.Noble,光谱核:支持向量机蛋白质分类的字符串核,in:Proc。2002年太平洋生物计算研讨会,2002年,第564-575页。
[18] P.Mahé,N.Ueda,T.Akutsu,J.-L.Perret,J.-P.Vert,边缘化图核的扩展,收录于:Proc。第21届机器学习国际会议,2004年,第552-559页。;P.Mahé,N.Ueda,T.Akutsu,J.-L.Perret,J.-P.Vert,边缘化图核的扩展,收录于:Proc。第21届机器学习国际会议,2004年,第552-559页。
[19] O.丸山。;宫野,S.,从行走中推断树,理论计算机科学,161289-300(1996)·Zbl 0872.68137号
[20] Nachbar,R.B.,《分子进化:分层化学拓扑的自动操作及其在平均分子结构中的应用》,《遗传编程和进化机器》,157-94(2000)·Zbl 1006.68635号
[21] Nagamochi,H.,从路径频率推断图形的分离算法,《算法》,53207-224(2009)·Zbl 1172.68049号
[22] 佩夫兹纳,P.A.,计算分子生物学。《算法方法》(2000),麻省理工学院出版社:麻省理工学院出版社·兹伯利0972.92011
[23] Raghavan,V.,从行走中推断有界度图,《计算机与系统科学杂志》,49,108-132(1994)·Zbl 0821.68098号
[24] (Schölkopf,B.;Tsuda,K.;Vert,J.-P.,《计算生物学中的内核方法》(2004),麻省理工出版社:麻省理学出版社MA)
[25] 肖-泰勒,J。;Cristianini,N.,《模式分析的核心方法》(2004),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社,英国剑桥
[26] Shervashidze,N。;Borgwardt,K.,图上的快速子树核,神经信息处理系统进展,221660-1668(2009)
[27] L.Song,X.Zhang,A.Smola,A.Gretton,B.Schölkpf,通过再生核矩匹配定制密度估计,in:Proc。第25届机器学习国际会议,2008年,第992-999页。;L.Song,X.Zhang,A.Smola,A.Gretton,B.Schölkpf,通过再生核矩匹配定制密度估计,in:Proc。第25届机器学习国际会议,2008年,第992-999页。
[28] Vinkers,H.M。;德容格,M.R。;Daeyaert,F.F.D。;Heeres,J。;科曼斯,L.M.H。;van Lente,J.H。;Lewi,P.J。;Timmerman,H。;van Aken,K。;Janssen,P.A.J.,Synopsis:Synthesis and optimize system in silico,Journal of Medicine Chemistry,462765-2773(1993)
[29] 张,X。;宋,L。;格雷顿,A。;Smola,A.J.,非iid数据独立性的核度量,神经信息处理系统的进展,211937-1944(2008)
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