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Kohn Sham密度泛函理论的高阶自适应有限元方法。 (英语) Zbl 1349.74331号

小结:我们提出了一种高效的计算方法,使用Kohn-Sham密度泛函理论(DFT)的自适应高阶有限元离散化来执行实际空间电子结构计算。为此,我们开发了一个先验的网格自适应技术构造了一个接近最优的有限元离散化问题。我们进一步提出了用谱有限元结合高斯-洛巴托求积求解离散特征值问题的有效解决策略,以及用切比雪夫加速技术计算所占特征空间。与求解广义特征值问题相比,该方法具有惊人的100-200倍的计算优势。使用所提出的求解程序,我们研究了Kohn Sham DFT问题的高阶有限元离散化所提供的计算效率。我们的研究表明,对于全电子和局部赝势计算,通过使用高阶有限元离散化,相对于线性有限元,可以实现惊人的计算节省(约1000倍)。在所研究的所有基准系统上,我们观察到,对于与化学精度相称的精度,超过六阶的计算节省的回报递减,这表明六边形谱元可能是Kohn-Sham DFT问题有限元离散化的最佳选择。对所提出的高阶有限元离散化计算效率的比较研究表明,在非周期局部赝势计算中,有限元基的性能与平面波离散化的性能存在竞争,与全电子计算的高斯基相比,在一个数量级内。此外,我们证明了所提出的方法能够使用适度的计算资源计算包含1688个原子的金属系统的电子结构,并且本实现具有良好的可扩展性,最多192个处理器。

MSC公司:

74S05号 有限元方法在固体力学问题中的应用
65N30型 含偏微分方程边值问题的有限元、Rayleigh-Ritz和Galerkin方法
65天30分 数值积分
65牛顿50 涉及偏微分方程的边值问题的网格生成、细化和自适应方法
65兰特 积分变换的数值方法
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参考文献:

[1] 科恩,W。;Sham,L.J.,《包含交换和相关效应的自洽方程》,《物理学》。修订版,140,A1133-A1138(1965)
[2] Hohenberg,P。;Kohn,W.,《非均匀电子气体》,Phys。版本136,B864-B871(1964)
[3] Kresse,G。;Furthmüller,J.,使用平面波基集进行从头算总能量计算的高效迭代方案,Phys。B版,54,11169-11186(1996)
[4] 医学博士Segall。;Lindan,P.J.D。;Probert,M.J。;Pickard,C.J。;Hasnip,P.J。;克拉克·S·J。;Payne,M.C.,《第一原理模拟:想法、插图和CASTEP代码》,J.Phys。康登斯。Matter,14,2717-2744(2002)
[5] Gonze,X。;J.-M.布肯。;加拉加斯,R。;Detraux,F。;Fuchs,M。;里格纳内斯语,G.-M。;辛迪奇,L。;Verstraete,M。;谢拉,G。;Jollet,F。;托伦特,M。;罗伊,A。;米卡米,M。;Ghosez博士。;Raty,J.-Y。;Allan,D.C.,《材料特性的第一原理计算:ABINIT软件项目》,Compute。马特。科学。,25, 478-492 (2002)
[6] Hehre,W.J。;斯图尔特,R.F。;Pople,J.A.,《自洽分子生物学方法》。I.使用Slater型原子轨道的高斯展开,J.Chem。物理。,51, 2657-2664 (1969)
[7] Wills,J.M。;库珀,B.R.,杂化铈系统的能带和模型哈密顿理论的合成,物理学。B版,363809-3823(1987)
[8] Jensen,F.,《计算化学导论》(1999),威利出版社
[9] Beck,T.L.,密度泛函理论中的实空间网格技术,《现代物理学评论》。,72, 1041-1080 (2000)
[10] 索勒,J.M。;阿塔乔,E。;盖尔,J.D。;加西亚,a。;Junkera,J。;奥尔德恩,P。;Sañchez-Portal,D.,材料从头算模拟的午睡方法,J.Phys。康登斯。Matter,14,2745-2779(2002)
[11] 切里科夫斯基,J.R。;Troullier,N。;Saad,Y.,《有限差分赝势法:无基电子结构计算》,Phys。修订稿。,72, 1240-1243 (1994)
[12] 卡斯特罗,A。;阿佩尔,H。;奥利维拉,M。;罗齐,C.A。;安德拉德,X。;Lorenzen,F。;马奎斯,M.A.L。;总量,E.K.U。;Rubio,A.,Octopus:应用含时密度泛函理论的工具,Phys。Status Solidi B,2432465-2488(2006年)
[13] 基诺维斯。;维多,B。;奥斯皮奇,M。;德国T。;Godecker,S。;Mèhaut,J.F.,《用于高性能电子结构计算的Daubechies小波:BigDFT项目》,C.R.Mècanique,339,149-164(2011)·Zbl 1221.82009年
[14] Bowler,D。;乔杜里,R。;Gillan,M。;宫崎骏,T.,大规模从头计算的最新进展:CONQUEST代码,Phys。状态Solidi B,243989-1000(2006)
[15] Skylaris,C.-K。;Haynes,P.D。;Mostofi,A.A。;Payne,M.C.,《ONETEP简介:并行计算机上的线性尺度密度函数模拟》,J.Chem。物理。,122, 084119 (2005)
[16] 莫丁,N.A。;Zumbach,G。;Kaxiras,E.,原子、分子和固体的自适应协调实际空间电子结构计算,Phys。B版,55,289-301(1997)
[17] 怀特,S.R。;威尔金斯,J.W。;Teter,M.P.,电子结构的有限元方法,物理学。版本B,39,5819-5830(1989)
[18] 津田,E。;Tsukada,M.,基于有限元方法的电子结构计算,物理。B版,52,5573-5578(1995)
[19] 津田,E。;Tsukada,M.,电子结构计算的自适应有限元方法,物理。B版,54,7602-7605(1996)
[20] Tsuchida,E。;Tsukada,M.,基于自适应有限元方法的大尺度电子结构计算,J.Phys。Soc.Jpn.公司。,67, 3844-3858 (1998)
[21] 帕斯克,J.E。;Klein,B.M。;Fong,C.Y。;Sterne,P.A.,《固态电子结构计算的实空间局部多项式基础:有限元方法》,Phys。版本B,59,12352-12358(1999)
[22] 帕斯克,J.E。;Klein,B.M。;斯特恩,P.A。;Fong,C.Y.,电子结构理论中的有限元方法,计算。物理学。通信,135,1-34(2001)·Zbl 0984.81038号
[23] 帕斯克,J.E。;Sterne,P.A.,从头算电子结构计算中的有限元方法,模型。模拟。马特。科学。工程,13,R71-R96(2005)
[24] 张,D。;沈,L。;周,A。;龚,X.,基于自适应四面体网格求解Kohn-Sham方程的有限元方法,Phys。莱特。A、 3725071-5076(2008)·Zbl 1221.81225号
[25] E.J.Bylaska。;主持人,M。;Weare,J.H.,用于求解密度泛函理论精确Kohn-Sham方程的自适应有限元方法,J.Chem。理论计算。,5, 937-948 (2009)
[26] Lehtovaara,L。;哈夫,V。;Puska,M.,高阶有限元的全电子密度泛函理论和含时密度泛函,J.Chem。物理。,131, 054103 (2009)
[27] Suryanarayana,P。;加维尼,V。;布莱森,T。;巴塔查亚,K。;Ortiz,M.,Kohn-Sham密度泛函理论的非周期有限元公式,J.Mech。物理学。固体,58256-280(2010)·Zbl 1193.81006号
[28] 林,L。;卢,J。;Ying,L。;E、 W.,不连续Galerkin框架下Kohn-Sham密度泛函理论的自适应局部基集I:总能量计算,J.Compute。物理。,231, 2140-2154 (2012) ·Zbl 1251.82008年
[29] 方,J。;高,X。;Zhou,A.,基于六面体有限元的Kohn-Sham方程求解器,J.Compute。物理。,231, 3166-3180 (2012) ·Zbl 1245.82007年
[30] Bao,G。;胡,G。;Liu,D.,An(h)-电子结构计算的自适应有限元解算器,J.Compute。物理。,231, 4967-4979 (2012) ·Zbl 1245.65125号
[31] 马苏德,A。;Kannan,R.,基于B样条和NURBS的Kohn-Sham方程有限元方法,计算。方法应用。机械。工程,241-244112-27(2012)·Zbl 1353.82065号
[32] 绍尔,V。;Linder,C.,层次有限元空间上的全电子Kohn-Sham密度泛函理论,J.Compute。物理。,250, 644-664 (2013)
[33] 赫尔曼森,B。;Yevick,D.,带结构分析的有限元方法,物理学。B版,33,7241-7242(1986)
[34] Batcho,P.F.,通用多中心电子结构计算方法,物理。版本E,61,7169-7183(2000)
[35] Motamarri,P。;Iyer,M。;克纳普,J。;Gavini,V.,无轨道密度泛函理论的高阶自适应有限元方法,J.Compute。物理。,231, 6596-6621 (2012) ·Zbl 1284.65171号
[36] 莱文,Z.H。;Wilkins,J.W.,《薛定谔方程的能量最小化网格》,J.Compute。物理。,83, 361-372 (1989) ·兹伯利0691.65091
[37] Radovitzky,R.A.,强非线性动力学问题中的误差估计和自适应网格划分(1998),加州理工学院,博士论文
[38] 石田,T。;Ohno,K.,关于Hartree-Fock轨道的渐近行为,Theor。蜂鸣器。《学报》,81,355-364(1992)
[39] 周,Y。;萨阿德,Y。;蒂亚戈,M.L。;Chelikowsky,J.R.,通过Chebyshev滤波子空间加速度进行并行自我场计算,Phys。修订版E,74066704(2006)
[40] Anderson,D.G.,非线性积分方程的迭代程序,J.Assoc.Compute。机器。,12, 547-560 (1965) ·Zbl 0149.11503号
[41] 陈,H。;龚,X。;He,L。;杨,Z。;Zhou,A.,Kohn-Sham模型有限维近似的数值分析,高级计算。数学。,38, 225-256 (2013) ·Zbl 1278.35225号
[42] 陈,H。;龚,X。;Zhou,A.,非线性特征值问题的数值逼近及其在密度泛函模型中的应用,数学。方法应用。科学。,33, 1723-1742 (2010) ·Zbl 1194.35293号
[43] 坎塞斯,E。;查基尔,R。;Maday,Y.,非线性特征值问题的数值分析,J.Sci。计算。,45, 90-117 (2010) ·Zbl 1203.65237号
[44] 陈,H。;He,L。;Zhou,A.,量子物理非线性特征值问题的有限元近似,计算。方法应用。机械。工程,200,1846-1865(2011)·兹比尔1228.81026
[45] 基诺维斯。;Neelov,A。;Goedecker,S。;德国T。;加西米,S.A。;威兰,A。;卡利斯特,D。;齐尔伯格,O。;Rayson,M。;伯格曼,A。;Schneider,R.,Daubechies小波作为密度泛函赝势计算的基础集,J.Chem。物理。,129, 014109 (2008)
[46] 弗里希,M.J。;卡车,G.W。;施莱格尔,H.B。;斯库塞里亚,G.E。;Robb,硕士。;齐塞曼,J.R。;Scalmani,G。;巴龙,V。;Mennucci,B。;彼得森,G.A。;Nakatsuji,H。;Caricato,M。;李,X。;Hratchian,H.P。;伊兹马约洛夫,A.F。;布鲁诺,J。;郑庚。;Sonnenberg,J.L。;哈达,M。;埃哈拉,M。;丰田,K。;福田,R。;长谷川,J。;石田,M。;Nakajima,T。;Y.本田。;O.北岛。;Nakai,H。;Vreven,T。;蒙哥马利,J.A。;佩拉尔塔,J.E。;奥利亚罗,F。;Bearpark,M。;海德·J·J。;兄弟,E。;库丁,K.N。;Staroverov,V.N。;小林,R。;诺曼德,J。;Raghavachari,K。;伦德尔,A。;Burant,J.C。;艾扬格,S.S。;托马西,J。;Cossi,M。;雷加,N。;Millam,J.M。;克莱恩,M。;诺克斯,J.E。;克罗斯,J.B。;巴肯,V。;阿达莫,C。;Jaramillo,J。;Gomperts,R。;斯特拉曼,R.E。;Yazyev,O。;奥斯汀,A.J。;卡米(Cammi),R。;波梅利,C。;Ochterski,J.W。;马丁·R·L。;莫罗库马,K。;Zakrzewski,V.G。;Voth,G.A。;萨尔瓦多,P。;Dannenberg,J.J。;达普里奇,S。;丹尼尔斯,A.D。;法尔卡斯。;Foresman,J.B。;奥尔蒂斯,J.V。;Cioslowski,J.(西奥斯洛夫斯基,J.)。;Fox,D.J.,Gaussian 09,修订版A.1(2009),Gausssian公司:Gaussia公司,康涅狄格州沃林福德
[47] 北苏库马尔。;Pask,J.E.,布洛赫周期边界条件的经典和丰富有限元公式,国际。J.数字。方法工程,77,1121-1138(2009)·Zbl 1156.81313号
[48] 帕尔·R。;杨伟,《原子和分子的密度泛函理论》(1989),牛津大学出版社
[49] Finnis,M.,《凝聚物质中的原子间作用力》(2003),牛津大学出版社
[50] Ceperley,D.M。;Alder,B.J.,用随机方法研究电子气体的基态,物理学。修订版,45,566-569(1980)
[51] 佩杜,J.P。;Zunger,A.,多电子系统密度泛函近似的自相互作用校正,Phys。B版,23,5048-5079(1981)
[52] 西北阿什克罗夫特。;Mermin,N.D.,《固体物理》(1976),哈特科特学院出版社·Zbl 1118.82001号
[53] 加维尼,V。;克纳普,J。;巴塔查亚,K。;Ortiz,M.,无轨道密度泛函理论的非周期有限元公式,J.Mech。物理学。固体,55669-696(2007)·Zbl 1162.74461号
[54] Anantharaman,A。;Cancés,E.,《量子化学中Kohn-Sham模型极小值的存在》,《Ann.Inst.H.Poincare Anal》。《非线性》,26,2425-2455(2009)·Zbl 1186.81138号
[55] Ciarlet,P.G.,《椭圆问题的有限元方法》(2002),SIAM:SIAM Philadelphia·Zbl 0999.65129号
[56] Patera,A.T.,《流体动力学的谱元方法:通道扩张中的层流》,J.Compute。物理。,54, 468-488 (1984) ·Zbl 0535.76035号
[57] Boyd,J.P.,Chebyshev和Fourier光谱方法(2001),多佛出版物·Zbl 0994.65128号
[58] 卡努托,C。;侯赛尼,M.Y。;Quarteroni,A。;Zang,T.A.,《光谱方法:复杂几何学的演变及其在流体动力学中的应用》(2007),Springer·Zbl 1121.76001号
[59] 巴莱,S。;Brown,J。;Buschelman,K。;埃伊霍特,V。;格罗普,W.D。;考希克,D。;Knepley,M.G。;McInnes,L.C.公司。;B.F.史密斯。;Zhang,H.,PETSc用户手册(2011),阿贡国家实验室
[60] Sleijpen,G.L.G。;范德沃斯特,H.A。;Meijerink,E.,线性特征值问题的Jacobi-Davidson迭代法,SIAM J.矩阵分析。申请。,17, 401-425 (1996) ·Zbl 0860.65023号
[61] Stewart,G.W.,大型特征问题的Krylov-Schur算法,SIAM J.矩阵分析。申请。,23, 601-614 (2001) ·Zbl 1003.65045号
[62] 特雷费滕,L.N。;Bau,D.,《数值线性代数》(1997),SIAM·Zbl 0874.65013号
[63] Bai,Z。;德梅尔,J。;Dongarra,J。;Ruhe,A。;van der Vorst,H.,代数特征值问题求解模板:实用指南(2000),SIAM:SIAM Philadelphia·Zbl 0965.65058号
[64] 埃尔南德斯,V。;罗曼,J.E。;Vidal,V.,SLEPc:用于解决特征值问题的可扩展且灵活的工具包,ACM Trans。数学。软件,31,351-362(2005)·Zbl 1136.65315号
[65] Rivlin,T.J.,《切比雪夫多项式:从逼近理论到代数和数论》(1973),威利出版社:威利纽约
[66] Pulay,P.,迭代序列的收敛加速。SCF迭代案例,化学。物理学。莱特。,73, 393-398 (1980)
[67] Broyden,C.G.,解非线性联立方程的一类方法,数学。计算。,19, 577-593 (1965) ·Zbl 0131.13905号
[68] 库丁,K.N。;斯库塞里亚,G.E。;Cancès,E.,《一种黑盒自洽场收敛算法:更近一步》,J.Chem。物理。,116, 8255-8261 (2002)
[69] Eyert,V.,《迭代向量序列收敛加速方法的比较研究》,J.Compute。物理。,124, 271-285 (1996) ·Zbl 0851.65003号
[70] Oliveira,M.J.T。;Nogueira,F.,《使用原子赝势引擎APE显式合并半核态生成相对论赝势》,计算。物理学。Comm.,178,524-534(2008)
[71] Kleinman,L。;Bylander,D.M.,模型赝势的有效形式,Phys。修订稿。,48, 1425-1428 (1982)
[72] Nogueira,F。;Fiolhais,C。;He,J。;佩杜,J.P。;Rubio,A.,基于固态电子密度的局部赝势传递性,J.Phys。康登斯。Matter,8287-302(1996)
[73] 晶体计算的预定义(k)点集
[74] Jensen,Frank,极化一致基集。二、。估算Kohn-Sham基准集极限,J.Chem。物理。,116, 7372 (2002)
[75] 南部坎帕尼亚。;Puntoriero,F。;纳斯塔西,F。;Bergamini,G。;Balzani,V.,配位化合物的光化学和光物理:钌,(Top.Curr.Chem.,第280卷(2007)),117-214
[76] Melenk,J.M。;Babuska,I.,单位分割有限元法:基本理论和应用,计算。方法应用。机械。工程,139289-314(1996)·Zbl 0881.65099号
[77] 巴布斯卡,I。;Melenk,J.M.,单位分割法,国际数学家杂志。方法工程,40,727-758(1997)·兹比尔0949.65117
[78] 休斯,T.J.R。;Reali,A。;Sangalli,G.,基于NURBS的等几何分析的有效求积,计算。方法应用。机械。工程,199301-313(2010)·Zbl 1227.65029号
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