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马里亚达索，M。;巴赫恩，A。

进化树的集中不等式。 （英语） Zbl 1173.60308号

《多元分析杂志》。 100，第9号，2055-2064（2009）.
摘要：最大似然推断拓扑通常用于在进化生物学和分子进化中得出结论。在估计拓扑时考虑采样误差是一个关键问题。基于Bootstrap的方法是评估分支鲁棒性的最常用工具，即树和子树的稳定性。不幸的是，没有分析结果可以将自举值与抽样变异性联系起来，或者至少与研究中的地点和物种数量联系起来。使用浓度测量工具，我们首先将计算出的似然值的变化限制在其真值附近，然后限制通过bootstrap测量的似然的采样可变性。特别是，与大多数基于bootstrap的方法不同，这些界限对物种数量和核苷酸数量都非常敏感。

MSC公司：

60埃15 不平等；随机排序
92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学

关键词：

引导程序;系统发育;稳健性;集中度不等式

软件：

PAUP公司*;菲利普
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛M.Mariadassou｝和\textit｛A.Bar Hen｝，J.多元分析。100，第9号，2055--2064（2009；Zbl 1173.60308）
全文： 内政部

参考文献：

[1] J.Felsenstein，推断系统发育-西诺协会，2003年；J.Felsenstein，推断系统发育-西诺协会2003
[2] Gascuel，O.，《进化和系统发育数学》（2005），牛津大学出版社·Zbl 1104.92332号
[3] Felsentstein，J.，《系统发育的统计推断》，J.R.Statist。《社会学杂志》，146，3，246-272（1983）·Zbl 0528.62090号
[4] Buschbom，J。；Von haeseler，A.，似然函数在分子进化中的应用简介，（分子进化统计方法（2004），施普林格），25-44
[5] Felsenstein，J.，《系统发育的置信极限：使用自助法的方法》，《进化》，39，4，783-791（1985）
[6] Penny，D。；Hendy，M.，《评估进化树的可靠性》，《分子生物学》。演变。，3, 403-417 (1986)
[7] Felsenstein，J。；Kishino，H.，关于系统发育的引导有什么问题吗？回复Hillis和Bull，Syst。生物学，42，2，193-200（1993）
[8] 埃夫隆，B。；Halloran，E。；Holmes，S.，系统发育树的Bootstrap置信水平，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，93，14，7085-7090（1996）
[9] Shimodaira，H.，系统发育树选择的近似无偏检验，系统。《生物学》，51，3，492-508（2002）
[10] Holmes，S.，《自举系统发育树：理论与方法》，《统计学》。科学。，18, 241-255 (2003) ·Zbl 1331.62244号
[11] Efron，B.，Bootstrap方法：又一次看折刀，Ann.Statist。，7, 1, 1-26 (1979) ·Zbl 0406.62024号
[12] 希利斯，D.M。；Bull，J.J.，作为评估系统发育分析可信度方法的自举实证检验，系统。生物学，42，2，182-192（1993）
[13] Newton，M.A.，Bootstrapping系统发育：Larges偏差和分散效应，Biometrika，83，21315-358（1996）·Zbl 0864.62077号
[14] 贝拉德，J。；古埃，J.-B。；Piau，D.，邻接依赖核苷酸替代过程的可解模型，数学。生物科学。，211, 56-88 (2008) ·Zbl 1130.92021号
[15] D.L.Swofford，Paup*，使用简约的系统发育分析（*和其他方法）。版本4。西诺协会，马萨诸塞州桑德兰，2003年；D.L.Swofford，Paup*，使用简约的系统发育分析（*和其他方法）。版本4。西诺协会，马萨诸塞州桑德兰，2003年
[16] J.Felsenstein，PHYLIP（系统发育推断包）3.6版。由作者分发。华盛顿大学基因组科学系，西雅图，2005年；J.Felsenstein，PHYLIP（系统发育推断包）3.6版。由作者分发。华盛顿大学基因组科学系，西雅图，2005年
[17] Van geer，S.de.，关于因随机变量的Hoeffing不等式，（相关数据的经验处理技术（2002），Birkhäuser:Birkháuser Boston），161-170·Zbl 1027.60013号
[18] Tang，Y.，遍历时间序列的Hoeffing型不等式，J.Theoret。概率。，20, 2, 167-176 (2007) ·Zbl 1158.62057号
[19] Jukes，T。；Cantor，C.，（蛋白质分子的进化。蛋白质分子的演化，哺乳动物蛋白质代谢，第3卷（1969年），学术出版社：纽约学术出版社），21-132，（第24章）
[20] 拉纳夫，C。；Preparia，G。；Saccone，C。；Serio，G.，计算进化替代率的新方法，J.Mol Evol。，20, 1, 86-93 (1984)
[21] Kimura，M.，《通过核苷酸序列比较研究估算碱基替代进化速率的简单方法》，J.Mol.Evol。，16, 2, 111-120 (1980)
[22] Nielsen，R.，《分子进化中的统计方法》，《生物与健康统计》（2004），斯普林格出版社
[23] Kullback，S。；Leibler，R.A.，《信息与充分性》，《数学年鉴》。统计人员。，22, 1, 79-86 (1951) ·Zbl 0042.38403号
[24] Kim，J.，《超维橘子切片：系统发育估计的几何结构》，分子系统发育进化。，17, 1, 58-75 (2000)
[25] Chao，A.，总体中类数的非参数估计，Scand。J.统计。，11, 265-270 (1984)
[26] 毛春霞。；Lindsay，B.G.，《估算班级数量》，Ann.Statist。，35, 2, 917-930 (2007) ·Zbl 1117.62045号
[27] Dembo，A。；Zeitouni，O.，（大偏差技术与应用，大偏差技术和应用，数学应用，第38卷（1998），Springer）·Zbl 0896.60013号
[28] Shimodaira，H。；Hasegawa，M.，对数类动物的多重比较及其在系统发育推断中的应用，分子生物学。演变。，16, 1114-1116 (1999)
[29] Goldman，N。；J.P.安德森。；Rodrigo，A.G.，系统发育学中基于似然数的拓扑测试。《生物学》，49，4，652-670（2000）
[30] 岸信夫，H。；长谷川，M.，《从dna序列数据和人科动物分支顺序评估进化树拓扑的最大似然估计》，J.Mol.Evol。，29, 2, 170-179 (1989)
[31] 波萨达·D·。；Buckley，T.R.，《系统发育学中的模型选择和模型平均：类似信息准则和贝叶斯方法相对于似然比检验的优势》，系统。《生物》，53，793-808（2004）
[32] Massart，P.，《浓度不等式和模型选择》（2006），Springer
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