阿莫达雷西，法特梅;普拉珊·潘迪;罗伯·帕特罗 彩虹鱼：简洁的彩色de Bruijn图形表示。 （英语） Zbl 1436.92008号 Schwartz，Russell（编辑）等人，第17届生物信息学算法国际研讨会，2017年WABI，美国马萨诸塞州波士顿，2017年8月21日至23日。诉讼程序。Wadern：达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。88，第18条，第15页（2017年）。 摘要：着色deBruijn图是deBruij图的一种变体，它将每条边（即k元）与一些颜色集相关联，是计算生物学中越来越重要的组合结构。Z.伊克巴尔等人[“利用彩色德布鲁因图对变体进行从头组装和基因分型”，《自然遗传学》，第44期，第2期，226–232页（2012；doi:10.1038/ng.1028)]展示了这种结构用于表示和组装基因组集合（群体）的实用性，并展示了如何使用它来准确检测遗传变异。M.穆格利等，“简洁的彩色de Bruijn图”，生物信息学33，第20期，3181–3187（2017；doi:10.1093/bioinformatics/btx067)]引入了VARI，这是一种彩色de Bruijn图的表示，它采用了de Bruij图拓扑的BOSS表示，并在Cortex公司，尽管在速度上有所牺牲。VARI的内存效率表示允许为大型数据集构建和分析彩色de Bruijn图，超出了使用Cortex公司.本文介绍了Rainbowfish，它是彩色de Bruijn图颜色信息的简洁表示，进一步减少了空间使用。我们的表示也使用BOSS来表示de Bruijn图，但基于等价关系分解颜色集，并利用这些颜色集分布中的固有偏度。Rainbowfish表示是基于颜色集的0阶熵进行压缩的，这可以显著减少存储每个边的相关信息所需的空间。实际上，Rainbowfish在空间上比VARI提高了20倍C++11语言和可在https://github.com/COMBINE-lab/rainbowfish网站.关于整个系列，请参见[Zbl 1372.68022号]. 引用于1文件 理学硕士： 92C40型 生物化学、分子生物学 92-08 生物问题的计算方法 05摄氏90度 图论的应用 关键词：de Bruijn图;简洁的数据结构;排序和选择操作;着色de Bruijn图 软件：VARI公司;关贸总协定;彩虹鱼;KMC公司;SDSL公司;github PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.Almodaresi}等人，LIPIcs——莱布尼茨国际程序。通知。88，第18条，第15页（2017；Zbl 1436.92008） 全文： 内政部 参考文献： [2] Alexander Bowe、Taku Onodera、Kunihiko Sadakane和Tetsuo Shibuya。简洁的布鲁因图。《生物信息算法国际研讨会论文集》，第225-235页。施普林格，2012年·Zbl 1414.68020号 [3] Mathilde Causse、Nelly Desplat、Laura Pascual、Marie-Christine Le Paslier、Christopher Sauvage、Guillaume Bauchet、Aurélie Bérard、Rémi Bounon、Maria Tchoumakov、Dominique Brunel等。番茄的全基因组重测序揭示了与渗入和繁殖事件相关的变异。{骨髓细胞基因组学}，14（1）：7912013。 [4] 塞巴斯蒂安·德奥罗维奇（Sebastian Deorowicz）、马雷克·科科特（Marek Kokot）、希蒙·格拉博夫斯基（Szymon Grabowski）和阿格涅斯卡·德布达杰·格拉比斯（Agnieska Debudaj-Grabysz）。KMC 2：快速且资源丰富的k-mer计数。{生物信息学}，31（10）：1569-15762015。 [5] Erwan Drezen、Guillaume Rizk、Rayan Chikhi、Charles Deltel、Claire Lemaitre、Pierre Peterlongo和Dominique Lavenier。Gatb：基因组组装和分析工具箱。《生物信息学》，30（20）：2959-29612014。 [6] 彼得·埃利亚斯。通过静态文件的内容和地址进行高效存储和检索。《美国医学会杂志》，21（2）：246-2601974·兹伯利0278.68028 [7] 罗伯特·马里奥·法诺。{\it关于实现关联存储器所需的位数}。麻省理工学院MAC项目，1971年。 [8] 保罗·费拉吉纳和乔瓦尼·曼奇尼。应用程序的机会主义数据结构。《计算机科学基础》，2000年。诉讼程序。第41届年度研讨会，第390-398页。IEEE，2000年。 [9] 西蒙·高格。简洁的数据结构库。https://github.com/simongog/sdsl-lite网站, 2017. 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