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计算生物学中的随机动力学。 (英语) Zbl 1467.92005年

应用动力系统的前沿:回顾和教程8.查姆:施普林格(ISBN 978-3-030-62386-9/pbk;978-3-0.30-62387-6/ebook)。十八、272页。(2020).
这本教科书回顾了与计算生物学相关的随机过程的数学基础。它旨在对不同随机过程模型的理论基础进行严格概述,以期介绍最广泛使用的模拟方法。涵盖了广泛的数值方法,从Doob-Gillespie算法和(tau)跳跃等基本和精确方法开始,到Langevin动力学和反应扩散系统等近似方法。这些都是以一种广泛的公理化方式呈现的,从概率论假设和Kolmogorov正向方程开始,没有留下不确定性的空间。
包括所述仿真方法的实际应用示例。作者努力使算法的定义尽可能清晰,并且它们的表示通常接近伪代码。
主要受众是研究生和研究人员。它并不是为了组织一个讲座课程而写的。尽管有足够的材料可以这样使用这本书,但授课内容必须仔细选择和编排。它最适合独立研究,并且作为当前研究中使用的技术基础的参考文本特别有用。
参考文献的选择很好,而且非常时新:这是对相关基础和研究现状(截至出版日期)的良好调查,也是文献综述的有用起点。对于专门从事计算生物学和数学生物学的研究人员来说,它应该是对N.G.Van Kampen公司【物理和化学中的随机过程。修订版,放大版,第3版。阿姆斯特丹:北荷兰特(2001;Zbl 0974.60020号)].

MSC公司:

92-02 与生物学有关的研究博览会(专著、调查文章)
92C40型 生物化学、分子生物学
92C45型 生化问题中的动力学(药代动力学、酶动力学等)
92E20型 化学中的经典流动、反应等
60 H10型 随机常微分方程(随机分析方面)
60J74型 离散状态空间上的跳跃过程
60J28型 连续时间Markov过程在离散状态空间中的应用
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部