×
陈建尔;范、贾浩;Sze，Sing-Hoi先生

多叉树中最大一致森林的参数化和近似算法。 （英语） Zbl 1303.68154号

西奥。计算。科学。 562, 496-512 (2015).
摘要：我们研究了最大一致森林问题的参数化算法和近似算法，对于两个给定的叶标记树，其目的是找到一个作为两个树的子图的最大森林。这个问题是由系统发育学研究引起的。对于参数化算法，虽然该问题对于二叉树来说是固定参数可处理的，但对于一般树来说，该问题是否仍然是固定参数可以处理的是一个公开的问题。我们通过为一般树开发一个（O（3^k n））时间参数化算法来解决这个开放问题。我们在树结构方面的技术还导致了该问题的比率为3的多项式时间近似算法，给出了一般树的第一个常数比率近似算法。

引用于1审查
引用于13文件

MSC公司：

68周25 近似算法
92D15型 与进化有关的问题

关键词：

近似算法;固定参数牵引性;系统发育树;最大协议林

软件：

rSPR
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Chen}等人，Theor。计算。科学。562496-512（2015；Zbl 1303.68154）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 艾伦，B.L。；Steel，M.，《进化树上的子树转移操作及其诱导度量》，Ann.Comb。，5, 1, 1-15 (2001) ·Zbl 0978.05023号
[2] Amir，A。；Keselman，D.，《一组进化树中的最大一致子树：度量和高效算法》，SIAM J.Compute。，26, 6, 1656-1669 (1997) ·Zbl 0885.68071号
[3] Bapteste，E。；O'Malley，医学硕士。；Beiko，R.G。；Ereshefsky，M。；Gogarten，J.P。；弗兰克林·霍尔（Franklin-Hall，L.）。；拉波因特，F.-J。；杜普雷，J。；Dagan，T。；鲍彻，Y。；Martin，W.，原核生物进化和生命树是两个不同的东西，生物。直接，4，34（2009）
[4] 博内，M.L。；约翰·K·圣。；马欣德鲁，R。；Amenta，N.，《近似系统发育之间的子树距离》，J.Compute。生物学，13，8，1419-1434（2006）
[5] 博德威奇，M。；McCartin，C。；Semple，C.，系统发育之间子树距离的3近似算法，J.离散算法，6，3，458-471（2008）·Zbl 1171.05317号
[6] 博德威奇，M。；Semple，C.，关于有根子树剪枝和再生距离的计算复杂性，Ann.Comb。，8，4409-423（2005年）·Zbl 1059.05035号
[7] Chataigner，F.，近似k棵树上的最大协议林，Inform。过程。莱特。，93, 5, 239-244 (2005) ·Zbl 1173.68601号
[8] 达斯·古普塔，B。；何，X。；姜涛（Jiang，T.）。；李，M。；Tromp，J.，关于系统发育树之间的线性-成本-亚树转移距离，算法，25，2-3，176-195（1999）·Zbl 0952.68113号
[9] 唐尼，R.G。；研究员，M.R.，参数化复杂性（1999），Springer:Springer New York·Zbl 0914.68076号
[10] 法拉赫，M。；Thorup，M.，进化树的快速比较，（SODA（1994）），481-488·Zbl 0869.92013
[11] Hallett，M。；McCartin，C.，最大一致森林问题的快速FPT算法，理论计算。系统。，41, 3, 539-550 (2007) ·Zbl 1148.68049号
[12] 海因，J。；姜涛（Jiang，T.）。；Wang，L。；Zhang，K.，《关于比较进化树的复杂性》，《离散应用程序》。数学。，71, 1-3, 153-169 (1996) ·Zbl 0876.92020号
[13] 尊敬的W.-K。；Lam，T.-W.，近似非均匀度进化树的最近邻交换距离，（COCOON（1999）），61-70
[14] 克里曼，R.M。；Andolfatto等人。；Coyne，J.A。；德波利斯，F。；克里特曼，M。；Berry，A.J。；麦卡特，J。；Wakeley，J。；嘿，J拟果蝇复杂物种，遗传学，1561913-1931（2000）
[15] Lin，G.N。；张，C。；Xu，D.，微生物系统发育重建中的Polytomy鉴定，BMC系统。生物，5，补充3，S2（2011）
[16] 林茨，S。；Semple，C.，非二叉树中的杂交，IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。，6, 30-45 (2009)
[17] 罗德里格斯，E.M。；Sagot，M.F。；Wakabayashi，Y.，最大一致森林问题的一些近似结果，（RANDOM-APPROX（2001）），159-169·Zbl 1001.92038号
[18] 罗德里格斯，E.M。；Sagot，M.F。；Wakabayashi，Y.，《最大一致森林问题：近似算法和计算实验》，Theoret。计算。科学。，374, 1-3, 91-110 (2007) ·Zbl 1164.68039号
[19] 惠勒，D.L。；Chappey，C。；拉什，A.E。；Leipe，D.D。；Madden，T.L。；舒勒，G.D。；Tatusova，T.A。；Rapp，B.A.，国家生物技术信息中心数据库资源，核酸研究，28，10-14（2000）
[20] 惠登，C。；Beiko，R.G。；Zeh，N.，最大协议林的固定参数算法，SIAM J.Compute。，1431-1466年4月42日（2013年）·兹比尔1311.68079
[21] 惠登，C。；Zeh，N.，《关于协议森林近似值和FPT的统一观点》（WABI（2009）），390-402
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。