陈，Ricky X.F。;克里斯蒂安·雷迪斯（Christian M.Reidys）。;迈克尔·沃特曼（Michael S.Waterman）。 具有给定模体规范的RNA二级结构：组合和算法。 （英语） Zbl 1508.92181号 牛市。数学。生物。 85，第3号，第21号论文，24页（2023年）. 小结：对RNA二级结构的天然基序的研究有助于我们更好地了解这些分子的形成和最终功能。常见的结构图案包括螺旋、发夹环、凸起、内环、外环和多环。然而，考虑到这些基序的联合分布，枚举结果和生成算法是稀疏的。在本文中，我们介绍了利用Schmitt和Waterman获得的RNA二级结构的树状双投影和平面树的新型耙分解来推导此类分布的进展。后者的关键特征是，衍生成分编码RNA二级结构的模体，没有与平面树相关的伪节。作为应用，我们提出了一种算法(耙式放大器)生成无伪结的均匀随机二级结构，满足各种类型的环以及螺旋的长度和程度的精细模体规范。 MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 05C92年 化学图论 关键词：RNA二级结构;平面树;耙分解;螺旋线;环;均匀抽样 软件：RNA折叠;RNA子点;百万倍 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.X.F.Chen}等人，公牛。数学。生物学85，第3期，论文21，24页（2023；Zbl 1508.92181） 全文： 内政部 参考文献： [1] Chen，RXF，RNA二级结构与平面树之间的新双射及其后果，电子J Combin，26，4，4-48（2019）·Zbl 1431.05039号 ·数字对象标识代码：10.37236/8540 [2] Chen，WYC，树的一般双射算法，美国国家科学院学报，879635-9639（1990）·Zbl 0707.05019号 ·doi:10.1073/pnas.87.24.9635 [3] Clote，P.，《RNA饱和二级结构的组合学》，《Comp Biol杂志》，第13期，1640-1657页（2006年）·doi:10.1089/cmb.2006.13.1640 [4] Clote，P。；彭蒂，Y。；Steyaert，JM，RNA二级结构末端核苷酸之间的预期距离，《数学生物学杂志》，65，581-599（2012）·Zbl 1304.05073号 ·doi:10.1007/s00285-011-0467-8 [5] 多什利奇，T。；Svrtan，D。；Veljan，D.，二级结构的枚举方面，离散数学，285200467-82（2004）·Zbl 1044.05008号 ·doi:10.1016/j.disc.2004.04.001 [6] 丁，Y。；劳伦斯，CE，RNA二级结构预测的统计抽样算法，核酸研究，317280-7301（2003）·数字对象标识代码：10.1093/nar/gkg938 [7] Duchon，P。；弗拉约莱特，P。；Louchard，G。；Schaeffer，G.，组合结构随机生成的Boltzmann采样器，组合概率计算，13577-625（2004）·Zbl 1081.65007号 ·doi:10.1017/S0963548304006315 [8] Fontana，W。；Konings，D。；斯塔德勒，PF；Schuster，P.，RNA二级结构统计，生物聚合物，331389-1404（2004）·doi:10.1002/bip.360330909 [9] 伊利诺伊州霍法克；舒斯特，P。；Stadler，PF，RNA二级结构组合学，离散应用数学，88，207-237（1998）·Zbl 0918.05004号 ·doi:10.1016/S0166-218X（98）00073-0 [10] Hofacker，IL，维也纳RNA二级结构服务器，核酸研究，313429-3431（2003）·doi:10.1093/nar/gkg599 [11] 海奇，C。；Poznanović，S。；Jonoska，N。；Saito，M.，RNA二级结构的组合见解，分子生物学中的离散和拓扑模型，145-166（2014），Springer·doi:10.1007/978-3-642-40193-07 [12] 朱林，F。；Mörl，M。；哈特曼，RK；斯普林兹尔，M。；斯塔德勒，PF；Pütz，J.，tRNAdb 2009:tRNA序列和tRNA基因的汇编，《核酸研究》，37，D159-D162（2009）·doi:10.1093/nar/gkn772 [13] Knuth D（1997）《计算机编程的艺术》，第2卷（第3版）Addison-Wesley Longman：波士顿·Zbl 0883.68015号 [14] Poznanović，S。；Heitsch，C.，RNA折叠随机无上下文语法模型中模体的渐近分布，《数学生物学杂志》，69，1743-1772（2014）·Zbl 1320.92065号 ·doi:10.1007/s00285-013-0750-y [15] 韩，HSW；Reidys，CM，RNA二级结构的（5^{prime}-3^{prime}）距离，《计算机生物学杂志》，第19期，第867-878页（2012年）·doi:10.1089/cmb.2011.0301 [16] Klazar，M.，《关于树和非交叉分区》，离散应用数学，82263-269（1998）·Zbl 0904.05003号 ·doi:10.1016/S0166-218X（97）00118-2 [17] Lorenz，W。；彭蒂，Y。；Clote，P.，《RNA形状的渐进性》，《复合生物学杂志》，第15期，第31-63页（2008年）·doi:10.1089/cmb.2006.0153 [18] 马修斯，DH；Sabina，J。；Zuker，M。；Turner，DH，热力学参数的扩展序列依赖性改进了RNA二级结构的预测，分子生物学杂志，288911-940（1999）·doi:10.1006/jmbi.1999.2700 [19] Nebel，ME，RNA二级结构的组合特性，《复合生物学杂志》，9，3，541-574（2003）·doi:10.1089/106652702760138628 [20] 内贝尔，ME；Scheid，A。；Weinberg，F.，根据天然分布随机产生RNA二级结构，Algorithms Mol Biol，6，24（2011）·doi:10.1186/1748-7188-6-24 [21] Ponty，Y.，《低能玻尔兹曼系综中RNA二级结构的有效取样：boutrophedon方法》，《数学生物学杂志》，56，107-127（2008）·Zbl 1144.92016年 ·doi:10.1007/s00285-007-0137-z [22] 施密特，WR；Waterman，MS，线性树和RNA二级结构，离散应用数学，51，3，317-323（1994）·Zbl 0799.92006号 ·doi:10.1016/0166-218X（92）00038-N [23] 史密斯，TF；Waterman，MS，RNA二级结构，《数学生物学》，42，31-49（1978） [24] Stein，公关；Waterman，MS，关于推广加泰罗尼亚数和莫茨金数的一些新序列，《离散数学》，26，261-272（1979）·Zbl 0405.10009 ·doi:10.1016/0012-365X（79）90033-5 [25] Simion，R.，非交叉分区，离散数学，217367-409（2000）·Zbl 0959.05009号 ·doi:10.1016/S0012-365X（99）00273-3 [26] 斯洛马，MF；Mathews，DH，环形成概率的精确计算识别RNA二级结构中的折叠模体，RNA，221808-1818（2016）·doi:10.1261/rna.053694.115 [27] 佐藤，K。；秋山，M。；Sakakibara，Y.，《利用深度学习和热力学集成预测RNA二级结构》，国家通讯社，12941（2021）·doi:10.1038/s41467-021-21194-4 [28] 装订，DW；Butcher，SE，Pseudoknots:具有多种功能的RNA结构，PLOS Biol，3，6（2005）·doi:10.1371/journal.pbio.0030213 [29] Tuerk，C。；麦克道格尔，S。；Gold，L.，抑制人类免疫缺陷病毒1型逆转录酶的RNA假结，美国国家科学院院刊，89，15，6988-6992（1992）·doi:10.1073/pnas.89.15.6988 [30] 沃特曼，理学硕士；Rota，G-C，单链核酸的二级结构，基础和组合学研究，数学补充研究进展，167-212（1978），纽约：学术出版社，纽约·Zbl 0434.05007号 [31] 沃特曼，理学硕士，RNA发夹和三叶草组合学，《研究应用数学》，60，91-98（1979）·Zbl 0399.05003号 ·doi:10.1002/sapm197960291 [32] Zuker，M.，《关于发现RNA分子的所有次优折叠》，《科学》，244，48-52（1989）·Zbl 1226.92029号 ·doi:10.1126/science.2468181 [33] Zuker，M。；Sankoff，D.，RNA二级结构及其预测，《公牛数学生物学》，46，591-621（1984）·Zbl 0548.92007号 ·doi:10.1016/S0092-8240（84）80062-2 [34] Zuker，M.，用于核酸折叠和杂交预测的Mfold web服务器，《核酸研究》，313406-3415（2003）·doi:10.1093/nar/gkg595 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。