拉贾塞卡兰，S。;H·尼克。;帕尔达洛斯，P.M。;萨赫尼，S。;Shaw，G。 局部对齐搜索的高效算法。 （英语） Zbl 1028.92009 J.库姆。最佳方案。 5，第1期，117-124（2001）. 摘要：我们提出了生物序列中局部对齐搜索的有效算法。这些算法识别最大段对（MSP）。我们的算法具有比BLAST（基本局部对齐搜索工具）更好的性能，并且可以有效地并行化。我们采用快速傅里叶变换（FFT）。尽管过去曾多次尝试在序列分析中使用FFT，但它们未能捕捉到局部相似性。我们的算法以一种新颖的方式使用FFT来识别局部相似性。基于FFT的技术具有一个吸引人的特点，即得益于可用于数字信号处理的超快专用硬件。 引用于4文件 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 2005年5月 并行数值计算 65T50型 离散和快速傅里叶变换的数值方法 90B40码 搜索理论 关键词：局部线形研究;爆炸;生物序列;DNA序列;蛋白质序列;并行计算 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Rajasekaran}等人，J.Comb。最佳方案。5，第1号，117--124（2001；Zbl 1028.92009） 全文： 内政部