×

天体化学动力学问题刚性常微分方程解算器的比较。 (英语) 1081.85500兹罗提

概述:由天体化学动力学问题产生的依赖时间的化学速率方程由刚性常微分方程(ODE)系统描述。本文使用三个物理和计算复杂度不同、刚度不同的天体化学模型,对ODEPACK集合中一组成熟的ODE解算器包(即LSODE、LSODES、VODE和VODPK)进行了全面的性能调查。为了完整性,我们将GEAR包的结果包含在其中一个测试模型中。结果表明,与许多天体化学家默认使用的GEAR相比,可以获得显著的性能改进。我们表明,对物种集进行简单适当的排序可以显著提高测试ODE解算器的性能。可以利用关联雅可比矩阵的稀疏性,使用稀疏直接解算器例程LSODES的结果显示,在不降低精度的情况下,CPU时间大大减少。我们将一个模型的性能和计算的丰度与175个物种集和88个物种的简化集进行了比较,保持所有物理和化学参数与这两个集相同。我们发现,使用两种不同尺寸模型计算的丰度非常吻合。然而,如果不需要额外的计算工作和更可靠的结果,使用更大的物种集,计算速度可能比简化集快很多倍,这取决于解算器的使用、排序和选择的选项。研究还表明,尽管具有某些选定参数的特定解算器可能会遇到严重困难,甚至无法在所需的积分时间内完成运行,但另一个解算器可以使用更广泛的控制参数和选项轻松完成运行。由于LSODES在解决天体化学动力学系统方面的卓越性能,我们通过用稀疏矩阵求解器例程取代标准VODE求解器的全数值矩阵线性代数组件,定制了VODE求解器的稀疏版本。预处理迭代求解器包VODPK的初步测试表明,我们的一个测试模型取得了非常好的结果,但并非所有模型都取得了很好的结果。

MSC公司:

85A30型 天文学和天体物理学中的流体动力学和磁流体问题
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Aro,C.J.:1996年,应用。数字。数学。21, 335. ·Zbl 0871.65067号 ·doi:10.1016/S0168-9274(96)00017-7
[2] Ascher,U.M.和Petzold,L.R.:1998,《常微分方程和微分代数方程的计算机方法》,SIAM–工业和应用数学学会,费城·Zbl 0908.65055号
[3] Benzi,M.:2002年,《计算机杂志》。物理学。182, 418. ·Zbl 1015.65018号 ·doi:10.1006/jcph.2002.7176
[4] Byrne,G.D.和Hindmarsh,A.C.:1999,《国际高性能计算》。申请。13(4), 353.
[5] Brown,P.N.和Hindmarsh,A.C.:1986,SIAM J.Numer。分析。23(3), 610. ·Zbl 0615.65078号 ·doi:10.1137/0723039
[6] Brown,P.N.和Hindmarsh,A.C.:1989,应用。数学。公司。31, 40. ·Zbl 0677.65074号 ·doi:10.1016/0096-3003(89)90110-0
[7] Brown,P.N.,Byrne,G.F.和Hindmarsh,A.C.:1989,SIAM J.Sci。统计计算。10, 1038. ·Zbl 0677.65075号 ·doi:10.1137/0910062
[8] Byrne,G.D.:1992,载:J.Cash和I.Gladwell(编辑),《计算常微分方程》,牛津大学出版社,第323页。
[9] Curtiss,C.F.和Hirschfelder,J.O.:1952,《刚性方程的积分》,Proc。美国国家科学院。科学。38, 235. ·Zbl 0046.13602号 ·doi:10.1073/pnas.38.3.235
[10] Dateo,C.E.,Gokcen,T.和Meyyappan,M.,2002年:J.Nanosci。纳米技术。2(5), 523. ·doi:10.1166/jnn.2002.125
[11] Duff,I.S.、Erisman,A.M.和Reid,J.K.:1996,稀疏矩阵的直接方法,牛津科学出版社·Zbl 0604.65011号
[12] Gear,C.W.:1971,《常微分方程中的数值初值问题》,Prentice-Hall,第158页·Zbl 1145.65316号
[13] Gear,C.W.和Saad,Y.:1983年,SIAM J.Sci。统计计算。4(4), 583. ·Zbl 0541.65051号 ·doi:10.1137/0904040
[14] Golub,G.H.和van Loan,C.F.:1996,矩阵计算,(第三版)约翰·霍普金斯出版社,{巴尔的摩}·Zbl 0865.65009号
[15] 哈维尔子程序库,2002,子程序目录,发行版(HSL 2002),英国哈维尔哈维尔实验室。
[16] Hindmarsh,A.C.:1974,《齿轮:常微分方程系统求解器》,LLNL报告UCID-30001,第3版。
[17] Hindmarsh,A.C.:1976,GEARBI的初步文件,LLNL报告UCID-30149。
[18] Hindmarsh,A.C.:1983年,《科学计算》,收录于:R.S.Stepleman等人(编辑),《ODEPACK:ODE求解器的系统化集合》,阿姆斯特丹北荷兰市,第55页。
[19] Hindmarsh,A.C.和Petzold,L.R.:1995,计算。物理学。9(2), 148. ·数字对象标识代码:10.1063/1.168540
[20] Millar,T.J.、Farquhar,P.R.A.和Willacy,K.:1997,A&AS 121,139。
[21] 内贾德,L.A.M.:1986年,曼彻斯特大学博士论文。
[22] 内贾德,L.A.M.和哈特奎斯特,T.W.:1994,Ap&SS 220,253。
[23] Nejad,L.A.M.和Wagenblast,R.:1999,A&A 350,204。
[24] Ruffle,D.P.,Rae,J.G.L.,Pilling,M.J.,Hartquist,T.W.和Herbst,E.:2002,A&A 381,L13·文件编号:10.1051/0004-6361:20011544
[25] Saad,Y.:1981,数学。公司。37, 105. ·doi:10.1090/S0025-5718-1981-0616364-6
[26] Saad,Y.:2003a,《稀疏线性系统的迭代方法》(第二版),SIAM–工业和应用数学学会,费城·Zbl 1031.65046号
[27] 萨阿德,Y.:2003b,SIAM J.Sci。计算。24(4),1107·兹比尔1034.65020 ·doi:10.1137/S1064827501393393
[28] Sandu,A.,Potra,F.A.,Carmichael,G.R.和Damian,V.:1995,技术报告79,爱荷华州大学数学系,爱荷华市。
[29] Sandu,A.、Verwer,J.G.、van Loon,M.、Carmichael,G.R.、Porta,F.A.、Dabdub,D.和Seinfeld,J.H.:1996年,《技术报告85》,爱荷华州大学数学系,爱荷华市。
[30] Shampine,L.F.:1994,《常微分方程的数值解》,查普曼和霍尔出版社,纽约·Zbl 0832.65063号
[31] Shampine,L.F.、Allen,R.C.和Pruess,S.:1997,《数值计算基础》,John Wiley&Sons出版社·Zbl 0904.65001号
[32] Trefethen,Lengual和Bau,D.:1997,数值线性代数,SIAM–工业和应用数学学会,费城·Zbl 0874.65013号
[33] Verwer,J.G.,Blom,J.G..,van Loon,M.和Spee,E.J.,1996年,Atmos。环境。30, 49. ·doi:10.1016/1352-2310(95)00283-5
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配,并且可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。