史蒂夫·德沃夏克;苏珊·格雷尔;维多利亚·J·尼基福罗娃。;托尔斯滕·绍布;约阿希姆·塞尔比格 通过答案集编程用动作语言建模生物网络。 （英语） Zbl 1148.68564号 约束条件 13，编号1-2，21-65（2008）。 摘要：我们描述了一种通过答案集编程通过动作语言建模生物网络的方法。为此，我们在Baral等人之前工作的基础上，提出了一种用于建模生物网络的动作语言。我们介绍了它的语法和语义，并将其转换为答案集编程，这是一种有效的布尔约束编程范式。最后，我们描述了它的一个应用，即模式植物拟南芥的硫饥饿反应途径，并简述了我们系统的功能及其用途。 引用于1审查引用于7文件 MSC公司： 68岁20岁 模拟（MSC2010） 68N17号 逻辑编程 65年第68季度 形式语言和自动机 关键词：生物网络模型;动作语言;答案集编程 软件：Lparse（L解析）;高尔夫;扣环;格林戈 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Dworschak}等人，《约束条件》13，编号1--2，21-65（2008；Zbl 1148.68564） 全文： 内政部 OA许可证 参考文献： [1] Backofen，R.、Will，S.和Bornberg-Bauer，E.（1999）。约束编程技术在具有扩展字母的晶格蛋白结构预测中的应用。生物信息学，15（3），234–242·doi:10.1093/bioinformatics/15.3.234 [2] Baral，C.（2003年）。知识表示、推理和陈述性问题解决。剑桥大学出版社·Zbl 1056.68139号 [3] Baral，C.、Brewka，G.和Schlipf，J.（编辑）（2007年）。第九届逻辑编程和非单调推理国际会议论文集（LPNMR’07）。人工智能课堂讲稿，第4483卷。斯普林格·弗拉格·Zbl 1119.68003号 [4] Baral，C.、Chancellor，K.、Tran，N.、Tran、N.、Joy，A.和Berens，M.（2004年）。一种基于知识的方法，用于表示和推理信号网络。第十二届分子生物学智能系统国际会议/第三届欧洲计算生物学会议记录（ISMB'04/ECCB'04）（第15-22页）。国际标准化委员会。 [5] Bonarius，H.P.J.、Schmid，G.和Tramper，J.（1997）。欠定代谢网络的流量分析：寻找缺失的约束。生物技术趋势，15308314·doi:10.1016/S0167-7799（97）01067-6 [6] Booth，E.J.、Walker，K.C.和Griffiths，D.W.（1991）。硫对油菜（brassica napus）营养期至成熟期硫代葡萄糖苷影响的时间过程研究。《食品与农业科学杂志》，56479-493·doi:10.1002/jsfa.2740560408 [7] Chabrier Rivier，N.、Fages，F.和Soliman，S.（2004年）。生化提取机生物炉。在V.Danos和V.Schächter（编辑）系统生物学计算方法第二次研讨会论文集（第172-191页）。斯普林格·Zbl 1088.68817号 [8] Clarke，E.、Grumberg，O.和Peled，D.（1999）。模型检查。麻省理工学院出版社。 [9] Danos，V.和Schächter，V.（编辑）（2005年）。系统生物学中的计算方法，2004年5月26日至28日在法国巴黎举行的国际会议（CMSB 2004），修订了部分论文。计算机科学讲义，第3082卷。斯普林格。 [10] Eiter，T.、Faber，W.、Leone，N.、Pfeifer，G.和Polleres，A.（2003）。知识状态规划的逻辑编程方法。人工智能，144（1-2），157-211·Zbl 1079.68619号 ·doi:10.1016/S0004-3702（02）00367-3 [11] Eiter，T.、Faber，W.、Leone，N.、Pfeifer，G.和Polleres，A.（2004）。知识状态规划的逻辑编程方法：语义和复杂性。ACM计算逻辑事务，5（2），206-263·数字对象标识代码：10.1145/976706.976708 [12] Eker，S.、Knapp，M.、Laderoute，K.、Lincoln，P.和Talcott，C.L.（2002年）。路径逻辑：生物网络的可执行模型。选举人。注释Theor。公司。科学。，71 [13] Eveillard，D.、Ropers，D.、de Jong，H.、Branlant，C.和Bockmayr，A.（2004）。选择性剪接调控的多尺度约束规划模型。理论计算机科学，325（1），3–24·Zbl 1071.68099号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.062 [14] Fanchon，E.、Corblin，F.、Trilling，L.、Hermant，B.和Gulino，D.（2004）。控制人类内皮细胞间粘附的分子网络建模：使用约束逻辑编程进行推断和模拟。在V.Danos和V.Schächter（编辑）的《生物信息学讲义——系统生物学中的计算方法》（第104–118页）中·Zbl 1088.68819号 [15] Ferraris，P.和Lifschitz，V.（2005）。答案集编程的数学基础。在S.Artëmov、H.Barringer、A.d‘Avila Garcez、L.Lamb和J.Woods（编辑）中，我们将向他们展示！纪念多夫·加贝的散文，（第1卷，第615–664页）。学院出版物·Zbl 1220.68035号 [16] Gebser，M.、Kaufmann，B.、Neumann，A.和Schaub，T.（2007年）。扣：冲突驱动的答案集求解器。在C.Baral、G.Brewka和J.Schlipf（编辑）《第九届逻辑编程和非单调推理国际会议论文集》（LPNMR’07）中。人工智能课堂讲稿（第4483卷，第260-265页）。斯普林格·弗拉格·Zbl 1149.68332号 [17] Gebser，M.、Kaufmann，B.、Neumann，A.和Schaub，T.（2007年）。冲突驱动的答案集解决。M.Veloso（编辑），《第二十届国际人工智能联合会议论文集》（IJCAI'07）（第386–392页）。AAAI出版社/麻省理工学院出版社。可在http://www.ijcai.org/papers07/contents.php . ·Zbl 1149.68332号 [18] Gebser，M.、Schaub，T.和Thiele，S.（2007年）。GrinGo：答案集编程的新推手。在C.Baral、G.Brewka和J.Schlipf（编辑）《第九届逻辑编程和非单调推理国际会议论文集》（LPNMR’07）中。人工智能课堂讲稿（第4483卷，第266-271页）。斯普林格·弗拉格。 [19] Gelfond，M.和Lifschitz，V.（1991年）。逻辑程序和析取数据库中的经典否定。新一代计算，9365–385·Zbl 0735.68012号 ·doi:10.1007/BF03037169 [20] Gelfond，M.和Lifschitz，V.（1993年）。用逻辑程序表示动作和变化。逻辑编程杂志，17（2-4），301-321·Zbl 0783.68024号 ·doi:10.1016/0743-1066（93）90035-F [21] Gelfond，M.和Lifschitz，V.（1998年）。动作语言。人工智能电子交易，3（6），193-210。 [22] Giunchiglia，E.和Lifschitz，V.（1998年）。基于因果解释的行动语言：初步报告。《全国人工智能会议论文集》（第623-630页）。AAAI公司。 [23] Halkier，B.A.和Gershenzon，J.（2006年）。硫代葡萄糖苷的生物学和生物化学。《植物生物学年鉴》，57，303–333·doi:10.1146年1月1日/年度计划.57.032905.105228 [24] Kutz，A.、Müller，A.、Hennig，P.、Kaiser，W.M.、Piotrowskind，M.和Weiler，E.W.（2002）。硝化酶3在硫割拟南芥根系形态调控中的作用。《植物杂志》，30，95–106·doi:10.1046/j.1365-313X.2002.01271.x [25] Levesque，H.、Reiter，R.、Lespérance，Y.、Lin，F.和Scherl，R.（1997）。Golog：一种用于动态域的逻辑编程语言。逻辑编程杂志，31（1-3），59-83·Zbl 0880.68008号 ·doi:10.1016/S0743-1066（96）00121-5 [26] Lifschitz，V.和Razborov，A.（2006年）。为什么有这么多循环公式？ACM计算逻辑学报，7（2），261–268·数字对象标识代码：10.1145/1131313.1131316 [27] Lifschitz，V.和Turner，H.（1994）。分割逻辑程序。第十一届逻辑编程国际会议论文集（第23-37页）。麻省理工学院出版社。 [28] Lifschitz，V.和Turner，H.（1999）用逻辑程序表示过渡系统。在M.Gelfond、N.Leone和G.Pfeifer（编辑）《逻辑编程和非单调推理》中。《人工智能课堂讲稿》（第1730卷，第92-106页）。斯普林格·弗拉格·Zbl 0952.68132号 [29] Lync，I.和Marques-Silva，J.（2006）。具有布尔可满足性的高效单倍型推理。Y.Gil&R.Mooney（编辑），《第二十一届全国人工智能会议论文集》（AAAI'06）。AAAI出版社。 [30] Lync，I.和Marques-Silva，J.（2006）。生物信息学中的Sat：利用单倍型推理进行案例分析。A.Biere&C.Gomes（Eds.）第九届满意度测试理论与应用国际会议论文集（SAT'06）。计算机科学课堂讲稿（第4121卷，第136-141页）。斯普林格·弗拉格。 [31] McCarthy，J.（1998）。精化公差。http://www.formal.stanford.edu/jmc/exturation.html . 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