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拉斐尔·普拉特;蒂埃里·卡拉德;劳伦特·苏拉德;奥利维尔·杜兰德;雷蒙德·纳米斯特;劳伦特·科伦拜特

基于AMR的分子动力学，用于非均匀、高度动态的粒子模拟。 （英语） Zbl 07687602号

计算。物理学。Commun公司。 253，文章ID 107177，8 p.（2020）.
小结：仅用流体动力学模型无法实现金属在强冲击下的精确模拟，从而导致粒子破碎和喷射，因此需要使用分子动力学方法在原子尺度上进行模拟。为了应对数十亿个暴露在短距离相互作用中的粒子，这种分子动力学方法需要在大规模并行超级计算机上进行高度优化。在本文中，我们建议利用自适应网格细化技术来提高分子动力学代码在高度异质粒子构型上的效率。我们介绍了一系列使用多线程和矢量化友好数据结构优化力计算循环的技术。我们的设计以高度动态的粒子集所带来的负载平衡和自适应性需求为指导。我们分析了几个模拟场景的性能结果，例如使用Intel Xeon Phi Knights Landing处理器配备的大量节点，从冲击加载的金属表面生成喷射云。与最先进的LAMMPS实现相比，使用我们的新分子动力学代码获得的性能提高了1.38以上。

MSC公司：

82立方米 统计力学中的计算分子动力学

关键词：

分子动力学;微喷射;AMR公司;磁粉探伤;开放式多媒体播放器;冲击波

软件：

BoxLib（盒子库）;琼博
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{R.Prat}等人，计算。物理学。Commun公司。253，文章ID 107177，8 p.（2020；Zbl 07687602）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 杜兰德，O。；苏拉德，L.，J.戴恩。行为。材料。，3, 2, 280-290 (2017)
[2] 杜兰德，O。；Jaouen，S。；Soulard，L。；欧·海泽。；Colombet，L.，J.应用。物理。，122, 13 (2017)
[3] 沃尔夫·D·。；Rudd，W.，计算。物理学。社区。，120, 1, 20-32 (1999)
[4] Jones，J.E.，程序。R.Soc.A，106、738、463-477（1924）
[5] 莫尔斯，P.M.，Phys。修订版，34、1、57（1929年）
[6] 梅森，E.A.，J.化学。物理。，22, 2 (1954)
[7] Daw，M.S。；Baskes，M.I.，物理学。B版，29、12、6443（1984年）
[8] 艾伦，M。；Tildesley，D.，《液体的计算机模拟》（1987），克拉伦登出版社：牛津克拉伦登出版社·Zbl 0703.68099号
[9] Verlet，L.，物理学。修订版，159、1、98（1967）
[10] Plimpton，S.，J.计算。物理。，117, 1, 1-19 (1995) ·Zbl 0830.65120号
[11] Berendsen，H.J。；范德斯波尔博士。；van Drunen，R.，计算。物理学。Comm.，91，1-3，43-56（1995）
[12] 伯杰，M.J。；Colella，P.，J.计算。物理。，82, 1, 64-84 (1989) ·Zbl 0665.76070号
[13] 伯杰，M.J。；Oliger，J.，J.计算。物理。，53, 3, 484-512 (1984) ·Zbl 0536.65071号
[14] A.杜比。；Almgren，A。；贝尔·J。；Berzins，M。；Brandt，S。；布莱恩，G。；科尔拉，P。；格雷夫斯，D。；Lijewski，M。；Löffler，F.，J.并行分布计算。，74, 12, 3217-3227 (2014)
[15] Bryan，G.L。；诺曼，M.L。；奥谢，B.W。；Abel，T。；怀斯，J.H。；特克·M·J。；Reynolds，D.R。；柯林斯特区。；王，P。；Skillman，S.W.，《天体物理学》。补充期刊。，211, 2, 19 (2014)
[16] 科尔拉，P。；格雷夫斯，D。；Ligocki，T。；马丁·D·。；莫迪亚诺，D。；Serafini，D。；Van Straalen，B.，用于amr应用程序的Chombo软件包设计文件（2000年）
[17] R.Prat，L.Colombet，R.Namyst，《第47届并行处理国际会议论文集》，2018年，第48页。
[18] Cieren，E。；科伦贝特，L。；皮托瓦特，S。；Namyst，R.（欧洲并行处理会议（2014），施普林格），121-132
[19] Morton，G.M.，《面向计算机的大地测量数据库和文件排序新技术》（1966年），国际商业机器公司：纽约国际商业机械公司
[20] Mangiardi，C.M。；Meyer，R.，计算机。物理学。Comm.（2017年）
[21] Meyer，R.，物理学。E版，88，5（2013）
[22] Devine，K。；Boman，E。；Heaphy，R。；亨德里克森，B。；沃恩，C.，《计算》。科学。工程，4，2，90-97（2002）
[23] Perl，Y。；Schach，S.R.，J.ACM，28，1，5-15（1981）·Zbl 0454.68068号
[24] 伯杰，M.J。；Bokhari，S.H.，IEEE传输。计算。，5, 570-580 (1987)
[25] 杰弗斯，J.J。；Sodani，A.，《英特尔至强Phi处理器高性能编程》，443-470（2016），Morgan Kaufmann，Ch.20
[26] Smith，W。；托多罗夫，I.T.，摩尔模拟。，32, 12-13, 935-943 (2006)
[27] 赫斯，B。；库兹纳，C。；Van Der Spoel，D。；Lindahl，E.，J.化学。理论计算。，4, 3, 435-447 (2008)
[28] Liem，S。；D.布朗。；Clarke，J.H.，《计算》。物理学。Comm.，67，2，261-267（1991）·Zbl 0875.65013号
[29] Mohd-Yusof，J.（Exascale研究会议（2012））
[30] 理查德森，L.F.，菲洛斯。事务处理。R.Soc.A，210，307-357（1911）
[31] Fuchs，H。；Kedem，Z.M。；Naylor，B.F.，（ACM Siggraph Computer Graphics，第14卷（1980），ACM），124-133
[32] Lijewski，M。；Nonaka，A。；Bell，J.，Boxlib（2011年）
[33] Greengard，L。；Rokhlin，V.，J.计算。物理。，73, 2, 325-348 (1987) ·Zbl 0629.65005号
[34] 阿古洛，E。；布拉马斯，B。；库劳，O。；Darve，E。；梅斯纳，M。；Takahashi，T.，SIAM J.科学。计算。，36、1、C66-C93（2014）·Zbl 1323.78017号
[35] 奥贡内，C。；Thibault，S。；Namyst，R。；Wacrenier，P.-A.，Concurr公司。计算：实际。专家。，23, 2, 187-198 (2011)
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