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Johanna C.J.达斯。;乔纳斯·D·Förster。;尤尔根·帕勒

带有COPASI R连接器（CoRC）的动态发布媒体。 （英语） Zbl 1492.92029

数学。Biosci公司。 348，文章ID 108822，8 p.（2022）.
摘要：在本文中，我们展示了如何以自然和协同的方式将动态发布媒体和COPASI R连接器（CoRC）结合起来，以传递（生物化学）模型。动态发布媒体正在成为作者有效撰写和发布作品的流行工具。它们是根据模板构建的，最终文档是动态创建的。此外，它们还可以是交互式的。通过与R Markdown、Jupyter和Shiny等工具的集成，使用编程环境R可以轻松处理动态发布媒体。此外，COmplex PAthway SImulator COPASI(网址：http://www.copasi.org)作为一种广泛使用的生物化学建模工具包，通过使用COPASI R连接器（CoRC，https://jpahle.github.io/CoRC网站). 模型是数学生物科学中的常用工具，特别是计算系统生物学中生化网络的动力学模型。我们专注于动态出版媒体和CoRC的三个应用领域：文档（可复制的工作流）、教学（创建自定进度的课程）和科学传播（沉浸式和吸引人的演示）。为了说明这些，我们以R Markdown和Jupyter笔记本的形式创建了六个动态文档示例，托管在GitHub平台上，shinyapps.io公司，谷歌实验室。将代码和输出放在一个地方，以模板形式创建文档，并选择交互性，这使得动态文档和CoRC的组合成为一个通用工具。我们所有的示例文档都可以在https://jpahle.github.io/DynamiCoRC网站根据Creative Commons BY 4.0许可。

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
92-08 生物学问题的计算方法

关键词：

动态发布媒体;CoRC公司;科帕西;R降价;朱庇特;系统生物学

软件：

ggplot2;R（右）;rsconnect（rsconnect）;github;rmarkdown公司;针织物;CoRC公司;Condor-COPASI公司;科帕西;朱庇特;潮韵诗;遥控器;巧妙地;R降价;闪亮的;生物模型;活页夹2.0;R工作室
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.C.J.Daas}等人，数学。Biosci公司。348，文章ID 108822，8 p.（2022；Zbl 1492.92029）
全文： 内政部
OA许可证

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