迈克尔·施罗德;大卫·吉尔伯特;雅克·范·海尔登;不，佩妮 生物信息学可视化方法：从树状图到太空探索者。 （英语） Zbl 0996.68684号 信息科学。 139，第1-2号，第19-57号（2001年）. 摘要：随着生物数据爆炸，可视化技术的进一步发展至关重要。我们提出了一个框架来描述可视化过程。我们确定了两种主要的数据类型，并引入了结构比较数据和基因表达数据作为代表，它们在整个过程中充当运行示例。接下来，我们将回顾各种距离测量，并开发一种距离设计方法。我们批判性地回顾了通过树，特别是树状图进行聚类和可视化的经典方法，并指出了该技术的缺点。为了解决这些缺点，我们调查了信息可视化技术，并讨论了另一种方法和系统：Space Explorer，它将对象的关系映射到距离，并在3D交互式空间中可视化这些距离。我们针对这两种数据类型评估了三种布局算法，并将其应用于我们的案例研究。 MSC公司： 68单位99 计算方法和应用 68吨10 模式识别、语音识别 68磅05分 数据结构 92B99型 一般数学生物学 关键词：主成分分析 软件：全球价值链 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Schroeder}等人，《信息科学》。139，编号1--2，19-57（2001；Zbl 0996.68684） 全文： 内政部 参考文献： [1] Everitt，B.S.，《多元数据的图形技术》（1978），海涅曼教育图书：海涅曼伦敦教育图书 [2] 戈登，A.D。；分类（1981），查普曼和霍尔：查普曼与霍尔伦敦·Zbl 0507.62057号 [3] Durbin，C。；Eddy，S。；Krough，A。；Mitchison，G.，《生物序列分析》（1998年），CUP:CUP纽约·Zbl 0929.92010号 [4] Webb，A.，《统计模式识别》（1999），阿诺德：阿诺德·巴黎·Zbl 0968.68540号 [5] Kruskal，J.，《多维尺度与聚类的关系》，分类与聚类（1977），学术出版社：纽约学术出版社 [6] Mardia，K.V。；Kent，J.T。；Bibby，J.M.，多元分析（1979），学术出版社：纽约学术出版社·Zbl 0432.62029号 [7] 吉尔伯特，D。；施罗德，M。；van Helden，J.，生物对象关系的交互式可视化，生物技术趋势，18，12，487-493（2000） [8] 吉尔伯特·D·R。；威斯黑德特区。；北长野。；Thornton，J.M.，tops蛋白质拓扑数据库中基于Motif的搜索，生物信息学，15，4，317-326（1999） [9] 吉尔伯特，D。；D.韦斯特黑德。；维克斯纳，J。；Thornton，J.，使用模式发现技术进行基于拓扑的蛋白质结构比较，AISB-00生物信息学人工智能研讨会论文集（2000年），人工智能和行为模拟研究学会 [10] 奥伦戈，C.A。；Michie，A.D。；琼斯，D.T。；斯温德尔斯，M.B。；Thornton，J.M.，CATH-蛋白质结构域的层次分类，结构，5，8，1093-1108（1997） [11] Hieter，P。；Boguski，M.，《功能基因组学：你是怎么看的》，《科学》，278601-602（1997） [12] 德里西，J。；V.R.Iyer。；Brown，P.O.，《探索基因组尺度上基因表达的代谢和遗传控制》，《科学》，278680-686（1997） [13] 艾森，M.B。；斯佩尔曼，P.T。；布朗，P.O。；Botstein，D.，全基因组表达模式的聚类分析和显示，PNAS，95，25，14863-14868（1998） [14] Kohonen，T.，《自组织地图》（1997），《施普林格：柏林施普林格》·Zbl 0866.68085号 [15] Levenshtein，V.，《能够纠正删除插入和反转的二进制代码》，Doklady Akademii nauk SSSR，163，4，845-848（1965），（俄语），也收录于《控制论与控制理论》，第10卷（8）（1996），第707-710页·Zbl 0149.15905号 [16] Gusfield，D.，《字符串、树和序列的算法》（1997），CUP：纽约CUP·Zbl 0934.68103号 [17] 吉尔伯特，D。；Schroeder，M.，FURY：基于编辑距离的模糊统一和分辨率，BIBE2000（2000）论文集 [18] Sokal，R.R。；Michener，C.D.，《评估系统关系的统计方法》，堪萨斯大学科学通报，281409-1438（1958） [19] 苏，M.-C。；Chou，C.-H.，A（k）-具有新型非度量距离的均值算法，（美国大西洋城智能机械协会信息科学联合会议论文集，2000），417-420 [20] Chen，C.，《信息可视化和虚拟环境》（1999），施普林格出版社：柏林施普林格 [21] Ware，C.，《信息可视化：设计感知》（2000），Morgan Kaufmann:Morgan Koufmann Los Altos，CA [22] Benedikt，M.，《网络空间：一些建议》，（Benedikt:M.，网络空间：第一步（1991），麻省理工学院出版社：马萨诸塞州剑桥麻省理工学院出版社），273-302 [23] http://derisilab.ucsf.edu/index.html; http://derisilab.ucsf.edu/index.html [24] h.-m.GenExplore工具；h.-m.GenExplore工具 [25] http://www.parc.xerox.com/istl/projects/uir/projects/InformationVisualization.html; http://www.parc.xerox.com/istl/projects/uir/projects/InformationVisualization.html [26] P.Young，三维信息可视化，技术报告，达勒姆大学计算机科学软件维护中心，1996年；P.Young，三维信息可视化，技术报告，达勒姆大学计算机科学软件维护中心，1996年 [27] Bray，T.，《测量网络》，第五届国际万维网会议，法国巴黎（1996） [28] Fienberg，S.E.，统计中的图形方法，美国统计学家，33165-178（1979） [29] http://usg.cas.utk.edu/public/matlab/mesh.html; http://usg.cas.utk.edu/public/matlab/mesh.html [30] http://jwave.vni.com/classes/jwave_demos/bi/Coffee.html; http://jwave.vni.com/classes/jwave_demos/bi/Coffee.html [31] http://www.sgi.com/chembio/resources/mineset; http://www.sgi.com/chembio/resources/mineset [32] 网址：http://www.unitedis.com/gva; 网址：http://www.unitedis.com/gva [33] http://websom.hut.fi/websom/; http://websom.hut.fi/websom/ [34] http://www.sanger.ac.uk/Users/mrp/java/ExpressionBrowser/TheTutorial.html; http://www.sanger.ac.uk/Users/mrp/java/ExpressionBrowser/TheTutorial.html [35] http://www.cwi.nl/InfoVisu/Past.html; http://www.cwi.nl/InfoVisu/Past.html [36] http://www.tomsawyer.com/products.html; http://www.tomsawyer.com/products.html [37] Robertson，J.G.G。；Card，S.K.，《使用3D交互式动画的信息可视化》，《ACM的通信》，36，4，57-71（1993） [38] 赫尔曼，I。；梅兰肯，G。；Marshall，M.，《信息可视化中的图形可视化和导航：一项调查》，IEEE可视化和计算机图形学报，6，1，24-43（2000） [39] Rekimoto，J。；Green，M.，《信息文明：在3D信息可视化中使用透明度》（信息技术和系统WITS93（1993）第三次研讨会论文集），125-132 [40] http://www.insight.com网站; http://www.insight.com网站 [41] http://www.caida.org; http://www.caida.org [42] http://industry.ebi.ac.uk/alan/BioWidget/EMBL/; http://industry.ebi.ac.uk/alan/BioWidget/EMBL/ [43] Goldberg，J.L.，矩阵理论与应用（1991），Mcgraw Hill：Mcgraw Hill，纽约 [44] Sammon，J.W.，《数据分析的非线性映射》，IEEE计算机学报C，18，401-409（1969） [45] Gower，J.C.，多元分析中使用的潜在根和向量方法的一些距离特性，生物特征，53325-338（1966）·Zbl 0192.26003号 [46] Schroeder，M.，《使用奇异值分解可视化多智能体系统内的关系》，《第三届自治智能体会议论文集》，美国西雅图ACM出版社（1999） [47] Kruskal，J.，《通过优化优度来适应非度量假设的多维标度》，《心理测量学》，29，1-27（1964）·Zbl 0123.36803号 [48] N.R.奎因。；Breuer，M.A.，《印制电路板的力定向元件放置程序》，IEEE电路与系统汇刊，CAS-26，6，377-388（1979）·Zbl 0409.94053号 [49] G.Sander，编译器构造中应用程序的图形布局，技术报告，德国萨尔布吕肯大学，编号A/01/96，网址：http://www.cs.uni-sb.de/〜砂光机/；G.Sander，编译器构造中应用的图形布局，技术报告，德国萨尔布吕肯大学，编号A/01/96，网址：http://www.cs.uni-sb.de/～砂光机/·Zbl 0914.68032号 [50] Ware，C。；Franck，G.，在虚拟现实显示中查看图形的效果是二维图形的3倍，（《视觉语言学报》（1994），IEEE出版社：IEEE出版社，纽约），182-183 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。