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德克·斯特罗斯曼

词缀数组数据结构及其在RNA二级结构分析中的应用。 （英语） Zbl 1146.68358号

西奥。计算。科学。 389，编号1-2，278-294（2007）.
摘要：在大数据集（如完整基因组）中，高效的字符串处理与后缀树和类似的索引数据结构密切相关。对于复杂结构的字符串分析，如搜索RNA二级结构模式，单向后缀树算法不如基于后缀树数据结构的双向算法。词缀树将反向文本的后缀树和后缀树合并在一个树结构中，但其内存需求很大。在本文中，我提出了一种新的数据结构，称为词缀数组，就算法功能而言，它与词缀树等价，但具有较小的内存需求和改进的性能。我将展示词缀数组的线性时间结构，而不使用词缀树的线性时间构造。我还将展示如何将双向词缀树遍历转移到词缀数组，并展示基于新数据结构的大规模RNA二级结构分析的令人印象深刻的结果。

引用于5文件

MSC公司：

68第05页 数据结构

关键词：

后缀树;后缀数组;附加树;模式匹配

软件：

PatSearch（补丁搜索）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.斯特罗曼}，Theor。计算。科学。389，编号1--2，278--294（2007；Zbl 1146.68358）
全文： 内政部

参考文献：

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