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约翰·J·韦尔奇。;戴维·瓦克斯曼

计算替代率比较研究的独立对比度。 （英语） Zbl 1398.92192号

J.西奥。生物。 251，第4期，667-678（2008）.
综述：系统发育比较方法已被用于研究各种生物性状之间的相关进化模式，并越来越多地用于确定DNA替代率的预测因子。替代率不同于所研究的大多数性状，因为它不能直接观察到，但必须根据长期累积的替代来推断。通过研究性状和速率演化的数学模型，我们发现替代率的特殊性质会导致标准比较方法的严重功率损失。我们进一步展示了当涉及替代率时，如何通过增加数据点的数量来最大限度地提高功率的策略会产生相反的效果。然后，我们对标准方法提出了两个修改，以缓解这些问题。首先，我们展示了如何使用现有的方差齐性检验来识别和排除那些无法可靠推断替代率变化的数据。其次，我们证明了通过比较代换率和预测性状沿谱系历史的时间平均值可以提高功率，并引入了该数量的最大似然估计量。

理学硕士：

92D15型 与进化有关的问题

关键词：

比较方法;分子进化;性状进化

软件：

NetNUMPAC公司;猿;R（右）
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\textit{J.J.韦尔奇}和\textit{D.瓦克斯曼}，J.西奥。生物学251，第4期，667--678（2008；Zbl 1398.92192）
全文： 内政部

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