J.凯莱赫。;埃瑟里奇,A.M。;新罕布什尔州巴顿。 连续空间中的聚结模拟:适用于大邻域大小的算法。 (英语) Zbl 1296.92209号 理论。大众。生物。 95, 13-23 (2014). 摘要:许多物种在空间上基本上是连续分布的,在随机交配的亚种群之间没有自然划分。然而,对这些种群建模的标准方法是采用任意的deme网格,调整deme大小和迁移率,以捕捉种群的重要特征。由于距离隔离的经典模型的失败,需要这种间接方法,这些模型已被证明存在重大的技术缺陷。最近引入的一个二维灭绝和再殖民化模型解决了这些技术问题,并为研究种群在空间连续体中的演化提供了严格的技术基础。该模型的合并过程很简单,但对于较大的邻域大小,直接模拟效率很低。我们提出了有效且精确的算法来模拟任意样本大小和位点数目的这种合并过程,并对这些算法进行了详细的分析。 引用于2文件 理学硕士: 92D25型 人口动态(一般) 关键词:按距离隔离;溯祖模拟 软件:快煤 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Kelleher}等人,Theor。大众。生物学95,13-23(2014;Zbl 1296.92209) 全文: 内政部 OA许可证 参考文献: [1] Alagar,V.,《随机点之间距离的分布》,J.Appl。概率。,13, 558-566 (1976) ·Zbl 0349.60012号 [2] Atkinson,K.,《第二类积分方程的数值解》(1997),剑桥大学出版社·Zbl 0899.65077号 [3] 巴顿,新罕布什尔州。;Etheridge,A.M。;Kelleher,J。;Véber,A.,《二维推断:等位基因频率与共享区块长度》,Theor。大众。生物学,87,105-119(2013)·Zbl 1296.92142号 [4] 巴顿,新罕布什尔州。;Etheridge,A.M。;Véber,A.,空间连续体演化的新模型,电子。J.概率。,15, 7 (2010) ·Zbl 1203.60107号 [5] 巴顿,新罕布什尔州。;Etheridge,A.M。;Véber,A.,空间连续体中的演化建模,J.Stat.Mech。,P01002(2013)·Zbl 1456.92094号 [6] 巴顿,新罕布什尔州。;Kelleher,J。;Etheridge,A.M.,《两维灭绝和再克隆的新模型:量化系统地理学》,《进化》,64,9,2701-2715(2010) [7] Carvajal-Rodríguez,A.,《基因组模拟:综述》,Curr。基因组学,9,3155-159(2008) [8] 查尔斯沃思,B。;Charlesworth,D.,《进化遗传学的要素》(2010),Roberts and Company:Roberts&Company Greenwood Village,Colorado·Zbl 0451.92010号 [9] Chen,G.K。;马约拉姆,P。;Wall,J.D.,DNA序列数据的快速和灵活模拟,基因组研究,19136-142(2009) [10] 克劳福德,T.J.,什么是人口?,(肖罗克斯,B.,《进化生态学》(1984),布莱克威尔科学出版物) [11] Etheridge,A.M.,《漂移、吸力和结构:进化的一些数学模型》,80,121-144(2008),巴纳赫中心出版社·Zbl 1144.92032号 [12] Etheridge,A.M。;Véber,A.,《大环面上的空间(Lambda)-Fleming-Viot过程:重组存在下的谱系》,Ann.Appl。概率。,22, 6, 2165-2209 (2013) ·Zbl 1273.60092号 [13] Excoffier,L。;Foll,M.,Fastsimcoal:任意复杂进化场景下基因组多样性的连续合并模拟器,生物信息学,27,9,1332-1334(2011) [14] Felsenstein,J.,《环面中的痛苦:距离隔离模型的一些困难》,《美国国家》,109,359-368(1975) [16] Hudson,R.R.,基因内重组中性等位基因模型的特性,Theor。大众。生物学,23,183-201(1983)·Zbl 0505.62090号 [17] Hudson,R.R.,在Wright-Fisher中性遗传变异模型下生成样本,生物信息学,18,2,337-338(2002) [18] 哈德森·R·R。;Kaplan,N.,DNA序列样本历史上重组事件数量的统计特性,遗传学,111,1147-164(1985) [19] Kelleher,J。;巴顿,新罕布什尔州。;Etheridge,A.M.,《连续空间中的联合模拟》,生物信息学,29,7,955-956(2013) [20] Knuth,D.E.,(基本算法,基本算法,计算机编程艺术,第1卷(1997),Addison-Wesley:Addison-Whesley Reading,马萨诸塞州)·Zbl 0895.68055号 [21] Knuth,D.E.,(《半数值算法:半数值算法,计算机编程艺术》,第2卷(1997),Addison-Wesley:Addison-Whesley Reading,马萨诸塞州)·Zbl 0191.18001号 [22] Knuth,D.E.,(排序和搜索。排序和搜索,计算机编程艺术,第3卷(1998年),Addison-Wesley:Addison-Whesley Reading,马萨诸塞州) [23] Knuth,D.E.(组合算法,第1部分)。组合算法,第1部分,计算机编程艺术,第4A卷(2011),Addison-Wesley:Addison-Whesley Upper Saddle River,New Jersey)·Zbl 1354.68001号 [24] Liang,L。;Zöllner,S。;Abecasis,G.R.,《基因组:基于快速聚合的全基因组模拟器》,生物信息学,23,12,1565-1567(2007) [25] Malécot,G.、Les matiques de l'hérédite(1948)、Masson et Cie:巴黎Masson et Cie·Zbl 0031.17304号 [26] 马约拉姆,P。;Wall,J.D.,快速聚合模拟,BMC Genet。,7, 16 (2006) [27] 麦克韦,G.A.T。;Cardin,N.J.,《用重组近似聚结物》,Philos。事务处理。R.Soc.伦敦。序列号。B、 360、1387-1393(2005) [28] Morjan,C.L。;Rieseberg,L.H.,《物种如何集体进化:基因流和选择对优势等位基因传播的影响》,《分子生态学》。,13, 6, 1341-1356 (2004) [29] Padhukasahasram,B。;马乔兰,P。;Wall,J.D。;布斯塔曼特,哥伦比亚特区。;Nordborg,M.,使用有效的正向时间模拟探索重组的种群遗传模型,遗传学,178,42417-2427(2008) [30] 维夫,C。;Hein,J.,《作为序列上的点过程的重组》,Theor。大众。《生物学》,55,3,248-259(1999)·Zbl 0923.92015号 [31] Wright,S.,《远距离隔离》,《遗传学》,第28、2、114-138页(1943年) [32] Wright,S.,不同交配系统下的距离隔离,遗传学,31,1,39-59(1946) [33] Wright,S.,(《自然种群内和种群间的变异性》,《自然种群内部和种群之间的变异性、进化和种群遗传学》,第4卷(1978年),芝加哥大学出版社:芝加哥大学出版社,芝加哥) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配,并且可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。