×

褐鳟鱼的部分亲子关系分析和无标度繁殖网络。 (英语) Zbl 1411.92211号

摘要:在这项研究中,我们开发了一种使用微卫星标记进行部分亲子关系分析的方法。我们提出了一种计算亲子关系概率的方法,该方法考虑了由于零等位基因和其他原因导致的数据缺失和基因分型错误,通过将观察到的等位基因视为随机变量的实现,这些随机变量在该位点的等位序列中取值,并开发了一种同时估计每个位点所有等位基因的真等位基因和空等位基因频率的方法。然后,我们将我们提出的方法应用于从野生褐鳟鱼种群中采集的大量样本(萨尔莫·特鲁塔). 通过使用我们的方法对数据进行分析,我们发现褐鳟鱼的繁殖成功率遵循幂律,这表明当父母与春天的关系被视为一个链接时,褐鳟的繁殖系统是一个无标度网络。褐鳟繁殖网络的特征包括以大型个体为网络中心的个体以及雄性和雌性之间度分布的不同幂指数。

MSC公司:

92D15型 与进化有关的问题
92立方厘米 系统生物学、网络
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Aljanabi,S.M。;Martinez,I.,基于PCR技术的高质量基因组DNA的通用快速盐提取,核酸研究,254692-4693(1997)
[2] Barabási,A.L。;Albert,R.,《随机网络中尺度的出现》,《科学》,286509-512(1999)·Zbl 1226.05223号
[3] 贝特曼,A.J.,《性别内选择》果蝇《遗传》,2349-368(1948)
[4] Bianconi,G。;Barabási,A.L.,复杂网络中的玻色-爱因斯坦凝聚,《物理评论快报》,86,5632-5635(2001)
[5] Bianconi,G。;Barabási,A.L.,《演化网络中的竞争和多尺度》,《欧洲物理快报》,54,436-442(2001)
[6] Bohlin,T。;哈姆林,S。;Heggberget,T.G。;拉斯穆森,G。;Saltveit,S.J.,《以鲑鱼为重点的电捕鱼理论与实践》,《水生生物学》,173,9-43(1989)
[7] Brookfield,J.F.Y.,一种从杂合子缺陷中估计零等位基因频率的简单新方法,分子生态学,5453-455(1996)
[8] 布罗凯,T。;Petit,E.,非侵入性群体遗传学中基因分型误差的量化,分子生态学,133601-3608(2004)
[9] 卡尔森,S.M。;Olsen,E.M。;Völlestad,L.A.,《季节死亡率和体型的影响》,棕色鳟鱼个体数据回顾和实证检验,功能生态学,22663-673(2008)
[10] 查克拉波蒂,R。;De Andrade,M。;戴格尔,S.P。;Budowle,B.,DNA分型数据中观察到的明显杂合子缺陷及其在法医学应用中的意义,《人类遗传学年鉴》,56,45-57(1992)·Zbl 0825.92100
[11] 奇比基,I.J。;Burczyk,J.,零等位基因和近交系数的同时估计,遗传杂志,100106-113(2009)
[12] Clutton-Brock,T.H。;Parker,G.A.,《潜在生殖率和性选择操作》,《生物学季刊》,67437-456(1992)
[13] Clutton-Brock,T.H。;Vincent,A.C.J.,《性别选择与男性和女性的潜在生殖率》,《自然》,第351页,第58-60页(1991年)
[14] Dakin,E.E。;Avise,J.C.,亲子关系分析中的微卫星无效等位基因,遗传,93,504-509(2004)
[15] 邓普斯特,美联社。;新墨西哥州莱尔德。;Rubin,D.B.,《通过EM算法从不完整数据中获取最大似然》,《皇家统计学会期刊:B辑》,39,1-38(1977)·Zbl 0364.62022号
[16] 德夫林,B。;罗德,K。;Ellstrand,N.C.,部分亲子分配理论发展和与其他方法的比较,理论与应用遗传学,76,369-380(1988)
[17] 杜武迪,J。;Nason,J.D。;Hipkins,V.D.,《缓解野生种群微卫星数据中的评分错误》,《分子生态学笔记》,6951-957(2006)
[18] 费尔贝恩,D.J。;Wilby,A.E.,测量性别选择潜力的机会不平等,进化生态学研究,3667-686(2001)
[19] 弗莱明,I.A。;Reynolds,J.D.,鲑鱼繁殖系统,(Hendry,A.P.;Stearns,S.C.,《进化照明鲑鱼及其亲属》(2004),牛津大学出版社:牛津大学出版社,264-294
[20] Foote,C.J.,太平洋鲑鱼的雌性伴侣偏好,动物行为,38,721-723(1989)
[21] Foote,C.J。;Larkin,P.A.,雄性选择在溯河产卵和非溯河产蛋红眼鲑的分类交配中的作用(钉螺)《行为》,106,43-62(1988)
[22] Galton,F.,《典型遗传法则》,《自然》,第15卷,第512-514页(1877年)
[23] Galton,F.,《遗传地位向平庸回归》,《人类学研究所杂志》,第15期,第246-263页(1886年)
[24] Gerber,S。;玛丽埃特,S。;斯特里夫,R。;Bodenes,C。;Kremer,A.,用于亲子关系分析的微卫星和扩增片段长度多态性标记的比较,分子生态学,9,1037-1048(2000)
[25] Gini,C.,Variabilitáe mutabilitá,contributo allo studio delle distributioni e relazioni statistiche,Studi Economico-Giuridici dell,卡利亚里大学,3,1-158(1912)
[26] 哈德菲尔德,J.D。;Richardson,D.S。;Burke,T.,《在贝叶斯框架中结合遗传、行为和空间数据实现无偏见的亲子关系分配》,《分子生态学》,第15期,第3715-3730页(2006年)
[27] 霍夫曼,J.I。;Amos,W.,微卫星基因分型错误检测方法,父亲排斥的常见来源和后果,分子生态学,14599-612(2005)
[28] 霍特林,H.,《平庸在商业中的胜利评论》,霍勒斯·塞克里斯特著,《美国统计协会杂志》,28463-465(1933)
[29] 琼斯,A.G。;Avise,J.C.,《暗色琵琶鱼的雌雄同体》花海龙科微卫星DNA标记揭示,进化,51,1611-1622(1997)
[30] 琼斯,A.G。;厄斯特伦·尼尔森,S。;Avise,J.C.,《对第十五松针背飞虱的潜入受精和偷卵的微卫星评估》,《进化》,52,848-858(1998)
[31] Kalinowski,S.T。;Taper,M.L.,微卫星位点无效等位基因频率的最大似然估计,《保护遗传学》,1991年至1995年(2006年)
[32] 凯利,C。;Price,T.D.,《纠正回归到行为和生态学平均值》,美国自然学家,166700-707(2005)
[33] Kokko,H。;麦肯齐,A。;雷诺兹,J.D。;林德斯特罗姆,J。;Sutherland,W.J.,《衡量不平等的标准》,《美国自然主义者》,72,358-382(1999)
[34] Kvarnemo,C。;Ahnesjö,I.,《操作性性别比率和配偶竞争的动态》,《生态与进化趋势》,第11期,第404-408页(1996年)
[35] Liljeros,F。;Edling,C.R。;阿马拉,L.A.N。;斯坦利,H.E。;berg,Y.,《人类性接触的网络》,《自然》,411907-908(2001)
[36] Lorenz,M.O.,《财富集中度的测量方法》,美国统计协会出版,9209-219(1905)
[37] 马歇尔,T.C。;斯莱特,J。;克鲁克,L.E.B。;彭伯顿,J.M.,自然群体中基于相似性的亲子关系推断的统计置信度,分子生态学,7639-655(1998)
[38] Meagher,T.R.(美国田纳西州)。;汤普森,E.,《谱系重建中单亲和双亲遗传可能性之间的关系》,《理论种群生物学》,2987-106(1986)·Zbl 0581.92013号
[39] Morishita,M.,(I_\delta-\operatorname{index})个体离散度的度量,《种群生态学研究》,4,1-7(1962)
[40] Nsje,T.F.,2008年。河生褐鳟鱼的扩散(萨尔莫·特鲁塔; Nsje,T.F.,2008年。河生褐鳟鱼的扩散(萨尔莫·特鲁塔
[41] 内夫,B.D。;雷普卡,J。;Gross,M.R.,《亲子关系分析的贝叶斯框架——遗传和其他生物学数据的价值》,理论群体生物学,59315-331(2001)·Zbl 1038.62105号
[42] 尼尔森,R。;马蒂拉·D·K。;Clapham,P.J。;Palsboll,P.J.,《自然种群亲子关系分析的统计方法及其在北大西洋座头鲸中的应用》,遗传学,1571673-1682(2001)
[43] Olsen,E.M。;Völlestad,L.A.,《标记0岁褐鳟鱼的可见植入弹性体评估》,《北美渔业管理杂志》,21967-970(2001)
[44] Olsen,E.M。;Völlestad,L.A.,褐鳟鱼生殖缺陷的微地理变异——生物相互作用的可能影响,Oikos,100483-492(2003)
[45] van Oosterhout,C。;威特曼,D。;Hutchinson,W.F.,非平衡群体中微卫星无效等位基因的估计和调整,分子生态学注释,6255-256(2006)
[46] 庞帕农,F。;博宁,A。;Bellemain,E。;Taberlet,P.,《基因分型错误的原因、后果和解决方案》,《自然评论遗传学》,6847-860(2005)
[47] 普伦蒂斯,E.F。;Flagg,T.A。;McCutcheon,C.S.,在鲑鱼中使用植入式无源集成转发器(PIT)标签的可行性,美国渔业协会研讨会,7317-322(1990)
[48] 罗德,K。;德夫林,B。;Lindsay,B.G.,《最大似然法在估算个体生育率的群体遗传数据中的应用》,生物统计学,45363-379(1989)·Zbl 0707.62233号
[49] Ruzzante,D.E。;哈密尔顿特区。;Kramer,D.L。;Grant,J.W.A.,《方差的定标和资源垄断的量化》,行为生态学,7199(1996)
[50] 桑克里斯托瓦尔,M。;Chevalet,C.,《有限个体的容错亲本鉴定》,遗传学研究,70,53-62(1997)
[51] Schmittlein,D.C.,从不足为奇的观察中得出的令人惊讶的推论,条件期望真的回归到平均值吗?,美国自然主义者,43,176-183(1989)
[52] 塞尔贝佐夫,D。;伯纳奇兹,L。;Olsen,E.M。;Völlestad,L.A.,褐鳟鱼个体繁殖成功的交配模式和决定因素(萨尔莫·特鲁塔)《分子生态学》(Molecular Ecology),19,3193-3205(2010),通过对全流生活人口的亲子关系分析揭示
[53] Signorovitch,J。;Nielsen,R.,利用遗传数据进行爱国者-亲子关系推断,生物信息学,18,341-342(2002)
[54] Smouse,体育。;Meagher,T.R.,男性生殖贡献的遗传分析黄芩L.Gray(百合科),遗传学,136,313-322(1994)
[55] Stigler,S.M.,《历史上考虑的平均回归》,《医学研究中的统计方法》,第6103-114页(1997年)
[56] 萨默斯,K。;Amos,W.,亚马逊镖毒蛙繁殖策略的行为、生态和分子遗传分析,腹鳍石斛行为生态学,8260(1997)
[57] Taugbol,A.,2008年。褐鳟鱼的精细遗传结构(萨尔莫·特鲁塔; Taugbol,A.,2008年。褐鳟鱼的精细遗传结构(萨尔莫·特鲁塔
[58] 范德普特,M。;Mauger,S。;Dupont-Nivet,M.,《允许错配作为通过排除来管理亲子关系分配中基因分型错误的方法的评估》,《分子生态学笔记》,6265-267(2006)
[59] 洛杉矶沃勒斯塔德。;Olsen,E.M。;Forseth,T.,相邻小溪中褐鳟鱼的生长速率变化,密度依赖性证据?,鱼类生物学杂志,611513-1527(2002)
[60] 韦德,M.J.,《生殖成功中的性别选择和变异》,美国自然主义者,114742-747(1979)
[61] 韦德,M.J。;Arnold,S.J.,《性别选择强度与男性性行为、女性选择和精子优先性的关系》,《动物行为》,28,446-461(1980)
[62] Wang,J.,从有分型错误的遗传数据重建Sibship,Genetics,1661963-1979(2004)
[63] 白色,G.C。;Anderson,D.R.,《封闭人群采样的捕获-捕获和去除方法》(1982年),洛斯阿拉莫斯国家实验室:洛斯阿拉莫斯国家实验所
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。