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黄，魏;张建民;王玉荣;黄，丹

一种基于模糊理论的生物序列相似性分析的简单方法。 （英语） Zbl 1460.92156号

J.西奥。生物。 265，第3期，323-328（2010）.
小结：在本文中，我们提出了一种简单的方法来分析生物序列的相似性。以生物序列的平均含量及其信息熵为变量，采用模糊方法对其进行聚类。从应用结果来看，该方法相对简单、快速。与其他方法（如图形表示法）不同，我们的方法通常很难计算由图形表示导出的矩阵的某些不变量，它更关注生物序列本身的信息。特别是借助于软件（SPSS），它似乎非常方便。因此，它可以用于研究新的生物序列，如它们的进化关系和结构。

理学硕士：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
62A86号 统计学中的模糊分析

关键词：

生物序列;模糊方法;集群;相似性

软件：

SPSS软件;GPCR-CA公司;RNA对齐;EzyPred公司;折叠速率;GPCR-GIA公司;信号-CF;ProtIdent公司;Memtype-2L型;位置传感器;欧盟-mPLoc;HIV清除
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\textit｛W.Huang｝等人，J.Theor。生物学265，第3期，323--328（2010；Zbl 1460.92156）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Bafna，V.、Muthukrishnan，S.、Ravi，R.，1995年。RNA字符串之间的计算机相似性。摘自：第六届组合模式匹配研讨会论文集。CPM-95，第1-16页。；Bafna，V.、Muthukrishnan，S.、Ravi，R.，1995年。RNA字符串之间的计算机相似性。摘自：第六届组合模式匹配研讨会论文集。CPM-95，第1-16页。
[2] Bai，F。；Wang，T.M.，《蛋白质序列的图形和数字表示》，J.Biomol。结构。动态。，23, 537-545 (2006)
[3] Bai，F.L.，2006年。博士论文。大连理工大学。；Bai，F.L.，2006年。博士论文。大连理工大学。
[4] Chen，W.Y。；Liao，B。；Liu，Y.S。；朱伟。；Su，Z.Z.，DNA序列的数值表示及其应用，MATCH Commun。数学。计算。化学。，60, 2, 291-300 (2008) ·Zbl 1189.92017年9月
[5] 陈，C。；Chen，L。；邹，X。；Cai，P.，利用周氏伪氨基酸组成概念和支持向量机预测蛋白质二级结构含量，protein Pept。莱特。，16, 27-31 (2009)
[6] Chou，K.C.，预测蛋白质中HIV蛋白酶裂解位点的矢量化序列耦合模型，J.Biol。化学。，268, 16938-16948 (1993)
[7] Chou，K.C.，预测（20-1）-D氨基酸组成空间中蛋白质结构类的新方法，蛋白质结构。功能。遗传学。，21, 319-344 (1995)
[8] Chou，K.C.，《综述：蛋白质中HIV蛋白酶裂解位点的预测》，《分析》。生物化学。，233, 1-14 (1996)
[9] Chou，K.C.，α-回转类型的预测和分类，生物聚合物，42，837-853（1997）
[10] Chou，K.C。；琼斯，D。；Heinrikson，R.L.，caspase-8三级结构和底物结合位点的预测，FEBS Lett。，419, 49-54 (1997)
[11] Chou，K.C.，《综述：预测蛋白质中的急转弯及其类型》，《分析》。生物化学。，286, 1-16 (2000)
[12] Chou，K.C.，使用伪氨基酸成分预测蛋白质细胞属性，蛋白质结构。功能。基因。，43, 246-255 (2001)
[13] Chou，K.C.，使用伪氨基酸成分预测蛋白质细胞属性，蛋白质结构。功能。遗传学。，44、60（2001），（勘误表）
[14] Chou，K.C。；Cai，Y.D.，通过伪氨基酸组成预测蛋白质四元结构，蛋白质结构。功能。遗传学。，53, 282-289 (2003)
[15] Chou，K.C.，《模拟α7烟碱乙酰胆碱受体胞外区域3D结构的见解，生物化学》。生物物理学。Res.Commun.公司。，319, 433-438 (2004)
[16] Chou，K.C.，GABA-A受体胞外结构域建模：亚型1、2、3和5，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，316, 636-642 (2004)
[17] Chou，K.C.，《综述：结构生物信息学及其对生物医学科学的影响》，《现代医学化学》。，11, 2105-2134 (2004)
[18] Chou，K.C。；Cai，Y.D.，通过功能结构域组成预测蛋白质结构类别，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，321, 1007-1009 (2004)
[19] Chou，K.C。；Cai，Y.D.，通过功能域组成预测蛋白质结构类别，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，329, 1362 (2005)
[20] Chou，K.C.，G蛋白偶联受体类别的预测，《蛋白质组研究》，第4期，1413-1418页（2005年）
[21] Chou，K.C。；沈海斌，《综述：蛋白质亚细胞定位预测的最新进展》，《分析》。生物化学。，370, 1-16 (2007)
[22] Chou，K.C。；Shen，H.B.，Euk-mPLoc:通过合并多个位点进行大规模真核蛋白亚细胞定位预测的融合分类器，《蛋白质组研究》，第6期，1728-1734页（2007年）
[23] Chou，K.C。；Shen，H.B.，Signal-CF：预测信号肽的亚组偶联和窗口融合方法，《生物化学》。生物物理学。Res.Commun.公司。，357, 633-640 (2007)
[24] Chou，K.C。；Shen，H.B.，MemType-2L：通过Pse-PSSM和Biochem结合进化信息预测膜蛋白及其类型的Web服务器。生物物理学。Res.Commun.公司。，360, 339-345 (2007)
[25] Chou，K.C。；Shen，H.B.，ProtIdent:通过融合功能域和序列进化信息来识别蛋白酶及其类型的web服务器，Biochem。生物物理学。Res.Commun.公司。，376, 321-325 (2008)
[26] Chou，K.C。；Shen，H.B.，Cell-PLoc:预测各种生物体中蛋白质亚细胞定位的网络服务器包，《国家协议》，3153-162（2008）
[27] Chou，K.C。；Shen，H.B.，《评论：开发用于预测蛋白质属性的网络服务器的最新进展》，《自然科学》。，2，63-92（2009），（可在（语言）上公开访问）http://www.scirp.org/journal/NS/\（范围）
[28] Chou，K.C。；Shen，H.B.，FoldRate:一个从一级序列预测蛋白质折叠速率的网络服务器，《开放生物信息学杂志》，3，31-50（2009），（可在\（\langle\）上公开访问）http://www.bentham.org/open/tobioij/\（范围）
[29] Chou，K.C.，《伪氨基酸组成及其在生物信息学、蛋白质组学和系统生物学中的应用》，Curr。蛋白质组学，6262-274（2009）
[30] Corpet，F。；Michot，B.，《RNAlign程序：使用一级和二级结构对齐RNA序列》，计算。申请。生物科学。，10, 389-399 (1995)
[31] 杜卢克，S。；Tichit，L.，RNA二级结构比较：Zhang-Shasha树编辑算法的精确分析，Theor。计算。科学。，306, 471-484 (2003) ·兹比尔1060.68027
[32] Georgiou，D.N。；卡拉卡西迪斯，T.E。；尼托·J·J。；Torres，A.，《使用模糊聚类技术和矩阵对氨基酸进行分类及其对周氏伪氨基酸组成的影响》，J.Theor。生物学，257，17-26（2009）·Zbl 1400.92393号
[33] 郭毅。；Wang，T.M.，分析DNA序列相似性的新方法，J.Mol.Struc。（THEOCHEM），853，62-67（2008）
[34] Hofacker，I.L。；伯恩哈特，S.H.F。；Stadler，P.F.，RNA碱基配对概率矩阵的比对，生物信息学，2022222-2227（2004）
[35] 黄，G.H。；Liao，B。；Li，Y.F。；Liu，Z.B.，H-L曲线：DNA序列的新型二维图形表示，化学。物理学。莱特。，462, 1-3, 129-132 (2008)
[36] 黄，G.H。；Liao，B。；Li，Y.F.，基于新2D图形表示法的DNA序列相似性研究，生物物理学。化学。，143, 55-59 (2009)
[37] 蒋，X。；Wei，R。；张，T.L。；Gu，Q.，使用Chou的伪氨基酸组成概念预测凋亡蛋白的亚细胞位置：一种近似熵方法，Protein Pept。莱特。，15, 392-396 (2008)
[38] Kedarisetti，K.D。；洛杉矶库根。；Dick，S.，《不同同源性蛋白质结构类预测的分类器集成》，《生物化学》。生物物理学。Res.Commun.公司。，348, 981-988 (2006)
[39] 李，F.M。；Li，Q.Z.，使用周的伪氨基酸组成和改进的杂交方法预测蛋白质亚细胞位置，protein Pept。莱特。，15, 612-616 (2008)
[40] Liao，B。；Wang，T.M.，《RNA二级结构的3D图形表示》，J.Biomol。结构。动态。，21, 827-832 (2004)
[41] Liao，B。；丁克强。；Wang，T.M.，《关于RNA二级结构的六维表示》，J.Biomol。结构。动态。，22, 381-492 (2005)
[42] Liao，B。；朱伟。；Liu，Y.，无简并DNA序列的三维图形表示及其在构建系统发育树中的应用，MATCH Commun。数学。计算。化学。，56, 209-216 (2006) ·Zbl 1150.92324号
[43] Liao，B。；Shan，X.Z。；朱伟。；Li，R.F.，基于2D图形表示的系统发育树构建，化学。物理学。莱特。，422, 1-3, 282-288 (2006)
[44] Liao，B。；Liu，Y.S。；李，R.F。；Zhu，W.，基于核酸碱基三联体的冠状病毒系统发育，化学。物理学。莱特。，421, 313-318 (2006)
[45] Liao，B。；Xiang，X.Y。；朱伟，基于DNA序列二维图形表示的冠状病毒系统发育，J.Compute。化学。，27, 11, 1196-1202 (2006)
[46] Liao，B。；罗，J.W。；李，R.F。；朱伟，蛋白质组分析的新方法，国际量子化学杂志。，107, 6, 1295-1300 (2007)
[47] Liao，B。；曾，Z。；Li，F.Q.（李福奎）。；Tang，Y.，基于双核苷酸的DNA序列相似性/差异性分析，MATCH Commun。数学。计算。化学。，59, 3, 647-652 (2008) ·Zbl 1270.92015年
[48] Liao，B。；廖立杰。；Yue，G.X。；Wu，R.H。；Zhu，W.，构建系统发育树的垂直和水平方法，MATCH Commun。数学。计算。化学。，691-700 (2010)
[49] Lin，W.Z。；Xiao，X。；Chou，K.C.，GPCR-GIA：通过灰色关联分析识别G蛋白偶联受体及其家族的网络服务器，protein Eng.Des。选择。，22, 699-705 (2009)
[50] Lin，H.，利用周氏伪氨基酸组成预测外膜蛋白的改良马氏判别式，J.Theor。《生物学》，252350-356（2008）·Zbl 1398.92076号
[51] Lin，H。；丁·H。；郭凤彪，F.B。；张亚勇。；黄，J.，利用周氏伪氨基酸组成预测分枝杆菌蛋白质的亚细胞定位，蛋白质Pept。莱特。，15, 739-744 (2008)
[52] Lin，H。；Wang，H。；丁·H。；Chen，Y.L。；李庆中，利用周氏伪氨基酸成分预测凋亡蛋白的亚细胞定位，生物学报。，57, 321-330 (2009)
[53] 刘，Z.B。；Liao，B。；朱伟。；Huang，G.H.，基于双核苷酸的DNA序列二维图形表示及其应用，国际量子化学杂志。，109, 5, 948-958 (2009)
[54] Pham，T.D。；Zuegg，J.，《无比对序列比较的概率测度》，生物信息学，203455-3461（2004）
[55] 邱建德。；Huang，J.H.（黄建海）。；Liang，R.P。；Lu，X.Q.，基于Chou伪氨基酸组成概念的G蛋白偶联受体类别预测：基于离散小波变换的方法，Ana。生物化学。，390, 68-73 (2009)
[56] Randic，M。；弗拉科，M。；南迪，A。；Basak，S.C.，《DNA初级序列的三维图形表示及其数值表征》，J.Chem。Inf.计算。科学。，371, 202-207 (2003)
[57] Randic，M.，《基于氨基酸物理化学性质的蛋白质二维图形表示》，《化学》。物理学。莱特。，440, 291-295 (2007)
[58] Shen，H.B。；Chou，K.C.，EzyPred:一种自上而下的预测酶功能类别和亚类的方法，Biochem。生物物理学。Res.Commun.公司。，364, 53-59 (2007)
[59] Shen，H.B。；Chou，K.C.，HIVcleave：预测蛋白质中HIV蛋白酶裂解位点的网络服务器，Ana。生物化学。，375, 388-390 (2008)
[60] Shen，H.B。；Song，J.N。；Chou，K.C.，通过融合多个序列特征从一级序列预测蛋白质折叠速率，J.Biomed。科学。Eng.（JBiSE），2136-143（2009），（可在（语言）上公开访问）http://www.srpublishing.org/journal/jbise/\（范围）
[61] Vinga，S。；Almeida，J.，《无对齐序列比较综述》，生物信息学，19513-523（2003）
[62] Wang，W.P。；Liao，B。；王天明，构建系统发育树的图解法，国际量子化学。，106, 9 (2006)
[63] Wang，J.F。；魏德清。；李，L。；郑世勇。；李玉霞。；Chou，K.C.，细胞色素P450 2C19的三维结构建模及其对个性化药物设计的影响，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，355, 513-519 (2007)
[64] Wang，J.F。；魏德清。；李，L。；郑世勇。；李玉霞。；Chou，K.C.，细胞色素P450 2C19的三维结构建模及其对个性化药物设计的影响，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，357330（2007），（勘误表）
[65] 王世清。；杜青山。；Chou，K.C.，从神经氨酸酶的同源模型3D结构研究鸡甲型流感病毒（H5N1）的耐药性，生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。，354, 634-640 (2007)
[66] Xiao，X。；邵，S。；丁，Y。；Huang，Z。；黄，Y。；Chou，K.C.，使用复杂性度量因子预测蛋白质亚细胞位置，《氨基酸》，28，57-61（2005）
[67] Xiao，X。；邵世华。；黄，Z.D。；Chou，K.C.，《使用伪氨基酸组成预测蛋白质结构类别：用复杂性度量因子进行探讨》，J.Compute。化学。，27, 478-482 (2006)
[68] Xiao，X。；Shao，S.H。；丁Y.S。；黄，Z.D。；Chou，K.C.，使用细胞自动机图像和伪氨基酸组成预测蛋白质亚细胞位置，《氨基酸》，30，49-54（2006）
[69] Xiao，X。；王，P。；Chou，K.C.，用伪氨基酸组成预测蛋白质结构类：使用细胞自动机图像几何矩的方法，J.Theor。生物学，254，691-696（2008）·Zbl 1400.92416号
[70] Xiao，X。；Lin，W.Z。；Chou，K.C.，《使用灰色动态模型和伪氨基酸组成预测蛋白质结构类别》，J.Compute。化学。，29, 2018-2024 (2008)
[71] Xiao，X。；王，P。；Chou，K.C.，GPCR-CA：预测G蛋白偶联受体功能类的细胞自动机图像方法，J.Compute。化学。，30, 1414-1423 (2009)
[72] Xiao，X。；王，P。；Chou，K.C.，通过杂交功能域组成和伪氨基酸组成预测蛋白质四元结构属性，J.Appl。结晶器。，42, 169-173 (2009)
[73] Xie，J.J.，Liu，C.P.，2005年。模糊理论的方法和应用。华中科技大学出版社，湖北武汉；Xie，J.J.，Liu，C.P.，2005年。模糊理论的方法和应用。华中科技大学出版社，湖北武汉
[74] Yao，Y.H。；Nan，X.Y。；Wang，T.M.，《RNA二级结构的二维图形表示及其相似性/差异性分析》，J.Mol.Struc。Theochem.、。，755, 131-136 (2005)
[75] Yao，Y.H。；Nan，X.Y。；Wang，T.M.，RNA二级结构的一类二维图形表示及其相似性分析，J.Compute。化学。，26, 1339-1346 (2005)
[76] Yao，Y.H。；戴，Q。；楠，X.Y。；何，P.A。；聂振明。；周，S.P。；Zhang，Y.Z.，基于一类二维图形表示的DNA序列相似性/差异性分析，J.Compute。化学。，29, 1632-1639 (2008)
[77] Yao，Y.H。；戴，Q。；李，C。；何，P.A。；聂振明。；周，S.P。；张义忠，蛋白质序列的相似性/差异性分析，蛋白质，73864-871（2008）
[78] 曾Y.H。；郭义忠。；肖瑞秋。；Yang，L。；Yu，L.Z。；Li，M.L.，使用增强的Chou伪氨基酸组成基于自协方差方法预测蛋白质亚线粒体位置，J.Theor。生物学，259366-372（2009）·Zbl 1402.92193号
[79] 张国勇。；Li，H.C。；Fang，B.S.，《通过改进的Chou伪氨基酸组成预测脂肪酶类型》，Protein Pept。莱特。，15, 1132-1137 (2008)
[80] 朱伟。；Liao，B。；罗，J.W。；Li，R.F.，神经细胞基因的数值表征和相似性分析，MATCH Commun。数学。计算。化学。，57, 1, 143-155 (2007) ·Zbl 1150.92004年
[81] 朱伟。；Liao，B。；丁克强，RNA二级结构的浓缩三维图形表示，J.Mol.Struc。Theochem.、。，757, 193-198 (2005)
[82] 朱伟。；Liao，B。；Li，Y.F.，基于相异矩阵构建系统发育树的新方法，MATCH Commun。数学。计算。化学。，483-492 (2010)
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