尼古拉斯·贝尔 复合重写系统的痕迹和痕迹分析。 （英语） 兹比尔07453970 Baez，John（ed.）等人，《2019年应用范畴理论学报》，ACT 2019，英国牛津大学，2019年7月15日至19日。滑铁卢：开放出版协会（OPA）。电子。程序。西奥。计算。科学。（EPTCS）32344-71（2020年）。 摘要：利用最近发现的规则组合的关联性特性，我们将重写系统的经典并发理论扩展到粘着类别上。我们引入了tracelet的概念，它被定义为对重写规则的序列组成进行通用编码的最小派生跟踪。痕迹是复合的，它捕获了传统派生痕迹等价类的因果关系，并从本质上为痕迹的各种抽象概念的定义提供了一个清晰的数学框架。我们通过引入tracelet分析框架的第一个原型来说明这些特性，作为一个关键应用程序，该框架允许制定第一种算法，用于静态生成具有指定终端事件的最小派生轨迹。关于整个系列，请参见[Zbl 1466.68006号]. 引用于4文件 理学硕士： 68倍 计算机科学 2018年XX月18日 范畴理论；同调代数 软件：MedOlDatschgerl公司;生物净发电 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.Behr}，电子。程序。西奥。计算。科学。（EPTCS）323、44--71（2020；Zbl 07453970） 全文： arXiv公司 链接 参考文献： [1] Jakob L Andersen、Christoph Flamm、Daniel Merkle和Peter F Stadler（2013）：利用图文法中的规则组合推断化学反应模式。《系统化学杂志》4（1），第4页，doi:10.1186/1759-2208-4-4·doi:10.1186/1759-2208-4-4 [2] Jakob L.Andersen、Christoph Flamm、Daniel Merkle和Peter F.Stadler（2016）：化学启发图形转换的软件包。收录：《图形转换》，斯普林格国际出版公司，第73-88页，doi:10.1007/978-3-319-40530-8 5·Zbl 1344.68105号 ·doi:10.1007/978-3-319-40530-85 [3] Jakob L.Andersen、Christoph Flamm、Daniel Merkle和Peter F.Stadler（2019年）：化学转化母题-将路径建模为整数超流。IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊16（2），第510-523页，doi:10.1109/tcb.2017.2781724·doi:10.10109/tcbb.2017.2781724 [4] Jakob Lykke Andersen、Rolf Fagerberg、Christoph Flamm、Rojin Kianian、Daniel Merkle和Peter F Stadler（2018）：使用图形变换实现质谱的机械预测。MATCH通信。数学。计算。《化学80》，第705-731页·Zbl 1468.92063号 [5] 雅各布·莱克·安徒生（Jakob Lykke Andersen）、克里斯托夫·弗拉姆（Christoph Flamm）、丹尼尔·默克尔（Daniel Merkle）和彼得·斯塔德勒（Peter F.Stadler）（2014）：《规则构成的50种阴影》。摘自：《宏观生物学中的形式方法》，斯普林格国际出版公司，第117-135页，doi:10.1007/978-3-319-10398-39·Zbl 1402.92166号 ·doi:10.1007/978-3-319-10398-39 [6] Jakob Lykke Andersen、Christoph Flamm、Daniel Merkle和Peter F Stadler（2018）：化学反应图形转换模型中的规则构成。MATCH通信。数学。计算。《化学》80（661-704），第45页·兹比尔1468.05289 [7] Paolo Baldan（2000）：并发计算建模：从上下文Petri网到图形语法。比萨大学博士论文。 [8] 保罗·巴尔丹（Paolo Baldan）、安德烈亚·科拉迪尼（Andrea Corradini）、托比亚斯·海因德尔（Tobias Heindel）、芭芭拉·科尼格（Barbara König）和保罗·索博辛斯基（PawełSobocienski）（2006年）：《粘合剂改写系统的。计算机科学课堂讲稿，第202-216页，doi:10.1007/11690634 14·兹比尔1180.68165 ·doi:10.1007/11690634_14 [9] 保罗·巴尔丹（Paolo Baldan）、安德烈亚·科拉迪尼（Andrea Corradini）、托比亚斯·海因德尔（Tobias Heindel）、芭芭拉·科尼格（Barbara König）和保罗·索波辛斯基（PawełSobocienski）（2009）：《粘着类别中的展开语法。计算机科学课堂讲稿，第350-366页，doi:10.1007/978-3642-03741-2 24·Zbl 1239.68036号 ·doi:10.1007/978-3642-03741-224 [10] 保罗·巴尔丹（Paolo Baldan）、安德烈亚·科拉迪尼（Andrea Corradini）、托比亚斯·海因德尔（Tobias Heindel）、芭芭拉·科尼格（Barbara König）和保罗·索博辛斯基（PawełSobocin nski）（2014）：过程和展开：粘合类别中的并发计算。计算机科学中的数学结构24（04），doi:10.1017/s096012951200031x·Zbl 1342.68223号 ·doi:10.1017/s096012951200031x [11] 保罗·巴尔丹（Paolo Baldan）、安德烈亚·科拉迪尼（Andrea Corradini）和乌戈·蒙塔纳里（Ugo Montanari）（1998）：可连接的图形过程：关联的过程和派生痕迹。计算机科学课堂讲稿，第283-295页，doi:10.1007/bfb0055061·doi:10.1007/bfb0055061 [12] 保罗·巴尔丹（Paolo Baldan）、安德烈亚·科拉迪尼（Andrea Corradini）和乌戈·蒙塔纳里（Ugo Montanari）（2000）：双推图形语法的展开是一个核心选集。摘自：《图形变换的理论与应用》，斯普林格-柏林-海德堡，第145-163页，doi:10.1007/978-3-540-464-8 11·Zbl 0958.68081号 ·doi:10.1007/978-3-540-46464-8_11 [13] Paolo Baldan、Andrea Corradini、Ugo Montanari和Leila Ribeiro（2007）：图变换的展开语义。信息与计算205（5），第733-782页，doi:10.1016/j.ic.2006.11.004·Zbl 1115.68093号 ·doi:10.1016/j.ic.2006.11.004 [14] Paolo Baldan、Andrea Corradini、Ugo Montanari、Francesca Rossi、Hartmut Ehrig和Michael Löwe（1999）：代数图形变换的并发语义。《图形语法和图形转换计算手册》，第107-187页，doi:10.1142/9789812814951 0003·兹比尔0951.68049 ·doi:10.1142/9789812814951_0003 [15] Wolfgang Banzhaf、Christoph Flamm、Daniel Merkle和Peter F.Stadler（2015）：算法化学信息学（Dagstuhl研讨会14452）。Dagstuhl Reports 4（11），第22-39页，doi:10.4230/DagRep.4.11.22·doi:10.4230/DagRep.4.11.22 [16] Nicolas Behr（2019）：《Sesqui-Pushout重写：并发性、关联性和规则代数框架》。Rachid Echahed和Detlef Plump主编：荷兰埃因霍温第十届图形计算模型国际研讨会（GCM 2019）论文集，理论计算机科学电子论文集309，开放出版协会，第23-52页，doi:10.4204/eptcs.309.2·Zbl 07453087号 ·doi:10.4204/eptcs.309.2 [17] Nicolas Behr、Vincent Danos和Ilias Garnier（2016）：图重写的随机力学。在：第31届ACM/IEEE计算机科学逻辑年度研讨会论文集-LICS’16，ACM出版社，doi:10.145/2933575.2934537·Zbl 1401.68132号 ·doi:10.1145/2933575.2934537 [18] 尼古拉斯·贝尔（Nicolas Behr）和让·克里文（Jean Krivine）（2019）：有条件重写规则的构成。arXiv预印本1904.09322。 [19] Nicolas Behr和Pawel-Sobocinski（2018）：粘合类别的规则代数。Dan Ghica和Achim Jung主编：第27届EACSL计算机科学逻辑年会（CSL 2018），Leibniz International Proceedings In Informatics（LIPIcs）119，Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer Informatik，Dagstull，Germany，pp.11:1:1:21，doi:10.4230/LIPIcs。CSL.2018.11号文件·Zbl 1528.68154号 ·doi:10.4230/LIPIcs。CSL.2018.11号文件 [20] Gil Benkö，Christoph Flamm和Peter F.Stadler（2003）：基于图形的化学玩具模型。《化学信息与计算机科学杂志》43（4），第1085-1093页，doi:10.1021/ci0200570·doi:10.1021/ci0200570 [21] M.L.Blinov、J.R.Faeder、B.Goldstein和W.S.Hlavacek（2004）：BioNetGen：基于分子域相互作用的信号转导规则建模软件。生物信息学20（17），第3289-3291页，doi:10.1093/Bioinformatics/bth378·doi:10.1093/bioinformatics/bth378 [22] 保罗·博姆（Paul Boehm）、哈拉尔德·雷托·福尼奥（Harald-Reto Fonio）和安妮格丽特·哈贝尔（Annegret Habel）（1987）：图形变换的合并：一种同化机制。《计算机与系统科学杂志》34（2-3），第377-408页，doi:10.1016/0022-0000（87）90030-4·Zbl 0618.68060号 ·doi:10.1016/0022-0000（87）90030-4 [23] Pierre Boutillier、Mutaamba Maasha、Xing Li、Héctor F Medina-Abarca、Jean Krivine、Jéróme Feret、Ioana Cristescu、Angus G Forbes和Walter Fontana（2018）：基于规则建模的Kappa平台。生物信息学34（13），第i583-i592页，doi:10.1093/bioinformatics/bty272·doi:10.1093/bioinformatics/bty272 [24] Benjamin Braatz、Hartmut Ehrig、Karsten Gabriel和Ulrike Golas（2010）：Finitary M-粘合剂类别。计算机科学课堂讲稿，第234-249页，doi:10.1007/978-3-642-15928-2 16·Zbl 1306.68121号 ·doi:10.1007/978-3-642-15928-216 [25] A.Corradini，H.Ehrig，M.Löwe，U.Montanari&F.Rossi（1994）：双重推出方法中的抽象图推导。在：《计算机科学中的图变换》，施普林格-柏林-海德堡，第86-103页，doi:10.1007/3-540-57787-4 6·Zbl 1494.68104号 ·doi:10.1007/3-540-57787-46 [26] Andrea Corradini、Tobias Heindel、Frank Hermann和Barbara König（2006）：《Sesqui-Pushout改写》。摘自：《计算机科学讲义》，斯普林格-柏林-海德堡，第30-45页，doi:10.1007/11841883 4·Zbl 1156.68423号 ·doi:10.1007/11841883_4 [27] Vincent Danos、Jerome Feret、Walter Fontana、Russell Harmer、Jonathan Hayman、Jean Krivine、Chris Thompson Walsh和Glynn Winskel（2012）：基于规则的模型的图形、重写和路径重建。在Deepak D’Souza、Telikepalli Kavitha和Jaikumar Radhakrishnan，编辑：IARCS软件技术和理论计算机科学基础年度会议（FSTTCS 2012），Leibniz International Proceedings In Informatics（LIPIcs）18，Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer Informatik，Dagstull，Germany，第276-288页，doi:10.4230/LIPIcs。《金融时报》.2012.276·Zbl 1354.68193号 ·doi:10.4230/LIPIcs。FSTTCS.2012.276年 [28] Vincent Danos、Jéróme Feret、Walter Fontana、Russell Harmer和Jean Krivine（2007）：基于规则的细胞信号建模。计算机科学课堂讲稿，第17-41页，doi:10.1007/978-3-540-74407-8 3·Zbl 1151.68723号 ·doi:10.1007/978-3-540-74407-8_3 [29] Vincent Danos、Jérôme Feret、Walter Fontana、Russell Harmer和Jean Krivine（2008）：基于规则的建模、对称性和精化。Jasmin Fisher主编：《系统生物学中的形式方法》，斯普林格-柏林-海德堡，柏林，海德堡出版社，第103-122页，doi:10.1007/978-3-540-68413-8 8·Zbl 1348.92070号 ·doi:10.1007/978-3-540-68413-88 [30] Vincent Danos、Jéróme Feret、Walter Fontana、Russell Harmer和Jean Krivine（2010）：抽象基于规则模型的不同语义：精确和自动模型简化。摘自：第25届IEEE计算机科学逻辑年会（LICS 2010），IEEE，第362-381页，doi:10.1109/LICS.2010.44·doi:10.1109/LICS.2010.44 [31] Vincent Danos、Jéróme Feret、Walter Fontana和Jean Krivine（2007）：细胞信号网络的可扩展模拟。计算机科学课堂讲稿，第139-157页，doi:10.1007/978-3-540-76637-7 10·Zbl 1151.68723号 ·doi:10.1007/978-3-540-76637-7_10 [32] Vincent Danos、Jéróme Feret、Walter Fontana和Jean Krivine（2008）：细胞信号网络的抽象解释。计算机科学课堂讲稿，第83-97页，doi:10.1007/978-3-540-78163-9 11·Zbl 1138.68650号 ·doi:10.1007/978-3-540-78163-9_11 [33] Vincent Danos和Cosimo Laneve（2003）：核心形式分子生物学。计算机科学课堂讲稿，第302-318页，doi:10.1007/3-540-36575-3 21·Zbl 1033.92013年 ·doi:10.1007/3-540-36575-3_21 [34] Vincent Danos和Cosimo Laneve（2003）：核心分子生物学图表。计算机科学课堂讲稿，第34-46页，doi:10.1007/3-540-36481-1 4·Zbl 1053.92021号 ·doi:10.1007/3-540-36481-14 [35] Vincent Danos和Cosimo Laneve（2004）：正式分子生物学。理论计算机科学325（1），第69-110页，doi:10.1016/j.tcs.2004.03.065·Zbl 1071.68041号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.065 [36] H.Ehrig、K.Ehrig和U.Prange&G.Taentzer（2006）：代数图变换的基础。理论计算机科学专著（EATCS系列），doi:10.1007/3-540-31188-2·Zbl 1095.68047号 ·doi:10.1007/3-540-31188-2 [37] Hartmut Ehrig、Gregor Engels、Hans-Jörg Kreowski和Grzegorz Rozenberg（1997）：《图形语法和图形变换计算手册》。1-3，世界科学，doi:10.1142/3303·兹比尔0908.68095 ·数字对象标识代码：10.1142/3303 [38] Hartmut Ehrig、Ulrike Golas、Annegret Habel、Leen Lambers和Fernando Orejas（2014）：具有嵌套应用条件的M-粘合剂转化系统。第1部分：并行、并发和合并。计算机科学中的数学结构24（04），doi:10.1017/s0960129512000357·兹比尔1342.68176 ·doi:10.1017/s0960129512000357 [39] Rolf Fagerberg、Christoph Flamm、Rojin Kianian、Daniel Merkle和Peter F.Stadler（2018）：寻找最佳合成方案。化学信息学杂志10（1），doi:10.1186/s13321-018-0273-z·doi:10.1186/s13321-018-0273-z [40] Ulrike Golas、Hartmut Ehrig和Annegret Habel（2010年）：胶粘剂类别中的多重错位。计算机科学笔记，第346-361页，doi:10.1007/978-3642-15928-23·Zbl 1306.68071号 ·doi:10.1007/978-3-642-15928-223 [41] Ulrike Golas、Annegret Habel和Hartmut Ehrig（2014）：M粘合剂类别中应用条件规则的多重错位。计算机科学中的数学结构24（04），doi:10.1017/s0960129512000345·Zbl 1342.68178号 ·doi:10.1017/s0960129512000345 [42] Annegret Habel和Karl-Heinz Pennemann（2009）：与嵌套条件相关的高级转换系统的正确性。《计算机科学中的数学结构》19（02），第245页，doi:10.1017/s0960129508007202·Zbl 1168.68022号 ·doi:10.1017/s0960129508007202 [43] Leonard A.Harris、Justin S.Hogg、José-Juan Tapia、John A.P.Sekar、Sanjana Gupta、Ilya Korsunsky、Arshi Arora、Dipak Barua、Robert P.Sheehan和James R.Faeder（2016）：BioNetGen 2.2：基于规则建模的进展。生物信息学32（21），第3366-3368页，doi:10.1093/Bioinformatics/btw469·doi:10.1093/bioinformatics/btw469 [44] Hans-Jörg Kreowski（1987）：并行已经是并发了吗？第1部分：图文法中的派生词。摘自：《计算机科学讲义》，施普林格-柏林-海德堡，第343-360页，doi:10.1007/3-540-18771-563·兹比尔0643.68023 ·doi:10.1007/3-540-18771-563 [45] Stephen Lack和PawełSobocien ski（2005）：粘合剂和准粘合剂类别。RAIRO——理论信息学与应用39（3），第511-545页，doi:10.1051/ita:2005028·Zbl 1078.18010号 ·doi:10.1051/ita:2005028 [46] Karl-Heinz-Penemann（2008）：高层条件的类分辨率定理证明。计算机科学课堂讲稿，第289-304页，doi:10.1007/978-3-540-87405-8 20·Zbl 1175.03008号 ·doi:10.1007/978-3-540-87405-8_20 [47] Grzegorz-Rozenberg（1997）：《图形语法和图形变换计算手册》，第1卷：基础。世界科学，doi:10.1142/9789812384720·Zbl 0908.68095号 ·数字对象标识代码：10.1142/9789812384720 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。