×

小角度X射线散射实验中径向平均值的自协方差结构。 (英语) Zbl 1281.62133号

小结:小角度X射线散射(SAXS)是一种获取生物大分子低分辨率结构信息的技术,方法是将稀释溶液暴露在高强度X射线束下,并在二维探测器上捕获散射图案。通过径向平均,即通过探测器平面上的环空平均,将二维图案简化为一维曲线。随后的结构分析依赖于这些一维数据。本文回顾了SAXS技术,并研究了探测器平面和径向平均值中的自相关结构。在一系列实验条件和分子类型中,检测器平面中存在空间自相关,并由平稳核卷积模型很好地描述。径向平均值对应的自相关结构是非平稳的。讨论了自相关结构对推断大分子结构的意义。

MSC公司:

62H11型 定向数据;空间统计学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
62M40型 随机字段;图像分析

软件:

西特斯
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部 链接

参考文献:

[1] 布罗克韦尔,《时间序列:理论和方法》(1991年)·Zbl 0709.62080号 ·数字对象标识代码:10.1007/978-1-4419-0320-4
[2] 康托,生物物理化学,第二部分:生物结构和功能研究技术(1980)
[3] Carlstein,《使用子序列值估计平稳序列的一般统计方差》,《统计年鉴》14(3)第1171页–(1986)·Zbl 0602.62029号 ·doi:10.1214/aos/1176350057
[4] 戴尔,《酶学方法》,第23页–(2004)
[5] 费金,小角度X射线和中子散射结构分析(1987)·doi:10.1007/978-1-4757-6624-0
[6] 吉尼亚,X射线的小角度散射(1955)
[7] H.G.S.C.国际,完成人类基因组的常染色序列,《自然》431(7011)第931页–(2004)·doi:10.1038/nature03001
[8] 霍尔,重新抽样覆盖模式,随机过程及其应用20(2)pp 231–(1985)·Zbl 0587.62081号 ·doi:10.1016/0304-4149(85)90212-1
[9] Hansen,溶液中染色质纤维的构象动力学:决定因素、机制和功能,《生物物理和生物分子结构年鉴》31,第361页–(2002年)·doi:10.1146/annurev.biophys.31.101101.140858年
[10] 希格顿,《当前环境问题的定量方法》,第37页–(2002年)·doi:10.1007/978-1-4471-0657-9_2
[11] 希格顿,《贝叶斯统计》,第6页,761页——(1998年)
[12] Humphrey,VMD:可视分子动力学,《分子图形学杂志》14(1),第33页–(1996)·doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5
[13] 科纳雷夫,PRIMUS:基于Windows-PC的小角度散射数据分析系统,《应用晶体学杂志》36页1277–(2003)·doi:10.1010/S0021889803012779
[14] Kozin,高分辨率和低分辨率结构模型的自动匹配,《应用晶体学杂志》34第33页–(2001)·doi:10.1107/S0021889800014126
[15] 昆施,一般平稳观测的折刀和自举,《统计年鉴》17(3),第1217页–(1989)·Zbl 0684.62035号 ·doi:10.1214/aos/1176347265
[16] Lilyestrom,人类PARP-1与受损DNA复合物的结构和生物物理研究,分子生物学杂志395(5),第983页–(2010)·doi:10.1016/j.jmb.2009.11.062
[17] Lowary,组蛋白八聚体高亲和力结合的新DNA序列规则和序列定向核小体定位,《分子生物学杂志》276(1),第19页–(1998)·文件编号:10.1006/jmbi.1997.1494
[18] 卢格,核小体和染色质纤维动力学,结构生物学最新观点15,第188页–(2005)·doi:10.1016/j.sbi.2005.03.006
[19] 卢格,2.8A分辨率下核小体核心粒子的晶体结构,《自然》389(6648)第251页–(1997)·doi:10.1038/38444
[20] 尼基蒂娜,MeCP2-染色质相互作用包括色素体结构的形成,并在导致Rett综合征的突变中发生改变,《生物化学杂志》282页28237–(2007)·doi:10.1074/jbc。M704304200型
[21] Politis,bootstrap方法对时间序列分析的影响,《统计科学》18(2),第219页–(2003)·Zbl 1332.62340号 ·数字对象标识代码:10.1214/ss/1063994977
[22] 多孔小角度X射线散射第17页–(1982)
[23] 普特南,X射线溶液散射(SAXS)与结晶学和计算相结合:定义溶液中准确的大分子结构、构象和组装,《生物物理季刊》40(3),第191页–(2007)·doi:10.1017/S0033583507004635
[24] Semenyuk,GNOM-小角度散射数据处理的程序包,《应用晶体学杂志》24页537–(1991)·doi:10.1107/S002188989100081X
[25] Svergun,使用感知标准确定间接变换方法中的正则化参数,《应用晶体学杂志》25 pp 495–(1992)·doi:10.1107/S0021889892001663
[26] Svergun,使用模拟退火从溶液散射中恢复生物大分子的低分辨率结构,生物物理杂志76(6),第2879页–(1999)·doi:10.1016/S0006-3495(99)77443-6
[27] Svergun,溶液中生物大分子的小角度散射研究,物理学进展报告66(10),第1735页–(2003)·doi:10.1088/0034-4885/66/10/R05
[28] Svergun,CRYSOL:从原子坐标评估生物大分子X射线溶液散射的程序,应用晶体学杂志28页768–(1995)·doi:10.1107/S0021889895007047
[29] Thomas,组蛋白H1:位置和作用,《细胞生物学的当前观点》11(3),第312页–(1999)·doi:10.1016/S0955-0674(99)80042-8
[30] Volkov,小角度散射中从头算形状测定的唯一性,应用晶体学杂志36页860–(2003)·doi:10.1107/S0021889803000268
[31] Walter,使用CCD探测器和同步辐射测定高分辨率大分子结构,结构3(8),第835页–(1993)·doi:10.1016/S0969-2126(01)00218-0
[32] Waterman,CCD面积探测器测量的衍射数据误差估计,应用晶体学杂志43(6),第1356页–(2010)·doi:10.1107/S0021889810033418
[33] Wriggers,《使用Situs从x射线溶液散射的低分辨率珠子模型注册蛋白质结构》,《应用晶体学杂志》34第773页–(2001)·doi:10.1107/S0021889801012869
[34] Wriggers,Situs:一个用于将晶体结构对接到电子显微镜低分辨率地图的软件包,《结构生物学杂志》125第185页–(1999)·doi:10.1006/jsbi.1998.4080
[35] Yang,MeCP2-核小体复合物的生物物理分析和小角度x射线散射衍生结构,《核酸研究》39,第4122页–(2011)·doi:10.1093/nar/gkr005
[36] Zhang,荧光显微镜点扩散函数模型的高斯近似,应用光学46(10)第1819页–(2007)·doi:10.1364/AO.46.001819
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。