Iyaniwura,Sarafa A。;迈克尔·J·沃德。 由体扩散场耦合的二维局部信号隔间:混合极限中的群体感应和同步振荡。 (英语) Zbl 1479.35051号 欧洲应用杂志。数学。 32,第5号,1001-1031(2021). 摘要:我们分析了耦合的偏微分方程(PDE-ODE)系统的振荡不稳定性,该系统模拟了局部空间隔离的动态主动信号隔间之间的通信,这些隔间通过有界2D域中的被动胞外体扩散场进行耦合。假设每个信号室都会将一种化学物质分泌到细胞外介质(体积区域)中,它还可以感应到该化学物质在其边界附近区域的浓度。整个细胞集合产生的大块区域的反馈反过来会修改每个细胞内的细胞内动力学。在信号隔间是公共半径较小的圆盘(varepsilon 1)且体扩散系数渐近较大的极限条件下,使用匹配渐近分析将无量纲PDE-ODE系统简化为具有全局耦合的非线性ODE系统。对于Sel'kov反应动力学,胞内动力学的ODE系统和体扩散场的空间平均值随后用于研究由于全局耦合而触发的细胞动力学中的振荡不稳定性。特别是,使用ODE上的数值分岔软件来研究耦合的整体影响有缺陷的电池(与其余单元格行为不同的单元格)转换为一组相同的单元格。此外,当细胞数量较大时,计算Kuramoto序参数来预测细胞动力学的相位同步程度。还研究了群体感应行为,其特征是随着细胞数量增加到阈值以上,细胞内动力学中出现集体行为。我们的分析表明,细胞群体密度在细胞动力学中起着触发和猝灭同步振荡的双重作用。 MSC公司: 35B25型 偏微分方程背景下的奇异摄动 35B32型 PDE背景下的分歧 35B36型 偏微分方程背景下的模式形成 35K20磅 二阶抛物型方程的初边值问题 92B25型 生物节律和同步 关键词:霍普夫分岔;同步振荡;群体感应;整体扩散;叛逃细胞;Kuramoto顺序参数;全局耦合;PDE-ODE系统 软件:MATLAB ODE套件;代码23;代码113;代码45;XPPAUT公司;奥德15;代码23;Matlab公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.A.Iyaniwura}和\textit{M.J.Ward},Eur.J.Appl。数学。32,第5号,1001--1031(2021;Zbl 1479.35051) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] Asfahl,K.L.&Schuster,M.(2017)细菌细胞信号传递中的社会互动。FEMS微生物。版次41(1),92-107。 [2] Chaplain,M.、Ptashnyk,M.和Sturrock,M.(2015)基因调控网络模型中的Hopf分叉:分子运动导致振荡。数学。国防部。方法。申请。科学25(6),1179-1215·Zbl 1326.92019号 [3] Danö,S.、Madsen,M.F.和Sorensön,P.G.(2007)《酵母细胞同步的定量表征》。程序。美国国家科学院。科学。104(31), 12732-12736. [4] De Monte,S.、D’Ovido,F.、Danö,S.&Sörensen,P.G.(2007)《动态群体感应:细胞动力学中编码的人口密度》。程序。美国国家科学院。科学。104(47), 18377-18381. [5] Dockery,J.D.和Keener,J.P.(2001)铜绿假单胞菌群体感应的数学模型。牛市。数学。《生物学》63(1),95-116·Zbl 1323.92123号 [6] Ermentrout,B.(2002)《模拟、分析和动画动态系统:面向研究人员和学生的XPPAUT指南》(软件、环境和工具)。SIAM出版社。页码:XIV+290·Zbl 1003.68738号 [7] Fujimoto,K.&Sawai,S.(2013)细胞群群体级决策的设计原则。公共科学图书馆计算。生物学9(6),e1003110。 [8] Gao,M.,Zheng,H.,Ren,Y.,Lou,R.,Wu,F.,Yu,X.,Liu,W.&Ma,X.(2016)细菌群体感应中空间分布的关键作用。科学。代表6,34695。 [9] Gou,J.和Ward,M.J.(2016)通过整体扩散耦合的动态活动隔间的二维模型的渐近分析。《非线性科学杂志》26(4),979-1029·兹比尔1439.92024 [10] Gregor,T.、Fujimoto,K.、Masaki,N.和Sawai,S.(2010)《社会阿米巴中集体行为的开始》。《科学》328(5981),1021-1025。 [11] Henson,M.A.、Müller,D.和Reuss,M.(2002)酵母糖酵解振荡的细胞群体建模。生物化学。J.368,433-446。 [12] Kamino,K.、Fujimoto,K.和Sawai,S.(2011)发育中细胞的集体振荡:来自简单系统的见解。发展。增长差异53503-517。 [13] Kuramoto,Y.(1975)耦合非线性振子群的自卷吸。摘自:理论物理数学问题国际研讨会,施普林格,第420-422页·Zbl 0335.34021号 [14] Leaman,E.J.、Geuther,B.Q.和Behkam,B.(2018)细胞内/细胞间动力学在细菌群体感应中作用的定量研究。ACS合成器。生物学7(4),1030-1042。 [15] Li,B.W.,Cao,X.Z.&Fu,C.(2017)通过异质环境间接耦合的空间扩展混沌振荡器种群的群体感应。《非线性科学杂志》27(6),1667-1686·Zbl 1381.34076号 [16] Li,B.W.,Fu,C.,Zhang,H.&Wang,X.(2012)间接耦合混沌振荡器群中的同步和群体感应。物理学。修订版E86(4),046207。 [17] Melke,P.、Sahlin,P.,Levchenko,A.&Jonsson,H.(2010)异质菌群中基于细胞的群体感应模型。公共科学图书馆计算。生物学6(6),e1000819。 [18] Mina,P.、Di Benardo,M.、Savery,N.J.和Tsaneva Atanasova,K.(2012)通讯细菌振荡的出现建模:一种从一个到多个细胞的结构化方法。J.R.Soc.接口10,20120612。 [19] Müller,J.,Kuttler,C.,Hense,B.A.,Rothballer,M.&Hartmann,A.(2006)《通过群体感应和维度还原进行细胞间通信》。数学杂志。《生物学》53(4),672-702·Zbl 1113.92022号 [20] Müller,J.&Uecker,H.(2013)通过ODEs近似扩散介质中通信细胞的动力学-同质化和定位。数学杂志。生物学67(5),1023-1065·兹比尔1277.35036 [21] Nanjundiah,V.(1998)盘状网柄菌的循环AMP振荡:模型和观察。生物物理学。《化学》72(1-2),1-8。 [22] Noorbakhsh,J.、Schwab,D.、Sgro,A.、Gregor,T.和Mehta,P.(2015)《盘基网柄菌群振荡和螺旋波建模》。物理学。修订版E91062711。 [23] Nykamp,D.Q.相位振荡器同步的概念。来自数学洞察力:http://mathinsight.org/synchroncy_phase_oscillator_idea。 [24] Rauch,E.M.和Millonas,M.(2004)跨膜信号转导在图灵型细胞模式形成中的作用。J.西奥。生物226401-407·Zbl 1439.92038号 [25] Schwab,D.J.、Baetica,A.和Mehta,P.(2012)通过外部介质耦合的振荡器中的动态quorum-sensing。《物理学》D241(21),1782-1788年·Zbl 1401.92014年 [26] Sel’Kov,E.E.(1968)糖酵解中的自激振荡1。一个简单的动力学模型。《欧洲生物化学杂志》4(1),79-86。 [27] Shampine,L.F.和Reichelt,M.W.(1997)Matlab ODE套件。SIAM J.科学。计算18(1),1-22·Zbl 0868.65040号 [28] Taylor,A.F.、Tinsley,M.和Showalter,K.(2015)从耦合化学振荡器群体中洞察集体细胞行为。物理学。《化学化学物理》17(31),20047-20055。 [29] Taylor,A.F.、Tinsley,M.、Wang,F.、Huang,Z.和Showalter,K.(2009)大种群化学振荡器中的动态群体感应和同步。《科学》323(5914),614-6017。 [30] Tinsley,M.R.、Taylor,A.F.、Huang,Z.和Showalter,K.(2009)可激发催化剂负载粒子群集体行为的出现:时空动态群体感应。物理学。修订稿102158301。 [31] Tinsley,M.R.、Taylor,A.F.、Huang,Z.、Wang,F.和Showalter,K.(2010)可激发和振荡催化粒子集合中的动态群体感应和同步。《物理学》D239(11),785-790。 [32] Uecke,H.、Müller,J.&Hense,B.A.(2014)基于个人的背景流群体感知模型。牛市。数学。《生物学》76(7),1727-1746·Zbl 1300.92037号 [33] Ward,J.P.、King,J.R.、Koerber,A.J.、Williams,P.、Croft,J.M.和Sockett,R.E.(2001)《细菌群体感应的数学建模》。数学。医学生物学18(3),263-292·Zbl 0998.92043号 [34] Wolf,J.&Heinrich,R.(2000)细胞相互作用对酵母糖酵解振荡的影响:理论研究。生物化学。J.345,321-334。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。