金树班纳吉 随机Michaelis-Menten动力学的速度和耗散的动态滞后。 （英语） Zbl 1331.92056号 数学杂志。化学。 第6号第53页，第1412-1425页（2015年）。 摘要：在这项工作中，我们研究了在振荡底物浓度存在下的单分子酶催化反应。随机动力学是根据化学主方程建模的。根据振荡频率，在本质上是动态的系统中可能会出现滞后现象。与时间相关的驱动使系统偏离与耗散相关的平衡。系统动力学的时间尺度和外部驱动之间的相互作用需要将总熵产生率分解为绝热和非绝热贡献。对这些量的分析可以深入了解反应通量的各种平衡条件及其在控制系统非平衡热力学中的作用。有趣的是，催化的净速度和耗散及其各个部分都显示出滞后现象，在底物振荡的低频和高频范围内消失。然而，平均（一段时间内）速度和平均耗散随频率增加呈双曲线增长，直至饱和。我们提出了一个实验方案，通过以指定速率定期逐步注入衬底来实现这些特性。 MSC公司： 92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等） 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：随机酶动力学;耗散，耗散;动态滞后 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{K.Banerjee}，J.数学。化学。53，第6号，1412--1425（2015；Zbl 1331.92056） 全文： 内政部 参考文献： [1] 卢，惠普；荀，L。；谢，XS，无文章标题，《科学》，2821877（1998）·doi:10.1126/science.282.5395.1877 [2] Wang，H。；Oster，G.，无文章标题，《自然》，396279（1998）·doi:10.1038/24409 [3] 悍马，G。；Szabo，A.，无文章标题，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，98，3658（2001）·doi:10.1073/pnas.071034098 [4] Ritort，F。；巴斯塔曼特，C。；Tinoco，I.，无文章标题，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，9913544（2002）·doi:10.1073/pnas.172525099 [5] 科林，D。；Ritort，F。；贾津斯基，C。；史密斯，SB；蒂诺科，I。；Bustamante，C.，无文章标题，《自然》，437，231（2005）·doi:10.1038/nature04061 [6] Ritort，F.，无文章标题，高级化学。物理。，137, 31 (2008) [7] Jarzynski，C.，无文章标题，Nat.Phys。，7, 591 (2011) ·doi:10.1038/nphys2054 [8] 夏，T。；李，N。；方，X.，无文章标题，Annu。物理版。化学。，64, 459 (2013) ·doi:10.1146/annurev-physchem-040412-110127 [9] 钱，H。；Elson，EL，无文章标题，Biophys。化学。，101-102, 565 (2002) ·doi:10.1016/S0301-4622（02）00145-X [10] 科，南卡罗来纳州；BJ Cherayil；最小值，W。；英语，英国石油公司；谢，XS，无文章标题，J.Phys。化学。B、 10919068（2005）·doi:10.1021/jp051490q [11] Grima，R.，无文章标题，J.Chem。物理。，133, 035101 (2010) ·doi:10.1063/1.3454685 [12] Bartholomay，AF，无文章标题，生物化学，1223（1962）·doi:10.1021/bi00908a005 [13] McQuarrie，DA，无文章标题，J.Chem。物理。，38, 433 (1963) ·doi:10.1063/1.1733676 [14] DA McQuarrie；贾奇莫夫斯基，CJ；Russell，ME，无文章标题，J.Chem。物理。，40, 2914 (1964) ·doi:10.1063/1.1724926 [15] Gillespie，DT，无文章标题，Phys。A、 188404（1992）·doi:10.1016/0378-4371（92）90283-V [16] 达斯，B。；Gangopadhyay，G.，无文章标题，化学杂志。物理。，132, 135102 (2010) ·doi:10.1063/1.3369006 [17] Kurtz，TG，无文章标题，化学杂志。物理。，57, 2976 (1972) ·数字对象标识代码：10.1063/1.1678692 [18] Aranyi，P。；Toth，J.，无文章标题，《生物学报》。生物物理学。阿卡德。科学。挂。，12, 375 (1977) [19] 钱，H.，无文章标题，Annu。物理版。化学。，58, 113 (2007) ·doi:10.1146/annurev.physchem.58.032806.104550 [20] Grima，R.，无文章标题，J.Chem。物理。，132, 185102 (2010) ·数字对象标识代码：10.1063/1.3427244 [21] A.Cornish-Bowden，《酶动力学基础》（波特兰出版社，伦敦，2004年） [22] K.A.Johnson、R.S.Goody、Biochem。50，8264（2011）（1913年迈克利斯·曼顿论文的翻译） [23] 英语，英国石油公司；最小值，W。；上午Oijen；Lee，KT；罗，G。；Sun，H。；BJ Cherayil；科，南卡罗来纳州；谢，XS，无文章标题，国家化学。生物学，287（2006）·doi:10.1038/nchembio759 [24] 牟，CY；罗，J-L；Nicolis，G.，无文章标题，J.Chem。物理。，84, 7011 (1986) ·doi:10.1063/1.450623 [25] 亨特，KLC；亨特，PM；Ross，J.，无文章标题，Phys。A、 147、48（1987）·doi:10.1016/0378-4371（87）90096-3 [26] Gaspard，P.，无文章标题，化学杂志。物理。，120, 8898 (2004) ·doi:10.1063/1.1688758 [27] 施米德尔，T。；Seifert，U.，无文章标题，J.Chem。物理。，126, 044101 (2007) ·doi:10.1063/1.2428297 [28] Schnakenberg，J.，无文章标题，修订版。物理。，48, 571 (1976) ·doi:10.1103/RevModPhys.48.571 [29] 埃斯波西托，M。；Broeck，C.，无文章标题，Phys。修订稿。，104, 090601 (2010) ·doi:10.1103/PhysRevLett.104.090601 [30] Ge，H。；Qian，H.，无文章标题，Phys。版本E，81，051133（2010）·doi:10.1103/PhysRevE.81.051133 [31] Banerjee，K.，无文章标题，J.Math。化学。，52, 2259 (2014) ·Zbl 1306.82009年 ·doi:10.1007/s10910-014-0385-2 [32] 齐亚，RKP；Schmittmann，B.，无文章标题，J.Phys。A、 39407（2006）·Zbl 1122.82024号 ·doi:10.1088/0305-4470/39/24/L04 [33] Ge，H。；钱，M。；Qian，H.，无文章标题，Phys。代表，510，87（2012）·doi:10.1016/j.physrep.2011.09.001 [34] 久利，L。；布罗克，C。；Nicolis，G.，无文章标题，Z.Phys。B、 56165（1984）·doi:10.1007/BF01469698 [35] 最小值，W。；江，L。；Yu，J。；科，南卡罗来纳州；钱，H。；Xie，XS，无文章标题，Nano Lett。，5, 2373 (2005) ·文件编号：10.1021/nl0521773 [36] Banerjee，K。；Bhattacharyya，K.，无文章标题，化学。物理。，438, 1 (2014) ·doi:10.1016/j.chemphys.2014.04.007 [37] S.R.de Groot，P.Mazur，《非平衡热力学》（荷兰北部，阿姆斯特丹，1962年）·Zbl 1375.82003年 [38] 查克拉巴蒂，BK；Acharyya，M.，无文章标题，修订版。物理。，71, 847 (1999) ·doi:10.1103/RevModPhys.71.847 [39] 达斯，M。；蒙达尔，D。；Ray，DS，无文章标题，J.Chem。物理。，136, 114104 (2012) ·数字对象标识代码：10.1063/1.3693333 [40] 马萨诸塞州普斯托沃特；别列日科夫斯基，AM；Bezrukov，SM，无文章标题，J.Chem。物理。，125, 194907 (2006) ·数字对象标识代码：10.1063/1.2364898 [41] 埃斯波西托，M。；Broeck，C.，无文章标题，Phys。E版，82011143（2010）·doi:10.1103/PhysRevE.82.011143 [42] Ge，H。；钱，M。；Qian，H.，无文章标题，Phys。代表，510，87（2012）·doi:10.1016/j.physrep.2011.09.001 [43] D.Kondepudi，I.Prigogine，《现代热力学（从发动机到耗散结构）》（威利，纽约，2002）·Zbl 1304.82003年 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。