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王，Y.X.Rachel;黄海燕

利用表达数据重建基因网络的统计方法综述。 （英语） Zbl 1307.92099号

J.西奥。生物。 362, 53-61 (2014).
摘要：网络建模已被证明是分析细胞内部工作的基本工具。它彻底改变了我们对生物过程的理解，并为发现疾病生物标记物做出了重大贡献。利用高通量技术生成的功能基因组数据集重建各种类型的生物化学网络已经付出了大量努力。本文讨论了利用基因表达数据重建基因调控网络的统计方法。特别是，我们强调了在估计基因相互作用、推断因果关系和建模调控行为的时间变化等问题上取得的进展和尚待解决的挑战。随着技术的快速发展，提供了多样的大规模基因组数据，我们还调查了合并所有这些额外数据的方法，以实现更好、更准确的基因网络推断。

引用于15文件

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
92D10型 遗传学和表观遗传学
92B15号机组 普通生物统计学

关键词：

共表达网络;贝叶斯网络;动态网络;社区检测;基因组数据集成

软件：

凯格;WGCNA公司;玻璃制品;REVEAL公司;MIM公司;TRANSFAC公司;动态树剪切;诺姆;群集查找
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\textit{Y.X.R.Wang}和textit{H.Huang}，J.Theor。生物学362，53--61（2014；Zbl 1307.92099）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Airoldi，E.M。；布莱，D.M。；菲恩伯格，S.E。；Xing，E.P.，混合成员随机块模型，J.Mach。学习。1981-2014年第9号决议（2008年）·Zbl 1225.68143号
[3] 阿龙，美国。；北巴尔凯。；诺特曼，D.A。；Gish，K。；伊巴拉，S。；麦克，D。；Levine，A.J.，通过寡核苷酸阵列探测肿瘤和正常结肠组织的聚类分析揭示的广泛基因表达模式，Proc。国家。阿卡德。科学。，96, 6745-6750 (1999)
[4] 阿洛伊，P。；Russell，R.B.，通过三级结构预测InterPreTS蛋白相互作用，生物信息学，19，161-162（2003）
[5] 阿米尼，A.A。；陈，A。；Bickel，P.J。；Levina，E.，大型稀疏网络中社区检测的伪似然方法，Ann.Stat.，41，2097-2122（2013）·Zbl 1277.62166号
[6] Azuaje，F.，《个性化医学的生物信息学和生物标记物发现“Omic”数据分析》（2010年），John Wiley&Sons，West Sussex，英国
[7] Bar-Joseph，Z。；Gerber，G.K。；Lee，T.I。；新泽西州里纳尔迪。；Yoo，J.Y。；罗伯特·F。；戈登，D.B。；Fraenkel，E。；Jaakkola，T.S。；Young，R.A。；Gifford，D.K.，基因模块和调控网络的计算发现，美国国家生物技术学院。，21, 1337-1342 (2003)
[8] Bar-Joseph，Z。；吉特，A。；Simon，I.，《利用时间序列基因表达数据研究和建模动态生物过程》，《国家遗传学评论》，13552-564（2012）
[9] Barabási，A.L。；Oltvai，Z.N.，《理解细胞功能组织的网络生物学》，《国家遗传学评论》，第5期，第101-113页（2004年）
[10] 巴雷特，T。；特鲁普，D.B。；Wilhite，S.E。；Ledoux，P。；Rudnev，D。；Evangelista，C。；Kim，I.F。；Soboleva，A。；托马谢夫斯基，M。；马歇尔，K.A。；Phillippy，K.H。；谢尔曼，P.M。；穆特，R.N。；Edgar，R.，NCBI高通量功能基因组数据地理档案，Nucl。《酸类研究》，37，D885-D890（2009）
[11] Basso，K。；Margolin，A.A。；斯托洛维茨基，G。；克莱因，美国。；Dalla-Favera，R。；Califano，A.，《人类b细胞调控网络的逆向工程》，《自然遗传学》，37382-390（2005）
[12] 贝克尔，S.A。；Palsson，B.O.，上下文特定的代谢网络与实验一致，PLoS Compute。生物，4，e1000082（2008）
[13] Ben-Dor，A。；沙米尔，R。；Yakhini，Z.，聚类基因表达模式，J.Compute。生物学，6281-297（1999）
[14] Bickel，D.R.，基因网络应用于表达时间序列中虚假连接的概率，生物信息学，211121-1128（2005）
[15] 比克尔，P。；Chen，A.，网络模型和Newman-Girvan及其他模块的非参数视图，Proc。国家。阿卡德。科学。，106, 21068-21073 (2009) ·兹比尔1359.62411
[16] Bickel，P.J。；Choi，D。；Chang，X。；Zhang，H.，随机块模型最大似然的渐近正态性及其变分近似，Ann.Stat.，41922-1943（2013）·Zbl 1292.62042号
[17] 英国布莱克利。；Biau，G。；Vert，J.P.，《用本地模型监督生物网络重建》，生物信息学，23，i57-i65（2007）
[18] Bonneau，R。；赖斯，D.J。；Shannon，P。；法西奥蒂，M。；胡德·L。；新南威尔士州巴利加。；Thorsson，V.，《从系统-生物数据集从头学习节约型调控网络的同系物算法》，《基因组生物学》。，7，R36（2006）
[20] 蔡，L。；黄，H。；南卡罗来纳州布莱克肖。；Liu，J.S。；塞普科，C。；Wong，W.H.，使用泊松方法对SAGE数据进行聚类分析，基因组生物学。，5，R51（2004）
[21] Carter，S.L。；Brechbühler，C.M。；格里芬，M。；Bond，A.T.，基因共表达网络拓扑为细胞状态的分子表征提供了框架，生物信息学，202242-2250（2004）
[22] 塞利斯，A。；Daudin，J.J。；Pierre，L.，随机块模型中最大似然和变分估计的一致性，Electron。J.Stat.，61847-1899（2012）·Zbl 1295.62028号
[23] 塞鲁洛，L。；埃尔坎，C。；Ceccarelli，M.，仅从阳性和未标记数据学习基因调控网络，BMC生物信息学。，11, 228 (2010)
[24] Channarond，A。；道丁，J.-J。；Robin，S.，基于经验度的随机块模型中的分类和估计，Electron。J.Stat.，62574-2601（2012）·Zbl 1295.62065号
[25] 陈光诚。；Wang，T.Y。；Tseng，H.H。；Huang，C.Y。；Kao，C.Y.，用于量化转录调控网络的随机微分方程模型酿酒酵母，生物信息学，212883-2890（2005）
[26] Chen，T。；菲尔科夫，V。；Skiena，S.，从实验数据中识别基因调控网络，并行计算。，27, 141-162 (2001) ·Zbl 0971.68198号
[27] Cheng，Y。；Church，G.M.，《表达式数据的双聚类》，《国际竞争情报》。系统。分子生物学。，8, 93-103 (2000)
[28] 库珀，G.F。；Herskovits，E.，从数据中归纳概率网络的贝叶斯方法，马赫。学习。，9, 309-347 (1992) ·Zbl 0766.68109号
[29] Daub，C.O。；斯特尔，R。；塞尔比希，J。；Kloska，S.，使用B样条函数估计相互信息-用于分析基因表达数据的改进相似性度量，BMC Bioinformat。，5, 118 (2004)
[30] Daudin，J.J。；皮卡德，F。；Robin，S.，随机图的混合模型，统计计算。，18, 173-183 (2008)
[31] De La Fuente，A。；Bing，N。；Hoeschele，I。；Mendes，P.，使用偏相关系数发现基因组数据中有意义的关联，生物信息学，203565-3574（2004）
[32] De Smet，R。；Marchal，K.，《当前网络推理方法的优点和局限性》，《微生物学自然评论》。，8, 717-729 (2010)
[33] Decelle，A。；Krzakala，F。；摩尔，C。；Zdeborová，L.，模块化网络随机块模型及其算法应用的渐近分析，Phys。版本E，84，066106（2011）
[34] Dembélé，D。；Kastner，P.，微阵列数据聚类的模糊C-均值方法，生物信息学，1973-980（2003）
[35] 丹尼斯·G·J。；谢尔曼，B.T。；Hosack，D.A。；杨，J。；高，W。；H.C.巷。；Lempicki，R.A.，用于注释、可视化和集成发现的DAVID数据库，基因组生物学。，4，P3（2003）
[36] 迪塞勒，P。；Liang，S。；Somogyi，R.，从共表达聚类到逆向工程的遗传网络推断，生物信息学，16707-726（2000）
[37] 迪·贝尔纳多，D。；汤普森，M.J。；加德纳，T.S。；Chobot，S.E。；伊斯特伍德，E.L。；沃伊托维奇，A.P。；Elliott，S.J。；Schaus，S.E。；Collins，J.J.，《利用反向工程基因网络在全基因组范围内进行化学组学分析》，国家生物技术。，23, 377-383 (2005)
[38] Edwards，D.I.，《图形建模导论》（2000），美国纽约州施普林格·Zbl 0952.62003号
[39] 艾森，M.B。；斯佩尔曼，P.T。；布朗，P.O。；Botstein，D.，全基因组表达模式的聚类分析和显示，Proc。国家。阿卡德。科学。，95, 14863-14868 (1998)
[40] 恩斯特·J。；Beg，Q.K。；Kay，K.A。；Balázsi，G。；Oltvai，Z.N。；Bar-Joseph，Z.，预测转录因子-基因相互作用的半监督方法大肠杆菌，PLoS计算机。生物，4，e1000044（2008）
[41] Feist，A.M。；Herrgárd，M.J。；Thiele，我。；Reed，J.L。；Palsson，B.O.，《微生物中生物化学网络的重建》，《微生物自然评论》。，7, 129-143 (2009)
[42] 菲尔科夫，V。；Skiena，S。；Zhi，J.，微阵列时间序列数据分析技术，J.Compute。《生物学》，9，317-330（2002）
[43] Fishkind，D。；苏斯曼，D。；唐，M。；Vogelstein，J。；Priebe，C.，模型参数未知时随机块模型的一致邻接谱划分，SIAM J.Matrix Ana。申请。，34, 23-29 (2013) ·Zbl 1314.05186号
[44] 弗里德曼，J。；哈斯蒂，T。；Tibshirani，R.，《利用图形Lasso进行稀疏逆协方差估计》，生物统计学，9，432-441（2007）·Zbl 1143.62076号
[45] 弗里德曼，N。；Linial，M。；我·纳奇曼。；Peáer，D.，《使用贝叶斯网络分析表达数据》，J.Compute。生物学，7601-620（2000）
[46] Fu，L。；Medico，E.，FLAME，一种分析DNA微阵列数据的新型模糊聚类方法，BMC Bioinformat。，8, 3 (2007)
[47] 加德纳，T.S。；迪·贝尔纳多，D。；Lorenz，D。；Collins，J.J.，《通过表达谱推断遗传网络和识别复合作用模式》，《科学》，301，102-105（2003）
[48] Gesö，V.D。；Giancarlo，R。；Bosco，G.L。；雷蒙迪，A。；Scaturro，D.，用于聚类基因表达数据的GenClusta遗传算法，BMC生物信息学。，6, 289 (2005)
[49] Gillis，J。；Pavlidis，P.，“联想的罪恶感”是基因网络中的例外，而非规则，PLoS Compute。生物学，第8期，第1002444页（2012年）
[50] 吉米拉，R。；Amaral，L.A.N.，复杂代谢网络的功能制图，《自然》，433895-900（2005）
[51] 哈加特，C.R。；Bartell，J.A。；J.J.Saucerman。；Papin，J.A.，《全基因组代谢网络重建和基于约束的建模》，Meth。酶制剂。，500, 411-433 (2011)
[54] 霍夫曼，J.M。；Wiggins，C.H.，《网络模块化的贝叶斯方法》，Phys。修订稿。，100, 258701 (2008)
[55] 荷兰，P.W。；拉斯基，K.B。；Leinhardt，S.，《随机块模型第一步》，Soc.Netw。，5, 109-137 (1983)
[56] Horvath，S。；Dong，J.，基因共表达网络分析的几何解释，PLoS Compute。生物学，4，e100117（2008）
[58] Jain，A.K。；Murty，M.N。；Flynn，P.J.，《数据聚类综述》，ACM Compute。调查。，31, 264-323 (1999)
[59] Jansen，R。；Yu，H。；格林鲍姆，D。；Kluger，Y。；新泽西州科罗根。；Chung，S。；Emili，A。；斯奈德，M。；格林布拉特，J.F。；Gerstein，M.，《从基因组数据预测蛋白质相互作用的贝叶斯网络方法》，《科学》，302，449-453（2003）
[61] 江，D。；唐，C。；张，A.，基因表达数据调查的聚类分析，IEEE Trans。知识。数据工程，16，1370-1386（2004）
[62] 卡勒，B。；Newman，M.E.J.，网络中的随机块模型和社区结构，Phys。E版，83，016107（2011）
[63] 考夫曼，S.A.，随机构建遗传网络中的代谢稳定性和表观发生，J.Theoret。《生物学》，22437-467（1969）
[64] 考夫曼，L。；Rousseeuw，P.J.，《数据中的发现群体——聚类分析导论》（2005），John Wiley and Sons：John Willey and Sons New York
[65] 科尔，G。；Ruskin，H.J。；起重机，M。；Doolan，P.，《基因表达数据聚类技术》，计算机。《生物医学》，38，283-293（2008）
[66] Kim，K。；蒋，K。；Teng，S.M。；费尔德曼，L.J。；Huang，H.，使用生物相关实验鉴定拟南芥中的通路基因，生物信息学，28815-822（2012）
[67] Kim，K。；张，S。；蒋，K。；蔡，L。；李，I.B。；费尔德曼，L.J。；Huang，H.，通过新数据转换测量基因表达谱之间的相似性，BMC Bioinformat。，8, 29 (2007)
[68] Kim，S。；Imoto，S。；Miyano，S.，基于时间序列基因表达数据的基因网络非线性建模的动态贝叶斯网络和非参数回归，生物系统，75，57-65（2004）
[69] 木村，S。；Ide，K。；Kashihara，A。；卡诺，M。；Hatakeyama，M。；R.Masui。；中川，N。；横山，S。；Kuramitsu，S。；Konagaya，A.，使用协同进化算法推断遗传网络的S系统模型，生物信息学，211154-1163（2005）
[70] 金尼，J.B。；Atwal，G.S.，公平性，互信息和最大信息系数。程序，国家。阿卡德。科学。，111, 3354-3359 (2014) ·兹比尔1359.62213
[71] 科尔，M。；威斯，S。；Warscheid，B.，《用于生物网络可视化和分析的Cytoscapesoftware》，Meth。分子生物学。，696, 291-303 (2011)
[72] 库马里，S。；聂，J。；Chen，H.S。；马，H。；斯图尔特，R。；李，X。；吕明珠。；泰勒，W.M。；Wei，H.，共表达网络构建和生物知识发现的基因关联方法评估，PLoS ONE，7，e50411（2012）
[73] 兰菲尔德，P。；Horvath，S.，WGCNA加权相关网络分析的R包，BMC Bioinformat。，9, 559 (2008)
[74] 兰菲尔德，P。；张，B。；Horvath，S.，从分层簇树定义簇R的动态树切割包，生物信息学，24719-720（2008）
[75] 拉图什，P。；Birmelé，E。；Ambroise，C.，随机块模型的变分贝叶斯推理和复杂性控制，统计模型。，12, 93-115 (2012) ·Zbl 1420.62114号
[76] Lemmens，K。；Dhollander，T。；De Bie，T。；P.先生。；Engelen，K。；Smets，B。；Winderickx，J。；De Moor，B。；Marchal，K.，从芯片芯片、基序和微阵列数据推断转录模块，基因组生物学。，7，R37（2006）
[77] 李，H。；Gui，J.，稀疏高斯浓度图的梯度定向正则化，及其在遗传网络推断中的应用，生物统计学，7302-317（2006）·Zbl 1169.62378号
[78] Li，K.-C.，全基因组共表达动力学理论与应用，Proc。国家。阿卡德。科学。，99, 16875-16880 (2002)
[79] 李，K.-C。；Palotie，A。；袁，S。；Bronnikov，D。；陈，D。；魏，X。；Choi，O.-W。；萨雷拉，J。；Peltonen，L.，通过液体关联发现疾病候选基因，基因组生物学。，8，R205（2007）
[81] Lim，J。；郝，T。；肖，C。；Patel，A.J。；Szabó，G。；Rual，J.F。；菲斯克，C.J。；李，N。；Smolyar，A。；希尔，D.E。；Barabási，A.L。；维达尔，M。；Zoghbi，H.Y.，人类遗传性共济失调和浦肯野细胞变性障碍的蛋白质相互作用网络，细胞，125，801-814（2006）
[82] 马，P。；Castillo Davis，C.I。；钟伟。；Liu，J.S.，时间进程基因表达数据的数据驱动聚类方法，Nucl。《酸类研究》，34，1261-1269（2006）
[83] 南卡罗来纳州马德拉。；Oliveira，A.L.，《生物数据分析调查的双聚类算法》，IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。，1, 24-45 (2004)
[84] 马切克，S.R。；Madhamshettiwar，P.B。；Davis，M.J。；Ragan，M.A.，《基因调控网络的监督、半监督和非监督推理》，简介。生物信息。，15, 195-211 (2014)
[85] 马格文，P。；Kim，J.，使用一阶条件独立性估计基因组共表达网络，基因组生物学。，5，R100（2004）
[86] Margolin，A.A。；内门曼，我。；Basso，K。；威金斯，C。；斯托洛维茨基，G。；Dalla Favera，R。；Califano，A.，ARACNEan在哺乳动物细胞环境中重建基因调控网络的算法，BMC Bioninform。，7，S7（2006）
[87] Markowetz，F。；Kostka，D。；特罗扬斯卡娅，O.G。；Spang，R.，高维表型筛选的嵌套效应模型，生物信息学，23，i305-i312（2007）
[88] Mazur，J。；Ritter，D。；Reinelt，G。；Kaderali，L.，使用随机抽样重建基因调控的非线性动力学模型，BMC生物信息。，10, 448 (2009)
[89] 明绍森，N。；Bühlmann，P.，《高维图与拉索变量选择》，Ann.Stat.，341049-1579（2006）
[90] 莫德莱特，F。；Vert，J.P.，SIRENE监管网络推断，生物信息学，24，i76-i82（2008）
[91] Muro，S。；竹马，I。；奥巴，S。；Matoba，R。；上野，N。；丸山，C。；Yamashita，R。；Sekimoto，M。；山本，H。；Nakamori，S。；蒙登，M。；石井，S。；Kato，K.，通过定量表达数据的参数聚类识别与人类结直肠癌恶性相关的表达基因，基因组生物学。，4，R21（2003）
[93] 李约瑟，C.J。；布拉德福德，J.R。；Bulpitt，A.J。；Westhead，D.R.，《计算生物学贝叶斯网络学习入门》，《公共科学图书馆·计算》。生物，3，e129（2007）
[94] 纽曼，M.E.J。；Girvan，M.，《发现和评估网络中的社区结构》，Phys。E版，69，026113（2004）
[95] 诺维基，K。；Snijders，T.A.B.，《随机块体结构的估计和预测》，J.Am.Stat.Assoc.，961077-1087（2001）·Zbl 1072.62542号
[96] Okuda，S。；山田，T。；滨岛，M。；伊藤，M。；Katayama，T。；博克，P。；Goto，S。；Kanehisa，M.，《代谢途径全球分析的KEGG图谱》，Nucl。《酸类研究》，36，W423-W426（2008）
[97] Orth，J.D。；蒂勒，I。；Palsson，B.O.，什么是通量平衡分析？，自然生物技术。，28, 245-248 (2010)
[100] 佩莱格里尼，M。；马科特，E.M。；汤普森，M.J。；艾森伯格，D。；Yeates，T.O.，通过比较基因组分析分配蛋白质功能蛋白质系统发育谱，Proc。国家。阿卡德。科学。，96, 4285-4288 (1999)
[101] 彭杰。；王，P。；周，N。；Zhu，J.，联合稀疏回归模型的偏相关估计，美国统计协会，104，736-746（2009）·Zbl 1388.62046号
[102] Penrose，R.，矩阵的广义逆，数学。程序。剑桥菲洛斯。《社会学杂志》，51，406-413（1955）·Zbl 0065.24603号
[103] 价格，N.D。；Reed，J.L。；Palsson，B.O.，《微生物细胞基因组尺度模型评估限制的后果》，《国家微生物评论》。，2, 886-897 (2004)
[105] Rényi，A.，《依赖性度量》，《数学学报》。匈牙利科学院，10441-451（1959）·Zbl 0091.14403号
[106] 雷舍夫，D.N。；Reshef，Y.A。；香港Finucane。；Grossman，S.R。；麦克维恩，G。；Turnbaugh，P.J。；兰德，E.S。；Mitzenmacher，M。；Sabeti，P.C.，《在大数据集中检测新关联》，《科学》，3341518-1524（2011）·Zbl 1359.62216号
[107] Rohe，K。；Chatterjee，S。；Yu，B.，谱聚类和高维随机块模型，《Ann.Stat.》，39，1878-1915（2011）·Zbl 1227.62042号
[108] 萨巴蒂，C。；James，G.M.，转录调控网络的贝叶斯稀疏隐藏成分分析，生物信息学，22739-746（2006）
[109] Savageau，M.A.，《生物化学系统——不同表征之间的操作差异及其意义》，J.Theor。《生物学》，151509-530（1991）
[110] 谢弗，J。；Strimmer，K.，《推断大规模基因关联网络的经验贝叶斯方法》，生物信息学，21，6，754-764（2005）
[111] 沙兰，R。；Maron-Katz，A。；Shamir，R.，CLICK和EXPANDERa基因表达数据聚类和可视化系统，生物信息学，1787-1799（2003）
[112] Shlomi，T。；Cabili，M.N。；Herrgárd，M.J。；Palsson，B.O。；Ruppin，E.，基于网络的人类组织特异性代谢预测，国家生物技术。，26, 1003-1010 (2008)
[114] Snijders，T.A.B。；Nowicki，K.，具有潜在块结构的图的随机块模型的估计和预测，J.Classif。，14, 75-100 (1997) ·Zbl 0896.62063号
[115] Soler-López，M。；Zanzoni，A。；卢伊斯，R。；美国斯特尔兹尔。；Aloy，P.，互构体映射揭示了阿尔茨海默病潜在的新机制细节，《基因组研究》，21，364-376（2011）
[116] 斯佩尔曼，P.T。；夏洛克，G。；张敏秋。；V.R.Iyer。；Anders，K。；艾森，M.B。；布朗，P.O。；博茨坦，D。；Futcher，B.，酵母细胞周期调节基因的综合鉴定酿酒酵母通过微阵列杂交，分子生物学。细胞，93273-3297（1998）
[119] 斯图亚特·J·M。；西格尔，E。；科勒，D。；Kim，S.K.，全球发现保守遗传模块的基因表达网络，《科学》，302，249-255（2003）
[120] Tamayo，P。；斯隆，D。；梅西洛夫，J。；朱，Q。；Kitareewan，S。；德米特罗夫斯基，E。；兰德，E.S。；Golub，T.R.，用自组织图解释基因表达模式：造血分化的方法和应用，Proc。国家。阿卡德。科学。，96, 2907-2912 (1999)
[121] Tanay，A。；沙兰，R。；Kupiec，M。；Shamir，R.，《通过高度异质性全基因组数据的综合分析揭示酵母分子网络的模块性和组织》，Proc。国家。阿卡德。科学。，101, 2981-2986 (2004)
[122] Tavazoie，S。；休斯·J·D。；坎贝尔，M.J。；Cho，R.J。；Church，G.M.，《遗传网络结构的系统测定》，《国家遗传学》，22，281-285（1999）
[123] Teng，S.L。；Huang，H.，《从生物相关微阵列实验推断功能基因关系的统计框架》，美国统计协会，104，486，465-473（2009）·Zbl 1388.62335号
[124] Teschendorff，A.E。；Wang，Y。；Barbosa-Morais，N.L。；布伦顿，J.D。；Caldas，C.，基因表达数据聚类分析的变分贝叶斯混合建模框架，生物信息学，213025-3033（2005）
[125] 西奥多里迪斯，S。；Koutroumbas，K.，《模式识别》（2005），美国圣地亚哥学术出版社
[126] Tresch，A。；Markowetz，F.，嵌套效应模型中的结构学习，Stat.Appl。遗传学分子生物学。，7, 9 (2008) ·Zbl 1276.92075号
[127] Wang，Y。；乔希，T。；Zhang，X.S。；徐，D。；Chen，L.，从多个微阵列数据集推断基因调控网络，生物信息学，222413-2420（2006）
[128] Wang，Y。；张，X.-S。；Chen，L.，通过整合各种组学数据对昼夜节律进行的网络生物学研究，omics:J.Integr。《生物学》，13，313-324（2009）
[129] Wang，Y。；张，X.-S。；Xia，Y.，通过全基因组数据的贝叶斯网络整合预测真核转录协同性，Nucl。《酸类研究》，37，5943-5958（2009）
[131] 文，X。；Fuhrman，S。；迈克尔斯，G.S。；卡尔·D·B。；史密斯，S。；Barker，J.L。；Somogyi，R.，《中枢神经系统发育的大尺度时间基因表达图谱》，Proc。国家。阿卡德。科学。，95, 334-339 (1998)
[132] Wille，A。；Bühlmann，P.，用于推断遗传网络的低阶条件独立图，统计应用。遗传学分子生物学。，5, 1 (2006) ·Zbl 1166.62374号
[134] Wingender，E。；陈，X。；弗里克·E。；Geffers，R。；Hehl，R。；利比奇，I。；Krull，M。；Matys，V.公司。；迈克尔·H。；Ohnhäuser，R。；普吕斯，M。；沙切勒，F。；Thiele，S。；Urbach，S.，基因表达调控的TRANSFAC系统，Nucl。《酸类研究》，29，281-283（2001）
[135] Wolfe，C.J。；Kohane，I.S。；Butte，A.J.，《系统性调查揭示了基因共表达网络中“逐群关联”的普遍适用性》，BMC Bioinformat。，6, 227 (2005)
[136] 熊，Q。；北卡罗来纳州安科纳。；豪泽，E.R。；穆克吉，S。；Furey，T.S.，《将遗传和基因表达证据整合到基因集的全基因组关联分析中》，《基因组研究》，22，386-397（2012）
[137] 杨国勇。；弗雷利，C。；Murua，A。；Raftery，A.E。；Ruzzo，W.L.，基因表达数据的基于模型的聚类和数据转换，生物信息学，17，977-987（2001）
[138] Yeung，M.K。；Tegnér，J。；Collins，J.J.，使用奇异值分解和稳健回归对基因网络进行逆向工程，Proc。国家。阿卡德。科学。，99, 6163-6168 (2002)
[139] Yip，K.Y。；Gerstein，M.，从有限和不均匀的可靠交互中改进生物网络重建的训练集扩展方法，生物信息学，25243-250（2009）
[140] Yizhak，K。；Benyamini，T。；利伯梅斯特，W。；鲁平，E。；Shlomi，T.，《将定量蛋白质组学和代谢组学与基因组尺度代谢网络模型相结合》，生物信息学，26，i255-i260（2010）
[143] Yu，J。；史密斯，V.A。；王，P.P。；Hartemink，A.J。；Jarvis，E.D.，《从观测生物数据生成因果网络的贝叶斯网络推理进展》，生物信息学，20，3594-3603（2004）
[144] 袁，M。；Lin，Y.，高斯图形模型中的模型选择和估计，生物统计学，94，19-35（2007）·兹比尔1142.62408
[145] 张，B。；Horvath，S.，加权基因共表达网络分析的一般框架，Stat.Appl。遗传学分子生物学。，4, 17 (2005) ·兹比尔1077.92042
[146] 周，S。；Rütimann，P。；徐，M。；Bühlmann，P.，基于高斯图形模型的高维协方差估计，J.Mach。学习。第12号决议，2975-3026（2011年）·Zbl 1280.62065号
[147] 朱，J。；陈，Y。；Leonardson，A.S。；王凯。；Lamb，J.R。；埃米尔森，V。；Schadt，E.E.，《表征人类血液转录网络的动态变化》，《公共科学图书馆·计算》。生物，6，e1000671（2010）
[148] 邹，M。；Conzen，S.D.，一种新的动态贝叶斯网络（DBN）方法，用于从时间进程微阵列数据中识别基因调控网络，生物信息学，21，71-79（2005）
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