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在区间图中寻找隐藏的独立集。 (英语) Zbl 1098.68138号

摘要:我们设计了高效的竞争算法,用较少的查询发现隐藏信息。具体来说,考虑一个给定区间集(及其隐含的区间图G)中的游戏,我们的目标是通过“点是否被X中的区间覆盖?”形式的最少查询来发现一个(未知)独立的集X我们对这个问题的兴趣源于两个应用:PCR技术的实验性基因发现和战舰游戏(在一维环境中)。我们为这两种验证场景提供了自适应算法(给定一个独立的集合,它是(X)吗?)和发现场景(在没有任何信息的情况下查找\(X\))。在某些假设下,这些算法在每个实例中都使用渐近最优的查询数。

理学硕士:

68周05 非数值算法
05C69号 具有特殊属性的顶点子集(支配集、独立集、团等)
68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制)
68瓦40 算法分析
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全文: 内政部

参考文献:

[1] 战舰变化。Mountain Vista软件。网页。请参见http://www.mountainvistasoft.com/variations.htm; 战舰变化。Mountain Vista软件。网页。请参见http://www.mountainvistasoft.com/variations.htm
[2] R.Beigel,N.Alon,M.S.Apydin,L.Fortnow,全基因组鸟枪测序中缝隙闭合的最佳程序,收录于《国际期刊》第5期。计算分子生物学会议(RECOMB),2001年,第22-30页。;R.Beigel,N.Alon,M.S.Apydin,L.Fortnow,全基因组鸟枪测序中缝隙闭合的最佳程序,收录于《国际期刊》第5期。计算分子生物学会议(RECOMB),2001年,第22-30页。
[3] Bodlaender,H.L。;Kratsch,D.,《完美图上着色游戏的复杂性》,Theoret。计算。科学。,106, 2, 309-326 (1992) ·Zbl 0785.90119号
[4] C.伯格。;Karlin,S.,《人类基因组DNA中完整基因结构的预测》,《分子生物学》。,268, 1, 78-94 (1997)
[5] L.S.Chandran,组合矩形的高围长图构造和击中集大小的下限,摘自:《软件技术和理论计算机科学基础第19次会议》,计算机科学讲稿,柏林斯普林格,第17381999卷,第283-290页。;L.S.Chandran,《组合矩形的高围长图构造和命中集大小的下限》,载于:《软件技术和理论计算机科学基础第19次会议》,《计算机科学讲义》,柏林斯普林格,第17381999卷,第283-290页·Zbl 0954.05043号
[6] 达斯,M。;Burge,C.B。;帕克,E。;科林纳斯,J。;Pelletier,J.,《人类转录单位总数的评估》,《基因组学》,77,1-2,71-78(2001)
[7] E.D.Demaine、A.López-Ortiz、J.I.Munro,《自适应集交集、并集和差异》,摘自:第11年安ACM-SIAM交响乐团。《离散算法(SODA)》,2000年,第743-752页。;E.D.Demaine,A.López Ortiz,J.I.Munro,《自适应集合交叉点、并集和差集》,载于:ACM-SIAM Symp。《离散算法(SODA)》,2000年,第743-752页·Zbl 0957.68124号
[8] 邓纳姆,I。;清水,N。;罗伊,B.A。;Chissoe,S.,《人类22号染色体的DNA序列》,《自然》,402,6761,489-495(1999)
[9] Erdős,P。;塞尔弗里奇,J.L.,《关于组合游戏》,J.Combin,Theory-Ser。A、 14、298-301(1973)·Zbl 0293.05004号
[10] 偶数,S。;Tarjan,R.E.,《网络流和测试图连通性》,SIAM J.Compute。,4, 507-518 (1975) ·Zbl 0328.90031号
[11] R.Fagin,A.Lotem,M.Naor,中间件的最佳聚合算法,载于:第20届ACM数据库系统原理研讨会,2001年,第102-113页。;R.Fagin,A.Lotem,M.Naor,中间件的最佳聚合算法,载于:第20届ACM数据库系统原理研讨会,2001年,第102-113页·Zbl 1054.68042号
[12] Golumbic,M.C.,《算法图论与完美图》(1980),学术出版社:纽约学术出版社·Zbl 0541.05054号
[13] A.V.Karzanov,《关于寻找具有特殊结构和某些应用的最大流量》(俄语),载于:Matematicheskie Voprosy Upravleniya Proizvodstvom,第5卷,莫斯科国立大学出版社,1973年。;A.V.Karzanov,《关于寻找具有特殊结构和某些应用的最大流量》(俄语),载于:Matematicheskie Voprosy Upravleniya Proizvodstvom,第5卷,莫斯科国立大学出版社,1973年。
[14] 基鲁西斯,L.M。;Papadimitriou,C.H.,《搜索与鹅卵石》,理论。计算。科学。,47, 2, 205-218 (1986) ·Zbl 0616.68064号
[15] Knuth,D.E.,《计算机编程、排序和搜索的艺术》,第3卷(1973年),Addison-Wesley:Addison-Whesley Reading,马萨诸塞州·Zbl 0191.17903号
[16] Kratochvíl,J。;Matoušek,J.,段的交集图,J.Combin.Theory-Ser。B、 62、2、289-315(1994)·Zbl 0808.68075号
[17] Linial,N。;鲁比,M。;萨克斯,M。;Zuckerman,D.,高维组合矩形的小击中集的有效构造,组合数学,17,2,215-234(1997)·Zbl 0886.68076号
[18] R.M.McConnell,J.P.Spinrad,《探测间隔模型的构建》,载于《ACM-SIAM Symp.》第13期。关于离散算法(SODA),2002年,第866-875页。;R.M.McConnell,J.P.Spinrad,《探测间隔模型的构建》,载于《ACM-SIAM Symp.》第13期。《离散算法(SODA)》,2002年,第866-875页·Zbl 1058.05060号
[19] 北帕维。;Rombauts,S。;Dehais,P。;数学,C。;拉马纳,D.V。;Leroy,P。;Rouze,P.,使用基因组数据集应用程序评估基因预测软件拟南芥序列,生物信息学,15,11,887-889(1999)
[20] 佩夫兹纳,P.A.,《计算分子生物学:算法方法》(2000年),麻省理工学院出版社:麻省理学院出版社剑桥·Zbl 0972.92011号
[21] F.S.Roberts,《论图的方度和立方性》,载于《组合学的最新进展》,第三届滑铁卢组合学会议,1968年,学术出版社,纽约,1969年,第301-310页。;F.S.Roberts,《关于图的盒性和立方性》,载于:《组合数学的最新进展》,第三届组合数学滑铁卢会议,1968年,纽约学术出版社,1969年,第301-310页·Zbl 0193.24301号
[22] Roberts,F.S.,《离散数学模型及其在社会、生物和生态问题中的应用》(1976),新泽西州普伦蒂斯·霍尔:普伦蒂塞·霍尔恩格尔伍德克利夫斯·Zbl 0363.90002号
[23] 萨拉莫夫,A.A。;Solovyev,V.V.,在果蝇属基因组DNA,基因组研究,10,4,516-522(2000)
[24] 沙尔夫,S.J。;霍恩,G.T。;Erlich,H.A.,酶扩增基因组序列的直接克隆和序列分析,《科学》,23347681076-1078(1986)
[25] Schena,M。;沙龙,D。;Davis,R.W。;Brown,P.O.,用互补DNA微阵列定量监测基因表达模式,《科学》,2705235467-470(1995)
[26] 鞋匠,D.D。;Schadt,E.E.,使用微阵列技术对人类基因组的实验注释,《自然》,409,6822,922-927(2001)
[27] 徐,G。;Sze,S.H。;刘长平。;佩夫兹纳,P.A。;Arnheim,N.,《cDNA中未测序基因组克隆发现外显子边界的基因搜索》,《基因组学》,47,2,171-179(1998)
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