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典型RNA假结结构中的堆叠。 (英语) Zbl 1194.92025号

摘要:我们研究了(k)-非交叉,(tau)-规范RNA假结结构((langle k,tau rangle)-结构)中堆栈/环的分布。这里,如果RNA结构没有超过\(k-1)个相互交叉的弧,则称为\(k \)-非交叉;如果每个弧包含在长度至少为\(τ\)的堆栈中,则称之为\(tau \)-正则。基于\(\langle k,\tau\rangle\)-结构的普通生成函数[G.马C.M.雷迪斯,典型RNA假结结构。J.计算。生物15,编号10,1257ff(2008)]我们导出了二元生成函数(mathbf T_{k,\tau}(x,u)=sum_{n\geqsland 0}\sum_{0\leqsland T\leqslater{n}/{2}}\mathbf T-{k,\T)u^T x^n),其中(T_{k、\tau}(n,T)是具有精确(T)结构的(langle k,\tao rangle)个数\)堆叠并研究其奇点。我们证明,对于变量\(u,mathbf T_{k,tau}(x,u)\的特定参数化,显示出一个唯一的主导奇异性。由u参数化的奇异点的特殊位移意味着堆栈数分布的中心极限定理。我们的结果对于理解由计算机折叠算法生成的最小自由能RNA假结结构的“语言”具有重要意义。

理学硕士:

92C40型 生物化学、分子生物学
60F05型 中心极限和其他弱定理
65岁99岁 数值算法的计算机方面
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参考文献:

[1] Akutsu,T.,用伪结预测RNA二级结构的动态编程算法,Disc。申请。数学。,104, 45 (2000) ·Zbl 0956.92019号
[2] Bender,E.A.,应用于渐近枚举的中心极限和局部极限定理,J.Comb。理论A,15,91111(1973)·Zbl 0242.05006号
[3] 卡里,R。;Stormo,G.,《利用比较数据进行RNA建模的图论方法》,Proc。国际会议国际会议。系统。分子生物学。,3, 75 (1995)
[4] Chen,W.Y.C。;邓永平。;杜瑞欣(Du,R.R.X.)。;斯坦利·R·P。;Yan,C.H.,《拼接和隔墙的交叉和嵌套》,Trans。美国数学。《社会学杂志》,359,4,1555(2007)·Zbl 1108.05012号
[5] 德克斯,R.M。;Pierce,N.A.,《计算核酸碱基发射概率(包括伪结)的算法》,J.Compute。化学。,25, 10, 1295 (2004)
[6] 唐尼,R.G。;研究员,M.R.,参数化复杂性(1999),施普林格·兹伯利0914.68076
[7] Ducheon,P。;弗拉乔莱特,P。;Louchard,G。;Schaeffer,G.,组合结构随机生成的Boltzman采样器,Comb。普罗巴伯。计算。,13, 4-5, 577 (2004) ·Zbl 1081.65007号
[8] 弗拉乔莱特,P。;Fill,J.A。;Kapur,N.,奇点分析,Hadamard乘积和树递归,J.Compute。申请。数学。,174, 271 (2005) ·Zbl 1056.05011号
[9] 弗拉乔莱特,P。;Sedgewick,R.,分析组合数学(2008),剑桥大学
[10] Gabow,H.N.,Edmonds算法在图上最大匹配的有效实现,J.Assoc.Compute。机器。,23, 221 (1976) ·Zbl 0327.05121号
[11] Grabiner,D.J。;Magyar,P.,《Weyl腔中的随机游动和张量幂分解》,Disc。申请。数学。,2, 239 (1993) ·兹标0780.60069
[12] 豪厄尔,J.A。;史密斯,T.F。;Waterman,M.S.,生物分子生成函数的计算,SIAM J.Appl。数学。,39, 119 (1980) ·Zbl 0445.92006号
[13] Han,H.S.W。;Reidys,C.M.,具有弧长的假结RNA结构⩾4,计算机杂志。生物学,15,9,1195(2008)
[14] F.W.D.Huang,W.W.J.Peng,C.M.Reidys,《折叠3-非交叉RNA假结结构》。可从以下位置获得:<http://www.combinatics.cn/cbpc//>, 2008.; F.W.D.Huang,W.W.J.Peng,C.M.Reidys,折叠3-非交叉RNA假结结构。可从以下位置获得:<http://www.combinatics.cn/cbpc//>, 2008.
[15] 黄,F.W.D。;Li,L.Y.M。;Reidys,C.M.,假结RNA的序列结构关系,BMC生物信息。,10,补遗1,S39(2009)
[16] Jin,E.Y。;秦,J。;Reidys,C.M.,RNA结构与假结的组合,公牛。数学。生物学,70,1,45(2008)·Zbl 1281.92055号
[17] Jin,E.Y。;Reidys,C.M.,RNA-LEGO:假结RNA的组合设计,高级应用。数学。,42, 135-151 (2009) ·Zbl 1156.92018号
[18] E.Y.Jin,C.M.Reidys,R.R.Wang,k-非交叉匹配的渐近分析。可从以下网址获得:0803.08482008。;E.Y.Jin,C.M.Reidys,R.R.Wang,k-非交叉匹配的渐近分析。可从:0803.08482008获得。
[19] 林瑟,R.B。;Pedersen,C.N.S.,基于能量的模型中的RNA假结预测,J.Compute。生物学,7409(2000)
[20] 马,G。;Reidys,C.M.,《典型RNA假结结构》,《计算机杂志》。生物学,15,10,1257(2008)
[21] 梅茨勒,D。;Nebel,M.E.,通过mcmc取样预测RNA二级结构,J.Math。生物学,56,1-2,161(2008)·Zbl 1143.92011年
[22] Reeder,J。;Giegerich,R.,基于热力学的实用伪结折叠算法的设计、实现和评估,BMC Bioinform。,5,104(2004),doi:10.1186/1471-2105-5-104
[23] 里瓦斯,E。;Eddy,S.,《RNA结构预测(包括伪结)的动态编程算法》,J.Mol.Biol。,285, 2053 (1999)
[24] 阮,J。;斯托莫,G。;Zhang,W.,预测的迭代循环匹配方法,生物信息学,20,58(2004)
[25] Stanley,R.,可微有限幂级数,Eur.J.Comb。,1, 175 (1980) ·Zbl 0445.05012号
[26] Tabaska,J。;卡里,R。;Gabow,H。;Stormo,G.,《一种能够识别假结和碱基三联体的RNA折叠方法》,生物信息学,14691(1998)
[27] Y.Uemura。;长谷川,A。;小林,S。;Yokomori,T.,《RNA结构预测的树邻接文法》,Theor。计算。科学。,210, 277 (1999) ·Zbl 0912.68121号
[28] Waterman,M.S.,单链核酸的二级结构,高级数学。一、 1,补遗,167(1978)·Zbl 0434.05007号
[29] Waterman,M.S.,《RNA发夹和三叶草组合学》,Stud.Appl。数学。,60, 91 (1979) ·Zbl 0399.05003号
[30] Waterman,M.S。;Schmitt,W.R.,线性树和RNA二级结构,Disc。申请。数学。,51, 317 (1994) ·Zbl 0799.92006号
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