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大卫·贝塞拉;胡安·门迪维索;Yoan Pinzón

加权LCS的多目标优化算法。 （英语） Zbl 1350.68300号

离散应用程序。数学。 212, 37-47 (2016).
摘要：计算一组给定分子序列的相似性度量是生物信息学研究中的一项重要任务。加权序列已经成为一个有趣的研究领域，因为它们可以为分子结构提供更新和更精确的编码范式。最长公共子序列（LCS）是一种广泛研究的技术，用于计算以字符串表示的序列的相似性，并已在许多应用中得到应用。目前的趋势是将这些算法推广到加权序列上。问题的最终变体称为加权LCS。本文研究了求两个加权序列的加权LCS的问题。特别地，提出了一种新的方法来处理受一个或两个α参数约束的有界分子字母表的加权LCS。基于主匹配点范式，我们使用多目标优化方法对问题进行建模。因此，我们提出了一种新颖、高效和精确的算法，该算法不仅能找到加权LCS，还能找到所有可能解的集合。我们使用模拟数据和实际数据进行了实验分析，以比较该方法的性能。实验表明，该算法在两个基准的小实例中都具有良好的性能。此外，它还可以用于许多需要计算短序列片段之间相似性的生物信息学应用。

MSC公司：

68瓦32 字符串上的算法
90C29型 多目标规划

关键词：

最长公共子序列（LCS）;加权序列;加权LCS;多目标优化
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\textit{D.Becerra}等人，《离散应用》。数学。212、37-47（2016；Zbl 1350.68300）
全文： DOI程序

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