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霍斯纳·贾巴里;伊恩·沃克;卡洛·蒙特马格诺;威尔，塞巴斯蒂安

稀疏化可以在实践中预测长RNA的接吻发夹假结结构。 （英语） Zbl 1443.92140号

Schwartz，Russell（编辑）等人，第17届生物信息学算法国际研讨会，2017年WABI，美国马萨诸塞州波士顿，2017年8月21日至23日。诉讼程序。Wadern：达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。88，第12条，第13页（2017年）。
摘要：虽然计算RNA二级结构预测是RNA研究中的一个重要工具，但在实践中，它仍然基本上局限于无假结结构（或充其量非常简单的假结）。在这里，我们通过减少最初的高空间消耗，使复杂假结（包括接吻发夹结构）的预测切实可行。为此，我们将稀疏化技术和其他节省空间的修改应用于伪结预测算法的递归H.-L.陈等人[“核酸中亲吻发夹和4链MFE预测的（O（n^5）算法”，《计算机生物学杂志》第16期，第6期，803–815页（2009年；doi:10.1089/cmb.2008.0219)]（CCJ算法）。因此，在序列长度（n）和非最优可分解片段（“候选”）的数量（Z）中，自由能最小化的理论空间复杂度降低为（Theta（n^3+Z））。稀疏CCJ算法，稀疏CCJ，进行了详细介绍。此外，我们还提供并比较了三代CCJ实现，它们不断改进了空间需求：原始CCJ实现、我们的第一个修改实现和我们的最终稀疏实现。最新的两个实现实现了已建立的HotKnots DP09能量模型。在我们的实验中，使用244GB的RAM，原始CCJ实现无法处理超过195个基数的序列；稀疏CCJ在这个空间限制内处理伪结数据集（长度可达400个基）。所有三种CCJ实现都可以在https://github.com/HosnaJabbari/CCJ网站.
有关整个系列，请参见[Zbl 1372.68022号].

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
92-08 生物问题的计算方法

关键词：

核糖核酸;二次结构预测;假结;空间效率;稀疏化

软件：

IP结;github
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{H.Jabbari}等人，LIPIcs——莱布尼茨国际程序。通知。88，第12条，第13页（2017年；Zbl 1443.92140）
全文： 内政部

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