杰纳迪·戈林;肖恩·吉田;利奥·Pachter 评估单核RNA测序的马尔可夫和延迟模型。 （英语） Zbl 1526.92046号 牛市。数学。生物。 85，第11号，第114号论文，27页（2023年）. 摘要：RNA生命周期中反应的连续性促使转录动力学模型中加入延迟。这些模型将转录过程与一组相当普遍的延迟单分子反应耦合在一起，没有反馈。我们提供了计算这些模型诱导的RNA拷贝数分布的数值策略，并求解了几个具有剪接、降解和催化的系统。使用这些模型对单细胞和单核RNA测序数据进行的分析表明，核输出动力学似乎不需要调用非马尔科夫等待时间。 MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：化学主方程;延迟过程;单细胞RNA测序;模型识别;随机模拟;马尔科夫蒙特卡洛 软件：边缘R;生物导体;PyMC公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{G.Gorin}等人，公牛。数学。生物学85，第11期，第114号论文，27页（2023年；Zbl 1526.92046） 全文： 内政部 参考文献： [1] Ahlmann-Eltze C，Huber W（2023）单细胞RNA-seq数据转换的比较。自然方法。doi:10.1038/s41592-023-01814-1 [2] 阿里，MZ；Choubey，S.，《从RNA聚合酶测量中解码转录调控语法：模型及其应用》，《物理生物学》，16，6（2019）·doi:10.1088/1478-3975/ab45bf [3] 安德鲁斯，TS；阿提夫，J。；刘，JC；康涅狄格州珀西亚尼；Ma，X-Z；Thoeni，C。；斯利珀，M。；伊拉斯兰，G。；Segerstolpe，A。；曼努埃尔，J。；Chung，S。；温特，E。；I.Cirlan。；库乌，N。；费舍尔，S。；罗森布拉特·罗森，O。；雷格夫，A。；身份证号码：McGilvray；巴德，GD；MacParland，SA，《人类肝脏的单细胞、单核和空间RNA测序确定胆管细胞和间充质异质性》，《肝细胞通讯》，6，4，821-840（2022）·doi:10.1002/hep4.1854 [4] 巴里奥，M。；Burrage，K。；Leier，A。；Tian，T.，Hes1的振荡调节：离散随机延迟建模与仿真，PLOS Compute Biol，2，9（2006）·doi:10.1371/journal.pcbi.0020117 [5] 巴达纳，J。；阿拉巴马州查努；Malik，MZ；Singh、RKB、噪声和延迟可以形成随机反应动力学中的分布函数，非线性动力学，105，1，797-811（2021）·doi:10.1007/s11071-021-06643-5 [6] Bratson，D。；沃尔夫森，D。；尖岭，LS；Hasty，J.，基因调控中的延迟诱导随机振荡，国家科学院学报，102，41，14593-14598（2015）·doi:10.1073/pnas.0503858102 [7] Cai，X.，带延迟耦合化学反应的精确随机模拟，化学物理杂志，126，12（2007）·数字对象标识代码：10.1063/1.2710253 [8] Choubey，S.，《新生RNA动力学：转录模型的瞬态和稳态行为》，Phys Rev E，97，2（2018）·doi:10.1103/PhysRevE.97.022402 [9] Choubey，S。；Kondev，J。；Sanchez，A.，《通过计算新生RNA分子破译体内转录动力学》，《PLOS计算生物学》，11，11（2015）·doi:10.1371/journal.pcbi.1004345 [10] Corrigan AM，Tunnacliffe E，Cannon D，Chubb JR（2016）转录爆发的连续模型。eLife 5:e13051。doi:10.7554/eLife.13051 [11] 科特A、科特C、巴亚特普尔S、德雷克斯勒HL、亚历山大KA、陈F、瓦西AT、博伊登ES、伯杰S、丘奇曼LS、拉杰A（2021）Pre-mRNA空间分布表明剪接可以在转录后发生。生物Rxiv。doi:10.1101/2020.04.06.028092 [12] 科特雷尔，D。；Swain，PS公司；Tupper，PF，基因表达的随机分支扩散模型，国家科学院学报，109，25，9699-9704（2012）·doi:10.1073/pnas.1201103109 [13] Dar，RD；Razooky，理学学士；辛格，A。；西瓜，电视；JM McCollum；考克斯，CD；辛普森，ML；Weinberger，LS，《转录突发频率和突发大小在人类基因组中受到同等调制》，《国家科学院学报》，109，43，17454-17459（2012）·doi:10.1073/pnas.1213530109 [14] Dattani J（2015）基因转录模型分析主方程的精确解。伦敦帝国理工学院博士论文 [15] 丁，J。；Adiconis，X。；西蒙斯，斯洛伐克；科瓦尔奇克，理学硕士；迟缓，CC；新泽西州马尔亚诺维奇；休斯（TK Hughes）；MH沃兹沃思；伯克斯，T。；Nguyen，LT；Kwon，JYH；巴拉克，B。；Ge，W。；AJ凯代格尔；卡罗尔，S。；李，S。；Hacohen，N。；罗森布拉特·罗森，O。；阿拉斯加州沙利克；AC维拉尼；雷格夫，A。；Levin，JZ，单细胞和单核RNA测序方法的系统比较，国家生物技术，38，6，737-746（2020）·doi:10.1038/s41587-020-0465-8 [16] Drexler HL、Choquet K、Churchman LS（2020）通过纳米孔直接新生RNA测序揭示的剪接动力学和协调。分子细胞77（5）：985-998.e8。doi:10.1016/j.molcel.2019.11.017 [17] Fatehi，F。；肯塔基州；Blyuss，KB，模拟随机延迟系统的新方法，Math Biosci，322108327（2020）·Zbl 1448.92075号 ·doi:10.1016/j.mbs.2020.108327 [18] Filatova，T。；波波维奇，N。；Grima，R.，《时间依赖刺激对细胞核和细胞质mRNA波动的调节：分析分布》，《数学生物科学》，347108828（2022）·Zbl 1492.92026 ·doi:10.1016/j.ms.2022.108828 [19] 弗拉利克斯，B。；霍姆斯，M。；Löpker，A.，细胞中随机基因表达的马尔科夫到达流方法，《数学生物学杂志》，86，5，79（2023）·Zbl 1515.92035号 ·doi:10.1007/s00285-023-01913-9 [20] Fu X，Patel HP，Coppola S，Xu L，Cao Z，Lenstra TL，Grima R（2022）《量化转录后噪音和基因拷贝数变异如何影响mRNA分布的转录参数推断》。eLife 11:e82493。doi:10.7554/eLife.82493 [21] Fukaya，T。；Lim，B。；Levine，M.，《转录爆发的增强控制》，《细胞》，166，2，358-368（2016）·doi:10.1016/j.cell.2016.05.025 [22] Gardiner，C.，《物理、化学和自然科学随机方法手册》（2004），柏林：施普林格出版社，柏林·Zbl 1143.60001号 ·doi:10.1007/978-3-662-05389-8 [23] Gedeon，T。；Bokes，P.，延迟蛋白质合成降低了mRNA和蛋白质波动之间的相关性，Biophys J，103，3，377-385（2012）·doi:10.1016/j.bpj.2012.06.025 [24] Gillespie，DT，《化学主方程的严格推导》，Phys A Stat Mech Appl，188，1-3，404-425（1992）·doi:10.1016/0378-4371（92）90283-V [25] 戈林，G。；Pachter，L.，《突发转录模型的特殊功能方法》，《物理评论E》，102，2（2020）·doi:10.1103/PhysRevE.102.022409 [26] 戈林，G。；Pachter，L.，用化学主方程模拟突发性转录和剪接，Biophys J，121，61056-106-1069（2022）·doi:10.1016/j.bpj.2022.02.004 [27] Gorin G，Pachter L（2023a）使用Monod在单细胞RNA测序中区分生物物理随机性和技术噪声。生物Rxiv。doi:10.1101/2022.06.11.495771v2 [28] Gorin G，Pachter L（2023b）前体mRNA单细胞RNA测序中的长度偏差。生物物理学报告3（1）：100097。doi:10.1016/j.bpr.2022.100097 [29] 戈林，G。；王，M。；戈尔丁，I。；Xu，H.，用于转录动力学可视化和估计的随机模拟和统计推理平台，PLoS ONE，15，3（2020）·doi:10.1371/journal.pone.0230736 [30] 戈林，G。；瓦斯托拉，JJ；方，M。；Pachter，L.，《用于单分子定量实验合理设计的可解释和可控制的转录噪声模型》，Nat Commun，13，1，7620（2022）·doi:10.1038/s41467-022-34857-7 [31] Gorin G，Vastola JJ，Pachter L（2023）使用单细胞基因组数据研究细胞的随机系统生物学。细胞系统。doi:10.1016/j.cels.2023.08.004 [32] Grima R，Esmenjaud PM（2023）从单细胞快照数据推断的转录参数的系统偏差。生物Rxiv。数字对象标识代码：10.1101/2023.06.19.545536 [33] Grün，D。；凯斯特，L。；van Oudenaarden，A.，《单细胞转录组学噪声模型的验证》，Nat Methods，11，6，637-640（2014）·doi:10.1038/nmeth.2930 [34] 古普塔，C。；洛佩兹，JM；阿泽科特，R。；贝内特，MR；Josić，K。；Ott，W.，《遗传网络中的延迟建模：从延迟出生-死亡过程到延迟随机微分方程》，《化学物理杂志》，140，20（2014）·doi:10.1063/1.4878662 [35] 哈比卜，N。；Avraham-Davidi，I。；巴苏，A。；伯克斯，T。；Shekhar，K。；霍弗里，M。；Choudhury，SR；阿奎特，F。；Gelfand，E。；Ardlie，K。；DA Weitz；罗森布拉特·罗森，O。；张，F。；Regev，A.，用DroNc-seq大规模平行单核RNA-seq，Nat Methods，14，10，955-958（2017）·doi:10.1038/nmeth.4407 [36] Hafemeister，C。；Satija，R.，使用正则化负二项回归对单细胞RNA-seq数据进行归一化和方差稳定，《基因组生物学》，20，296（2019）·doi:10.1186/s13059-019-1874-1 [37] Ham L、Brackston RD、Stumpf MPH（2020a）基因表达中的外部噪音和重尾定律。《物理评论快报》124（10）：108101。doi:10.1103/PhysRevLett.124.108101 [38] Ham L，Schnoerr D，Brackston RD，Stumpf MPH（2020b）随机基因表达的精确可解模型。化学物理杂志152（14）：144106。数字对象标识代码：10.1063/1.5143540 [39] Hansen MM、Desai RV、Simpson ML、Weinberger LS（2018）转录噪声的细胞质扩增产生了大量的细胞间变异。细胞系统7（4）：384-397e6。doi:10.1016/j.cels.2018.08.002 [40] 哈克，A。；恩格尔，J。；Teichmann，南非；Lönnberg，T.，《生物医学研究和临床应用中单细胞RNA测序实用指南》，《基因组医学》，9，1，75（2017）·doi:10.1186/s13073-017-0467-4 [41] 哈珀，CV；Finkenstädt，B。；伍德考克，DJ；弗里德里希森。；塞姆普林尼，S。；阿沙尔，L。；Spiller，DG；JJ马林斯；兰德，DA；戴维斯，JRE；White，MRH，随机转录周期的动态分析，《公共科学图书馆·生物》，9，4（2011）·doi:10.1371/journal.pbio.1000607 [42] Herbach，U.，《带有多状态启动子的随机基因表达：分解精确分布》，SIAM J Appl Math，79，3，1007-1029（2019）·Zbl 1421.92017年 ·doi:10.1137/18M1181006 [43] Heumos L、Schaar AC、Lance C、Litinetskaya A、Drost F、Zappia L、Lücken MD、Strobl DC、Henao J、Curion F、Single-cell Best Practices Consortium、Aliee H.、Ansari M、Badia-i Mompel P、Büttner M、Dann E、Dimitrov D、Dony L、Frishberg A、He D、Hediyeh-zadeh S、Hetzel L、Ibarra IL、Jones MG、Lotfollahi M、Martens LD、Müller CL、Nitzan M、Ostner J、，Palla G、Patro R、Piran Z、Ramírez-Suastegui C、Saez-Rodriguez J、Sarkar H、Schubert B、Sikkema L、Srivastava A、Tanevski J、Virshup、Weiler P、Schiller HB、Theis FJ（2023）《跨模式单细胞分析的最佳实践》。Nat Rev基因。doi:10.1038/s41576-023-00586-w [44] Hilfinger，A。；TM诺曼；Vinnicombe，G。；Paulsson，J.，《对稀疏特征生物系统波动的限制》，《物理评论-莱特》，116，5（2016）·Zbl 1356.92039号 ·doi:10.1103/PhysRevLett.116.058101 [45] 贾，C。；Grima，R.，《基因表达动力学与细胞大小动力学和细胞周期事件的耦合：扩展电报模型的精确和近似解》，iScience，26，1，105746（2023）·doi:10.1016/j.isci.2022.105746 [46] 贾，T。；Kulkarni，RV，《分子记忆和爆发的基因表达随机模型中的内在噪声》，《物理评论-莱特》，106（2011）·doi:10.1103/PhysRevLett.106.058102 [47] 姜强。；Fu，X。；Yan，S。；李，R。；杜，W。；曹，Z。；钱，F。；Grima，R.，基因表达非马尔科夫模型的神经网络辅助近似和参数推断，Nat Commun，12，1，2618（2021）·doi:10.1038/s41467-021-22919-1 [48] 拉曼诺，G。；索尔达托夫，R。；Zeisel，A。；Braun，E。；Hochgerner，H。；佩图霍夫，V。；Lidschreiber，K。；Kastriti，医学博士；Lönnerberg，P。；弗兰，A。；范，J。；博姆，LE；刘，Z。；van Bruggen，D。；郭杰。；何，X。；巴克，R。；Sundstöm，E。；Castelo-Branco，G。；克莱默，P。；Adameyko，I。；Linnarsson，S。；Kharchenko，PV，单细胞RNA速度，《自然》，560，7719，494-498（2018）·doi:10.1038/s41586-018-0414-6 [49] Lafuerza LF，Toral R（2011a）具有延迟降解的随机蛋白质动力学模型的精确解。物理版E 84:051121。doi:10.1103/PhysRevE.84.051121 [50] Lafuerza LF，Toral R（2011年b），延迟在随机创造过程中的作用。物理版E 84:021128。doi:10.1103/PhysRevE.84.02128 [51] Lammers，北卡罗来纳州；Kim，YJ；赵，J。；加西亚，HG，《时间问题：利用动力学和理论揭示转录爆发的机制》，《Curr Opin Cell Biol》，67，147-157（2020）·doi:10.1016/j.ceb.2020.08.001 [52] 莱尔，A。；Marquez-Lago，TT，《延迟化学主方程：直接和封闭解》，Proc R Soc A数学物理工程科学，471，2179，20150049（2015）·Zbl 1371.60130号 ·doi:10.1098/rspa.2015.0049 [53] LitviňukováM、Talavera-López C、Maatz H、Reichart D、Worth CL、Lindberg EL、Kanda M、Polanski K、Heinig M、Lee M、Nadelmann ER、Roberts K、Tuck L、Fasouli ES、DeLaughter DM、McDonough B、Wakimoto H、Gorham JM、Samari S、Mahbubani KT、Saeb Parsy K、Patone G、Boyle JJ、Zhang H、ZhangH、Viveiros A、Oudit GY、Bayraktar OA、Seidman JG、Seidma n CE、，Noseda M、Hubner N、Teichmann SA（2020）《成人心脏细胞》。《自然》588（7838）：466-472。doi:10.1038/s41586-020-2797-4 [54] 刘，B。；Yan，S。；王，Q。；Liu，S.，p53调节网络中的振荡表达和变异，Phys D非线性现象，240，3，259-264（2011）·Zbl 1210.37070号 ·doi:10.1016/j.physd.2010.09.004 [55] 洛佩兹，R。；Regier，J。；科尔，MB；密歇根州约旦；Yosef，N.，《单细胞转录组学的深度生成模型》，Nat Methods，15，12，1053-1058（2018）·doi:10.1038/s41592-018-0229-2 [56] 麦克唐纳N（1978）《生物模型中的时间滞后》，第27卷。生物数学课堂讲稿。柏林施普林格。doi:10.1007/978-3-642-93107-9·Zbl 0403.92020年 [57] Melsted P、Booeshaghi AS、Liu L、Gao F、Lu L、Min KH、da Veiga Beltrame E、Hjörleifsson KE、Gehring J、Pachter L（2021年7月）模块化、高效和恒量单细胞RNA-seq预处理。《国家生物技术》39（7）：813-818。doi:10.1038/s41587-021-00870-2 [58] Miekisz，J。；Poleszczuk，J。；博德纳尔，M。；Fory Shi，U.，基因表达延迟降解的随机模型，《公牛数学生物学》，73，9，2231-2247（2011）·2018年5月22日 ·doi:10.1007/s11538-010-9622-4 [59] Munsky，B。；Khammash，M.，化学主方程解的有限状态投影算法，化学物理杂志，124，4（2006）·Zbl 1131.82020号 ·doi:10.1063/1.2145882 [60] Munsky，B。；Li，G.等人。；福克斯，ZR；牧羊人，DP；Neuert，G.，《分布形状决定基因调控预测模型的发现》，《国家科学院学报》，115，29，7533-7538（2018）·doi:10.1073/pnas.1804060115 [61] 佩科德，J。；Ycard，B.，基因产品合成的马尔科夫模型，Theor Popul Biol，48，2，222-234（1995）·Zbl 0865.92006 ·doi:10.1006/tpbi.1995.1027 [62] 佩雷斯·卡拉斯科，R。；Beentjes，C。；Grima，R.，细胞周期变异对信使RNA丰度谱系和群体测量的影响，J R Soc界面，17，168，20200360（2020）·doi:10.1098/rsif.2020.0360 [63] Raj A，van Oudenaarden A（2008）自然、后天或机会：随机基因表达及其后果。单元格135（2）：216-226。doi:10.1016/j.cell.2008.09.050 [64] 拉杰，A。；van Oudenaarden，A.，《随机基因表达的单分子方法》，《生物年鉴》，38，1，255-270（2009）·doi:10.146/annrev.biophys37.032807.125928（doi:10.146/annrev.biophys37.032807.125928） [65] 拉杰，A。；山核桃，CS；Tranchina，D。；巴尔加斯，DY；Tyagi，S.，《哺乳动物细胞中的随机mRNA合成》，《公共科学图书馆·生物》，2006年第4期，第10页·doi:10.1371/journal.pbio.0040309 [66] 医学博士Robinson；DJ麦卡锡；Smyth，GK，edgeR:用于数字基因表达数据差异表达分析的生物导体包，生物信息学，26，1，139-140（2010）·doi:10.1093/生物信息学/btp616 [67] 罗德里格斯，J。；Larson，DR，《活细胞中的转录：破裂的分子机制》，《生物化学年鉴》，89，1，189-212（2020）·doi:10.1146/annurev-biochem-011520-105250 [68] Salvatier J、Wiecki TV、Fonnesbeck C（2016）《使用PyMC3的Python概率编程》。PeerJ计算科学2：e55。doi:10.7717/peerj-cs.55 [69] 桑切斯，A。；Golding，I.，噪声基因表达中的遗传决定因素和细胞约束，《科学》，34261631188-1193（2013）·doi:10.1126/science.1242975 [70] Sarkar，A。；Stephens，M.，分离测量和表达模型澄清了单细胞RNA测序分析中的混淆，《自然遗传学》，53，6，770-777（2021）·doi:10.1038/s41588-021-00873-4 [71] 塞莱瓦，A。；Dohn，R。；埃卡特，H。；洛扎诺，S。；谢，B。；Gauchat，E。；Elorbany，R。；罗德斯，K。；伯内特，J。；吉拉德，Y。；波特，S。；Basu，A.，心肌细胞分化过程中高通量单细胞和单核转录体的系统比较，科学代表，101535（2020）·doi:10.1038/s41598-020-58327-6 [72] 沙洛娃，LV；AA沙洛夫；Nedorezov，T。；Piao，Y。；Shaik，N。；Ko，MS，通过多能和分化小鼠胚胎干细胞的DNA微阵列分析获得的19 977个基因的mRNA半衰期数据库，DNA Res，16，1，45-58（2009）·doi:10.1093/dnares/dsn030 [73] 施，C。；姜瑜。；Zhou，T.，基因表达的排队模型：分析分布及其以外，生物物理学J，119，8，1606-1616（2020）·doi:10.1016/j.bpj.2020.09.001 [74] Shi C，Yang X，Zhang J，Zhou T（2023）mRNA生命过程的随机建模：广义主方程。生物物理学杂志doi:10.1016/J.bpj.2023.08.024 [75] 辛格，A。；Bokes，P.，mRNA转运对蛋白质水平随机变异性的影响，《生物物理学杂志》，第103、5、1087-1096页（2012年）·doi:10.1016/j.bpj.2012.07.015 [76] 辛格，SN；美国阿肯色州查努；Malik，MZ；Singh，RB，《细胞状态的相互作用：延迟作为控制机制的作用》，《物理A统计力学应用》，572125869（2021）·Zbl 07458736号 ·doi:10.1016/j.physa.2021.125869 [77] 细梳，AR；山核桃，CS；Tranchina，D.，随机基因表达广义切换模型中离散mRNA分布的人口密度方法，Phys Rev E，85，6（2012）·doi:10.1103/PhysRevE.85.061919 [78] Szavits-Nossan，J。；Grima，R.，Mean-field理论准确地捕捉了mRNA生命周期中拷贝数分布的变化，Phys Rev E，105，1（2022）·doi:10.1103/PhysRevE.105.014410 [79] Szavits-Nossan，J。；Grima，R.，《一般启动机制中新生RNA的稳态分布》，《物理评论研究》，5，1（2023年）·doi:10.1103/PhysRevResearch.5.013064 [80] 托马斯·P。；Shahrezaei，V.，《基因表达噪声与细胞大小的协调：生长细胞种群基于代理模型的分析结果》，J R Soc Interface，18，178，20210274（2021）·doi:10.1098/rsif.2021.0274 [81] Thrupp，N。；萨拉·弗里吉里奥，C。；沃尔夫斯，L。；Skene，NG；法托雷利，N。；Poovathingal，S.等人。；福恩，Y。；Matthews，项目经理；他们，T。；Mancuso，R。；de Strooper，B。；Fiers，M.，单核RNA-Seq不适合检测人类小胶质细胞激活基因，Cell Rep，32，13（2020）·doi:10.1016/j.celrep.2020.108189 [82] 田，T。；Burrage，K。；Burrage，PM；Carletti，M.，遗传调控网络的随机延迟微分方程，计算应用数学杂志，205,2696-707（2007）·Zbl 1112.92029号 ·doi:10.1016/j.cam.2006.02.063 [83] Van Kampen NG（2007）《物理和化学中的随机过程》，第三版，Elsevier。国际标准图书编号978-0-444-52965-7·兹比尔0974.60020 [84] Vastola JJ，Gorin G，Pachter L，Holmes WR（2021）涉及基因转换的化学主方程的解析解。一： 精确解的表示理论和图解法。预打印，arXiv:2103.10992 [85] Wang，J。；Huang先生。；托瑞，E。；杜克，H。；沙弗，S。；J.穆雷。；拉杰，A。；李，M。；Zhang，NR，单细胞RNA测序中的基因表达分布反褶积，国家科学院学报，115，28，E6437-E6446（2018）·Zbl 1416.62625号 ·doi:10.1073/pnas.1721085115 [86] Xu，H。；斯金纳，SO；索卡克，AM；Golding，I.，新生RNA的随机动力学，Phys Rev Lett，117，12（2016）·doi:10.1103/PhysRevLett.117.128101 [87] 姚，Z。；刘，H。；谢凤。；费舍尔，S。；阿德金斯，RS；阿尔德里奇，AI；修正案，SA；Bartlett，A。；贝伦斯，MM；Van den Berge，K。；Bertagnolli，D。；de Bézieux，人力资源；Biancalani，T。；马萨诸塞州布沙吉；布拉沃，HC；Casper，T。；Colantuoni，C。；Crabtree，J。；克雷塞，H。；克里顿，K。；克劳，M。；Dee，N。；多尔蒂，EL；威斯康星州多伊尔；Dudoit，S。；芳·R。；费利克斯，V。；方，O。；Giglio，M。；Goldy，J。；Hawrylycz，M。；草本，BR；Hertzano，R。；侯，X。；胡，Q。；坎切拉，J。；Kroll，M。；拉提亚，K。；李，叶；卢塞罗，JD；罗，C。；Mahurkar，A。；McMillen，D。；纳达夫，新墨西哥州；JR内里；Nguyen，田纳西州；牛，SY；Ntranos，V。；Orvis，J。；奥斯汀，JK；Pham，T。；Pinto-Duarte，A。；Poirion，O。；Preissl，S。；Purdom，E。；里莫林，C。；里索，D。；里夫金，AC；史密斯，K。；街道，K。；Sulc，J。；斯文森，V。；Tieu，M。；托克尔森，A。；董，H。；瓦什纳夫，ED；CR范德堡；van Velthoven，C。；王，X。；白色，OR；黄，ZJ；哈尔琴科，PV；Pachter，L。；Ngai，J。；雷格夫，A。；塔西克，B。；JD韦尔奇；Gillis，J。；Macosko，EZ；Ren，B。；埃克，JR；曾浩。；Mukamel，EA，《小鼠初级运动皮层转录组和表观基因组细胞图谱》，《自然》，598，7879，103-110（2021）·doi:10.1038/s41586-021-03500-8 [88] 张杰。；Zhou，T.，Markovian用分子记忆模拟细胞内反应过程的方法，国家科学院学报，116，47，23542-23550（2019）·Zbl 1431.92045号 ·doi:10.1073/pnas.1913926116 [89] 张，X。；Jin，H。；杨，Z。；Lei，J.，转录动力学中伸长延迟的影响，数学生物科学工程，11，6，1431-1448（2014）·Zbl 1333.92029号 ·doi:10.3934/mbe.2014.11.1431 [90] 郑，GXY；特里，吉咪；贝尔格莱德，P。；瑞夫金，P。；弯曲，ZW；威尔逊，R。；Ziraldo，SB；TD惠勒；麦克德莫特，GP；朱，J。；格雷戈里，MT；舒加，J。；Montesclaros，L。；安德伍德，JG；马萨诸塞州马斯奎利埃；西村，SY；Schnall-Levin，M。；怀亚特，普华永道；辛德森，CM；巴拉德瓦杰，R。；Wong，A。；奈斯，KD；贝普，LW；迪格，HJ；麦克法兰，C。；罗布，韩国；瓦伦特，WJ；Ericson，NG；史蒂文斯，EA；字根，JP；Mikkelsen，TS；辛德森，BJ；Bielas，JH，《单细胞大规模并行数字转录分析》，Nat Commun，8，1，14049（2017）·doi:10.1038/ncomms14049 [91] 周，T。；Zhang，J.，多状态基因模型的分析结果，SIAM J Appl Math，72，3，789-818（2012）·Zbl 1253.92027号 ·数字对象标识代码：10.1137/10852887 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH 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