Renzo L.里卡。;弗朗西丝卡·马吉奥尼 DNA建模中的多重折叠和包装。 (英语) Zbl 1137.92313号 计算。数学。申请。 55,第5期,1044-1053(2008). 摘要:我们引入并分析了一组方程,以研究与DNA建模中闭合细丝的多重折叠和卷绕运动学相关的几何和能量方面。通过这些方程,我们证明,通过适当的扭转和扭转分布,并且与形成的线圈数量无关,可以在相对较低的能量成本下实现高度卷取。对于足够高的捻度,我们表明,当变形能是由纤维的曲率和平均捻度引起时,弹性能松弛实际上有利于卷取。我们纯粹根据曲率信息和产生的线圈数量来估计扭动过程。我们还确定了分层螺旋卷取情况下与纤维压实相关的堆积率。这些结果在DNA生物学中有着有用的应用,特别是在蛋白质区DNA包裹建模中,蛋白质区的高卷曲、高效压缩和能量定位之间有着密切的联系。 引用于2文件 MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 92C05型 生物物理学 57平方米 \(3\)球体中的结和链接(MSC2010) 关键词:DNA写入;卷取;变形能;包装 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.L.Ricca}和\textit{F.Maggioni},计算。数学。申请。55,第5号,1044--1053(2008;Zbl 1137.92313) 全文: 内政部 参考文献: [1] 贝克,D.,《蛋白质折叠的惊人简单性》,《自然》,40539-42(2000) [2] 索科利奇,M。;无锁,S.W。;Russ,W.P。;Lee,H。;加德纳,K.H。;Ranganathan,R.,《指定蛋白质折叠的进化信息》,《自然》,437512-518(2005) [3] 库仑,B。;Burton,Z.F.,DNA弯曲和包裹RNA聚合酶:描述转录机制的“革命性”模型,微生物。分子生物学。修订版,63,457-478(1999) [4] 张,P。;托拜厄斯,I。;Olson,W.K.,闭合环状DNA中蛋白质诱导结构变化的计算机模拟,《分子生物学杂志》。,242, 271-290 (1994) [5] 贝纳姆,C。;Miller,D.,闭合环状DNA的缠绕和连接密度,J.结理论分支,9577-585(2000)·Zbl 0997.57007号 [6] 院长,F.B。;Stasiak,A。;科勒,T。;Cozzarelli,N.R.,双重DNA结由大肠杆菌拓扑异构酶,I.J.生物学。化学。,260, 4975-4983 (1985) [7] Wasserman,S.A。;Cozzarelli,N.R.,通过T4拓扑异构酶进行超螺旋DNA定向打结,生物学杂志。化学。,266, 20567-20573 (1991) [8] Stasiak,A.,《环状DNA》(Semlyen,J.A.,《大环分子》(1996),John Wiley&Sons Ltd.),43-97 [9] (Cozzarelli,N.R.;Wang,J.C.,《DNA拓扑及其生物效应》(1990年),纽约州冷泉港实验室出版社:纽约州冷泉港实验室出版社) [10] Ricca,R.L.,《结构复杂性》,(Scott,A.,《非线性科学百科全书》(2005),劳特利奇:劳特利奇纽约,伦敦),885-887·Zbl 1177.00019号 [11] Vologodskii,A.V。;新泽西州克里斯奥纳。;劳里,B。;Pieranski,P。;Katritch,V。;Dubochet,J。;Stasiak,A.,DNA结和链烷的沉积和电泳迁移,《分子生物学杂志》。,278, 1-3 (1998) [12] 马吉奥尼,F。;Ricca,R.L.,《封闭细丝的卷绕和卷绕》,Proc。R.Soc.A,4623151-3166(2006)·Zbl 1149.74353号 [13] Fuller,F.B.,空间曲线的写入数,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,68815-819(1971)·兹比尔0212.26301 [14] 莫法特,H.K。;Ricca,R.L.,《螺旋性和Clugreanu不变量》,Proc。R.Soc.A,439,411-429(1992)·Zbl 0771.57013号 [15] CŐlugœreau,G.,Surles classes d’同位素des n \339'uds tridimensions et leurs不变量,捷克斯洛伐克数学。J.,11,588-625(1961)·Zbl 0118.16005号 [16] White,J.H.,《自链接和高维高斯积分》,Amer。数学杂志。,91, 693-728 (1969) ·Zbl 0193.50903号 [17] Ricca,R.L.,《弹性松弛下扭曲柔性弦的能量谱》,J.Phys。A、 282335-2352(1995)·Zbl 0858.73037号 [18] 卡拉丁,C.R。;Drew,H.R.,《理解DNA》(1992),学术出版社 [19] Zajac,E.E.,两个平面回路弹性体的稳定性,J.Appl。机械。,136-142年9月29日(1962年)·Zbl 0106.38005号 [20] Klapper,I.,扭转弹性杆动力学的生物学应用,J.Compute。物理。,125325-337(1996年)·Zbl 0846.73050号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。