Renzo L.里卡。;弗朗西丝卡·马吉奥尼 DNA建模中的多重折叠和包装。 （英语） Zbl 1137.92313号 计算。数学。申请。 55，第5期，1044-1053（2008）. 摘要：我们引入并分析了一组方程，以研究与DNA建模中闭合细丝的多重折叠和卷绕运动学相关的几何和能量方面。通过这些方程，我们证明，通过适当的扭转和扭转分布，并且与形成的线圈数量无关，可以在相对较低的能量成本下实现高度卷取。对于足够高的捻度，我们表明，当变形能是由纤维的曲率和平均捻度引起时，弹性能松弛实际上有利于卷取。我们纯粹根据曲率信息和产生的线圈数量来估计扭动过程。我们还确定了分层螺旋卷取情况下与纤维压实相关的堆积率。这些结果在DNA生物学中有着有用的应用，特别是在蛋白质区DNA包裹建模中，蛋白质区的高卷曲、高效压缩和能量定位之间有着密切的联系。 引用于2文件 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 92C05型 生物物理学 57平方米 \（3\）球体中的结和链接（MSC2010） 关键词：DNA写入;卷取;变形能;包装 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.L.Ricca}和\textit{F.Maggioni}，计算。数学。申请。55，第5号，1044--1053（2008；Zbl 1137.92313） 全文： 内政部 参考文献： [1] 贝克，D.，《蛋白质折叠的惊人简单性》，《自然》，40539-42（2000） [2] 索科利奇，M。；无锁，S.W。；Russ，W.P。；Lee，H。；加德纳，K.H。；Ranganathan，R.，《指定蛋白质折叠的进化信息》，《自然》，437512-518（2005） [3] 库仑，B。；Burton，Z.F.，DNA弯曲和包裹RNA聚合酶：描述转录机制的“革命性”模型，微生物。分子生物学。修订版，63，457-478（1999） [4] 张，P。；托拜厄斯，I。；Olson，W.K.，闭合环状DNA中蛋白质诱导结构变化的计算机模拟，《分子生物学杂志》。，242, 271-290 (1994) [5] 贝纳姆，C。；Miller，D.，闭合环状DNA的缠绕和连接密度，J.结理论分支，9577-585（2000）·Zbl 0997.57007号 [6] 院长，F.B。；Stasiak，A。；科勒，T。；Cozzarelli，N.R.，双重DNA结由大肠杆菌拓扑异构酶，I.J.生物学。化学。，260, 4975-4983 (1985) [7] Wasserman，S.A。；Cozzarelli，N.R.，通过T4拓扑异构酶进行超螺旋DNA定向打结，生物学杂志。化学。，266, 20567-20573 (1991) [8] Stasiak，A.，《环状DNA》（Semlyen，J.A.，《大环分子》（1996），John Wiley&Sons Ltd.），43-97 [9] （Cozzarelli，N.R.；Wang，J.C.，《DNA拓扑及其生物效应》（1990年），纽约州冷泉港实验室出版社：纽约州冷泉港实验室出版社） [10] Ricca，R.L.，《结构复杂性》，（Scott，A.，《非线性科学百科全书》（2005），劳特利奇：劳特利奇纽约，伦敦），885-887·Zbl 1177.00019号 [11] Vologodskii，A.V。；新泽西州克里斯奥纳。；劳里，B。；Pieranski，P。；Katritch，V。；Dubochet，J。；Stasiak，A.，DNA结和链烷的沉积和电泳迁移，《分子生物学杂志》。，278, 1-3 (1998) [12] 马吉奥尼，F。；Ricca，R.L.，《封闭细丝的卷绕和卷绕》，Proc。R.Soc.A，4623151-3166（2006）·Zbl 1149.74353号 [13] Fuller，F.B.，空间曲线的写入数，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，68815-819（1971）·兹比尔0212.26301 [14] 莫法特，H.K。；Ricca，R.L.，《螺旋性和Clugreanu不变量》，Proc。R.Soc.A，439，411-429（1992）·Zbl 0771.57013号 [15] CŐlugœreau，G.，Surles classes d’同位素des n \339'uds tridimensions et leurs不变量，捷克斯洛伐克数学。J.，11，588-625（1961）·Zbl 0118.16005号 [16] White，J.H.，《自链接和高维高斯积分》，Amer。数学杂志。，91, 693-728 (1969) ·Zbl 0193.50903号 [17] Ricca，R.L.，《弹性松弛下扭曲柔性弦的能量谱》，J.Phys。A、 282335-2352（1995）·Zbl 0858.73037号 [18] 卡拉丁，C.R。；Drew，H.R.，《理解DNA》（1992），学术出版社 [19] Zajac，E.E.，两个平面回路弹性体的稳定性，J.Appl。机械。，136-142年9月29日（1962年）·Zbl 0106.38005号 [20] Klapper，I.，扭转弹性杆动力学的生物学应用，J.Compute。物理。，125325-337（1996年）·Zbl 0846.73050号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。