杜超;库·南卡罗来纳州。 单分子实验中的统计方法。 (英语) Zbl 07292497号 统计科学。 35,第1期,75-91(2020年). 摘要:20世纪最后25年,单分子实验的出现使科学家能够实时跟踪和研究单个分子的动力学特性。与宏观系统的动力学不同,即使在没有外部噪声的情况下,单分子的动力学也只能用随机模型来正确描述。因此,统计方法在从单分子实验获得的数据中提取有关分子动力学的隐藏信息方面发挥了关键作用。在本文中,我们综述了用于分析单分子实验数据的主要统计方法。我们的讨论是根据用于描述单分子系统的随机模型的类型以及主要的实验数据收集技术来组织的。我们还强调了统计方法应用于单分子实验的挑战和未来方向。 引用于2文件 MSC公司: 62至XX 统计 关键词:自相关;连续时间马尔可夫链;扩散过程;异质性;隐马尔可夫模型;分子动力学 软件:HSMUCE公司;vbFRET公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.Du}和\textit{S.C.Kou},统计科学。35,第1号,75--91(2020;Zbl 07292497) 全文: 内政部 欧几里得 参考文献: [1] Andrec,M.、Levy,R.M.和Talaga,D.S.(2003年)。使用隐马尔可夫模型从单分子光子到达轨迹直接确定动力学速率。《物理学杂志》。化学。A 107 7454-7464。 [2] Arcizet,D.、Meier,B.、Sackmann,E.、Rädler,J.O.和Heinrich,D.(2008)。活细胞主动和被动转运的时间分析。物理学。修订稿。101 248103. [3] Ball,F.G.和Sansom,M.S.P.(1989年)。离子通道选通机制:单通道记录的模型识别和参数估计。程序。英国皇家学会。,生物科学B。236 385-416. [4] Ball,F.G.、Cai,Y.、Kadane,J.B.和O'hagan,A.(1999)。使用马尔可夫链蒙特卡罗直接从单通道记录中对离子通道选通机制进行贝叶斯推断。程序。R.Soc.伦敦。A材质455 2879-2932·兹比尔1063.62586 ·doi:10.1098/rspa.1999.0432 [5] Barry,D.和Hartigan,J.A.(1993年)。变点问题的贝叶斯分析。J.Amer。统计师。协会88 309-319·Zbl 0775.62065号 [6] Bauer,M.、Li,C.、Müllen,K.、Basché,T.和Hinze,G.(2018年)。多元时间序列中的状态转移识别(STIMTS)应用于单分子的旋转跳跃轨迹。化学杂志。物理学。149 164104. [7] Berezhkovskii,A.M.、Szabo,A.和Weiss,G.H.(2000)。经历多状态构象动力学的单分子荧光理论。《物理学杂志》。化学。乙104 3776-3780。 [8] Berglund,A.J.(2010)。基于摄像机的单粒子跟踪统计。物理学。版本E 82 011917。 [9] Bernstein,J.和Fricks,J.(2016)。使用粒子滤波分析瞬态结合的单粒子扩散。J.Theoret。生物.401 109-121·Zbl 1343.92143号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2016.04.013 [10] Blainey,P.C.、Luo,G.、Kou,S.C.、Mangel,W.F.、Verdine,G.L.、Bagchi,B.和Xie,S.X.(2009)。非特异性结合蛋白在DNA上扩散时旋转。自然结构。分子生物学。16 1224-1229. [11] Blanco,M.和Walter,N.G.(2010年)。复杂单分子FRET时间轨迹分析。《酶学方法》472 153-178。阿姆斯特丹爱思唯尔。 [12] Blanco,M.R.、Martin,J.S.、Kahlscheuer,M.L.、Krishnan,R.、Abelson,J.、Laederach,A.和Walter,N.G.(2015年)。单分子聚类分析剖析了剪接途径的构象动力学。自然方法12 1077-1084。 [13] Bokinsky,G.、Rueda,D.、Misra,V.K.、Rhodes,M.M.、Gordus,A.、Babcock,H.P.、Walter,N.G.和Zhuang,X.(2003)。RNA折叠的单分子过渡态分析。程序。国家。阿卡德。科学。美国100 9302-9307。 [14] Bosch,P.J.、Kanger,J.S.和Subramaniam,V.(2014)。单分子跟踪显微镜中动态扩散状态的分类。生物物理学。期刊107 588-598。 [15] Boysen,L.、Kempe,A.、Liebscher,V.、Munk,A.和Wittich,O.(2009年)。跳跃型最小二乘估计量的一致性和收敛速度。安。统计师。37 157-183. ·兹比尔1155.62034 ·doi:10.1214/07-AOS558 [16] Braun,J.V.、Braun,R.K.和Müller,H.-G.(2000年)。通过拟似然法进行多变化点拟合,并应用于DNA序列分割。生物特征87 301-314·Zbl 0963.62067号 ·doi:10.1093/biomet/87.2.301 [17] Brock,R.、Hink,M.A.和Jovin,T.M.(1998)。存在自体荧光的细胞的荧光相关显微镜。生物物理学。J.75 2547-2557。 [18] Bronson,J.E.、Fei,J.、Hofman,J.M.、Gonzalez Jr,R.L.和Wiggins,C.H.(2009)。生物物理时间序列的学习率和状态:模型选择和单分子FRET数据的贝叶斯方法。生物物理学。期刊97 3196-3205。 [19] Chen,Y.、Fuh,C.-D.、Kao,C.-L.和Kou,S.-C.(2019年)。通过边际似然确定隐马尔可夫模型中的状态数。预打印。 [20] Chen,Y.,Müller,J.D.,So,P.T.C.和Gratton,E.(1999)。荧光涨落光谱中的光子计数直方图。生物物理学。期刊77 553-567。 [21] Chen,Y.、Shen,K.、Shan,S.-O.和Kou,S.C.(2016)。利用层次隐马尔可夫模型分析单分子蛋白质转运实验。J.Amer。统计师。协会111 951-966。 [22] Chernoff,H.和Zacks,S.(1964年)。估计受时间变化影响的正态分布的当前平均值。安。数学。统计数字35 999-1018·Zbl 0218.62033号 ·doi:10.1214/aoms/1177700517 [23] Chib,S.(1998)。多个转换点模型的估计和比较。《计量经济学杂志》86 221-241·Zbl 1045.62510号 ·doi:10.1016/S0304-4076(97)00115-2 [24] Chung,H.S.和Gopich,I.V.(2014)。快速单分子FRET光谱:理论与实验。物理学。化学。化学。物理学。16 18644-18657. [25] Chung,S.H.和Kennedy,R.A.(1991年)。用于从噪声中提取小生物信号的前向-后向非线性滤波技术。神经科学杂志。方法40 71-86。 [26] Chung,H.S.、Louis,J.M.和Gopich,I.V.(2016)。快速折叠蛋白质单分子光子轨迹中荧光寿命和能量转移效率的分析。《物理学杂志》。化学。B 120 680-699。 [27] Chung,S.-H.、Moore,J.B.、Xia,L.、Premkumar,L.S.和Gage,P.W.(1990年)。使用基于隐马尔可夫模型的数字信号处理技术对单通道电流进行表征。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。329 265-285. [28] Chung,I.、Akita,R.、Vandlen,R.,Toomre,D.、Schlessinger,J.和Mellman,I.(2010年)。通过活细胞上的可逆二聚化对EGF受体激活的空间控制。自然464 783-787。 [29] Clausen,M.P.和Lagerholm,C.B.(2013)。通过高速量子点跟踪可视化质膜分区。纳米Lett。13 2332-2337. [30] Colquhoun,D.和Hawkes,A.G.(1981年)。关于单离子通道的随机特性。程序。英国皇家学会。,生物科学B。211 205-235. [31] Das,R.、Cairo,C.W.和Coombs,D.(2009年)。单粒子轨迹的隐马尔可夫模型量化了LFA-1和肌动蛋白细胞骨架之间的动态相互作用。公共科学图书馆计算。生物5 e1000556,16。 [32] de Gunst,M.C.M.和Schouten,B.(2003)。基于可逆跳马尔可夫链蒙特卡罗的离子通道数据隐马尔可夫模型选择。伯努利9 373-393·Zbl 1042.92011年 ·doi:10.3150/bj/106544810 [33] Del Castillo,J.和Katz,B.(1957年)。不同胆碱衍生物在终板受体上的相互作用。程序。英国皇家学会。,生物科学B。146 369-381. [34] Du,C.,Kao,C.-L.M.和Kou,S.C.(2016)。基于边缘似然的逐步信号提取。J.Amer。统计师。协会111 314-330。 [35] Du,C.和Kou,S.C.(2012年)。单个蛋白质分子酶反应的相关分析。附录申请。统计数据6 950-976·Zbl 1254.92034号 ·doi:10.1214/12-AOAS541 [36] Du,C.和Kou,S.C.(2020年)。补充“单分子实验中的统计方法”https://doi.org/10.1214/19-STS752SUPP。 [37] Elson,E.L.(2011年)。荧光相关光谱:过去、现在、未来。生物物理学。期刊101 2855-2870。 [38] Elson,E.L.和Magde,D.(1974年)。荧光相关光谱学。一、概念基础和理论。生物聚合物:生物分子的原始研究13 1-27。 [39] Enderlein,J.、Gregor,I.、Patra,D.和Fitter,J.(2005)。荧光相关光谱法测定扩散系数的统计分析。J.荧光。15 415-422. [40] English,B.P.,Min,W.,van Oijen,A.M.,Lee,K.T.,Luo,G.,Sun,H.,Cherayil,B.J.,Kou,S.C.和Xie,X.S.(2006)。不断变化的单酶分子:重温迈克利斯·曼顿方程。自然化学。生物学2 87-94。 [41] Epstein,M.、Calderhead,B.、Girolma,M.A.和Sivilotti,L.G.(2016)。离子通道模型中的贝叶斯统计推断,具有精确的遗漏事件校正。生物物理学。期刊111 333-348。 [42] Fearnhead,P.和Liu,Z.(2007)。多变化点问题的在线推理。J.R.Stat.Soc.系列。B.统计方法。69 589-605. ·Zbl 07555366号 [43] Floyd,D.L.、Harrison,S.C.和Van Oijen,A.M.(2010年)。单粒子停留时间分布中动力学中间产物的分析。生物物理学。期刊99 360-366。 [44] Fredkin,D.R.和Rice,J.A.(1992年A)。单通道膜片钳记录的贝叶斯恢复。生物计量学427-448。 [45] Fredkin,D.R.和Rice,J.A.(1992年b)。直接从单通道记录中进行最大似然估计和识别。程序。英国皇家学会。,生物科学B。249 125-132. [46] Frick,K.、Munk,A.和Sieling,H.(2014)。多尺度变化点推断。J.R.Stat.Soc.系列。B.统计方法。76 495-580. ·Zbl 1411.62065号 ·doi:10.1111/rssb.12047 [47] Gassiat,E.和Rousseau,J.(2014)。关于状态数未知的隐马尔可夫模型的后验分布。伯努利20 2039-275·Zbl 1302.62183号 ·doi:10.3150/13-BEJ550 [48] Gennerich,A.和Schild,D.(2000年)。小胞质区室中的荧光相关光谱在很大程度上取决于所使用的扩散模型。生物物理学。期刊79 3294-3306。 [49] Gin,E.、Falke,M.、Wagner,L.E.、Yule,D.I.和Sneyd,J.(2009年)。三磷酸肌醇受体单通道数据的马尔可夫链蒙特卡罗拟合。J.理论。生物学257 460-474·Zbl 1400.92184号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.12.020 [50] Gloter,A.和Jacod,J.(2001年)。具有测量误差的扩散。I.局部渐近正态性。ESAIM概率。统计数字5 225-242·Zbl 1008.60089号 ·doi:10.1051/ps:2001110 [51] Ha,T.、Enderle,T.,Ogletree,D.F.、Chemla,D.S.、Selvin,P.R.和Weiss,S.(1996)。探索两个单分子之间的相互作用:单个施主和单个受体之间的荧光共振能量转移。程序。国家。阿卡德。科学。美国93 6264-6268。 [52] Haran,G.(2004)。折叠蛋白质单分子荧光轨迹中的噪声降低。化学。物理学。307 137-145. [53] He,J.,Guo,S.-M.和Bathe,M.(2012)。荧光相关光谱数据分析的贝叶斯方法I:理论。分析。化学。84 3871-3879. [54] Hines,K.E.、Bankston,J.R.和Aldrich,R.W.(2015)。利用非参数贝叶斯推断分析单分子时间序列。生物物理学。期刊108 540-556。 [55] Hinkley,D.V.(1970年)。关于随机变量序列中变化点的推断。生物特征57 1-17·Zbl 0198.51501号 ·doi:10.1093/biomet/57.1.1 [56] Hodgson,M.E.A.和Green,P.J.(1999)。使用马尔可夫链蒙特卡罗在离子通道的马尔可夫模型中进行贝叶斯选择。程序。R.Soc.伦敦。A材料455 3425-3448·Zbl 1063.62594号 ·doi:10.1098/rspa.1999.0459 [57] Horn,R.(1987)。模型判别的统计方法。应用于乙酰胆碱受体通道的门控动力学和渗透。生物物理学。期刊51 255-263。 [58] Huet,S.、Karatekin,E.、Tran,V.S.、Fanget,I.、Cribier,S.和Henry,J.-P(2006年)。复杂轨迹中的瞬态行为分析:应用于分泌囊泡动力学。生物物理学。期刊91 3542-3559。 [59] Jeon,J.-H.和Metzler,R.(2010年)。分数布朗运动和受限几何中分数朗之万方程控制的运动。物理学。版本:E 81 021103,11。 [60] Kask,P.、Palo,K.、Fay,N.、Brand,L.、Mets,美国。,Ullmann,D.、Jungmann,J.、Pschorr,J.和Gall,K.(2000)。二维荧光强度分布分析:理论和应用。生物物理学。J.78 1703-1713年。 [61] Keller,B.G.、Kobitski,A.、Jäschke,A.、Nienhaus,G.U.和Noé,F.(2014)。单分子FRET和隐马尔可夫模型揭示的复杂RNA折叠动力学。美国化学杂志。Soc.136 4534-4543。 [62] Kepten,E.、Bronshtein,I.和Garini,Y.(2013)。改进了单粒子跟踪实验中反常扩散指数的估计。物理学。版次E 87 052713。 [63] Kepten,E.、Weron,A.、Sikora,G.、Burnecki,K.和Garini,Y.(2015)。单粒子追踪实验中反常扩散均方位移图的拟合指南。公共科学图书馆ONE 10 e0117722。 [64] Koo,P.K.和Mochrie,S.G.J.(2016)。用于揭示扩散态及其从单粒子轨道的跃迁的系统级方法。物理学。版次:E 94 052412。 [65] Koo,P.K.、Weitzman,M.、Sabanaygam,C.R.、van Golen,K.L.和Mochrie,S.G.J.(2015)。提取活细胞中Rho GTPase的扩散状态:体内生物化学。公共科学图书馆计算。生物学11 e1004297。 [66] Koppel,D.E.(1974)。荧光相关光谱的统计准确性。物理学。修订版A 10 1938。 [67] Kou,S.C.(2008年a)。纳米生物物理中的随机建模:蛋白质内的次扩散。附录申请。统计数据2 501-535·Zbl 1400.62272号 ·doi:10.1214/07-AOAS149 [68] Kou,S.C.(2008b)。纳米生物物理中的随机网络:模拟单个蛋白质的酶反应。J.Amer。统计师。协会103 961-975·兹比尔1205.62172 ·doi:10.1198/0162145000001021 [69] Kou,S.C.和Xie,X.S.(2004)。分数高斯噪声下的广义Langevin方程:单个蛋白质分子内的次扩散。物理学。修订稿。93 180603. [70] Kou,S.C.、Xie,X.S.和Liu,J.S.(2005)。单分子实验数据的贝叶斯分析。J.R.Stat.Soc.系列。C.申请。《美国联邦法律大全》第54卷第469-506页·兹比尔1490.62346 ·数字对象标识代码:10.1111/j.1467-9876.200500509.x [71] Kou,S.C.、Cherayil,B.J.、Min,W.、English,B.P.和Xie,X.S.(2005)。单分子Michaelis-Menten方程。《物理学杂志》。化学。乙109 19068-19081。 [72] Kusumi,A.、Sako,Y.和Yamamoto,M.(1993)。通过单粒子追踪(纳米显微镜)研究膜受体的受限侧向扩散。钙诱导培养上皮细胞分化的作用。生物物理学。J.65 2021-2040年。 [73] Liu,Y.、Park,J.、Dahmen,K.A.、Chemla,Y.R.和Ha,T.(2010)。时间段单分子FRET数据分析中多变量和单变量隐马尔可夫模型的比较研究。《物理学杂志》。化学。乙114 5386-5403。 [74] 鲁华平、荀立、谢晓生(1998)。单分子酶动力学。《科学》282 1877-1882。 [75] Magde,D.、Elson,E.和Webb,W.W.(1972年)。用荧光相关光谱法测量反应系统中的热力学涨落。物理学。修订稿。29 705-708. [76] McKinney,S.A.、Joo,C.和Ha,T.(2006)。使用隐马尔可夫模型分析单分子FRET轨迹。生物物理学。J.91 1941-1951年。 [77] McKinney,S.A.、Déclais,A.-C.、Lilley,D.M.J.和Ha,T.(2003)。单个空心连接的结构动力学。自然结构。分子生物学。10 93-97. [78] Meilhac,N.、Le Guyader,L.、Salome,L.和Destainville,N.(2006年)。检测单分子膜轨迹中的限制和跳跃。物理学。版次:E 73 011915。 [79] Melnykov,A.V.和Hall,K.B.(2009年)。高阶荧光相关分析的复兴:广义理论和生物化学应用。《物理学杂志》。化学。B 113 15629-15638。 [80] Meseth,U.、Wohland,T.、Rigler,R.和Vogel,H.(1999年)。荧光相关测量的分辨率。生物物理学。J.76 1619-1631。 [81] Metzler,R.和Klafter,J.(2000)。异常扩散的随机游走指南:分数动力学方法。物理学。代表339 77·兹比尔0984.82032 ·doi:10.1016/S0370-1573(00)00070-3 [82] Metzler,R.、Jeon,J.-H.、Cherstvy,A.G.和Barkai,E.(2014)。反常扩散模型及其特性:非静态性、非遍历性和单粒子追踪一百周年时的老化。物理学。化学。化学。物理学。16 24128-24164. [83] Michalet,X.(2010年)。具有定位误差的单粒子轨迹的均方位移分析:各向同性介质中的布朗运动。物理学。版本E 82 041914,13。 [84] Min,W.,English,B.,Luo,G.,Cherayil,B.,Kou,S.C.和Xie,X.S.(2005)。波动酶:单分子研究的教训。Acc.Chem.化学。第38号决议923-931。 [85] Monnier,N.、Guo,S.-M.、Mori,M.、He,J.、LéNárt,P.和Bathe,M.(2012)。基于MSD的活细胞颗粒运动分析的贝叶斯方法。生物物理学。期刊103 616-626。 [86] Monnier,N.、Barry,Z.、Park,H.Y.、Su,K.-C.、Katz,Z.,English,B.P.、Dey,A.、Pan,K.、Cheeseman,I.M.等人(2015)。推断活细胞中的瞬态粒子传输动力学。自然方法12 838-840。 [87] Müller,J.D.(2004)。荧光涨落光谱中的累积分析。生物物理学。期刊86 3981-3992。 [88] Müller,J.D.、Chen,Y.和Gratton,E.(2000)。用光子计数直方图解决单分子水平上的异质性。生物物理学。期刊78 474-486。 [89] Neher,E.和Sakmann,B.(1976年)。失神经蛙肌纤维膜记录的单通道电流。自然260 799-802。 [90] Okamoto,K.和Sako,Y.(2012年)。单分子FRET轨迹基于光子的隐马尔可夫模型的变分贝叶斯分析。生物物理学。期刊103 1315-1324。 [91] Orrit,M.、Ha,T.和Sandoghdar,V.(2014)。单分子光谱学。化学。Soc.Rev.43 973-976。 [92] Ott,M.、Shai,Y.和Haran,G.(2013年)。单粒子追踪揭示了HIV融合肽在膜中两种扩散模式之间的转换。《物理学杂志》。化学。乙117 13308-13321。 [93] Pein,F.、Sieling,H.和Munk,A.(2017)。异构更改点推断。J.R.Stat.Soc.系列。B.统计方法。79 1207-1227. ·Zbl 1373.62258号 ·doi:10.1111/rssb.12202 [94] Persson,F.、Lindén,M.、Unoson,C.和Elf,J.(2013)。从单分子追踪数据中提取细胞内扩散状态和转移速率。自然方法10 265-269。 [95] Piatt,S.和Price,A.C.(2019年)。用广义矩法分析停留时间。公共图书馆·综合14 e0197726。 [96] Qian,H.和Elson,E.L.(1990年a)。通过波动矩分析得出的分子聚集分布。程序。国家。阿卡德。科学。美国87 5479-5483。 [97] Qian,H.和Elson,E.L.(1990年b)。关于荧光涨落的高阶矩分析。生物物理学。期刊57 375-380。 [98] Qian,H.和Kou,S.C.(2014)。单分子生物物理学中的统计学和相关主题。每年。修订状态申请。1 465-492. [99] Qian,H.、Sheetz,M.P.和Elson,E.L.(1991)。单粒子跟踪。二维系统中扩散和流动的分析。生物物理学。期刊60 910-921。 [100] 秦凤(2004)。基于隐马尔可夫模型的分段k均值法恢复单通道电流。生物物理学。期刊86 1488-1501。 [101] Qin,F.、Auerbach,A.和Sachs,F.(2000a)。单通道动力学隐马尔可夫模型的直接优化方法。生物物理学。J.79 1915-1927年。 [102] Qin,F.、Auerbach,A.和Sachs,F.(2000b)。带滤波和相关噪声的单通道动力学隐马尔可夫建模。生物物理学。J.79 1928-1944年。 [103] Renner,M.、Wang,L.、Levi,S.、Hennekinne,L.和Triller,A.(2017)。使用单粒子跟踪对侧向亚扩散进行简单而有力的分析。生物物理学。J.113 2452-2463。 [104] Rosales,R.A.(2004)。用于结合状态聚合和过滤的隐马尔可夫模型的MCMC。Bull。数学。生物学66 1173-1199·Zbl 1334.92148号 ·doi:10.1016/j.bulm.2003.12.001 [105] Rosales,R.、Stark,J.A.、Fitzgerald,W.J.和Hladky,S.B.(2001)。使用隐马尔可夫模型的离子通道记录的贝叶斯恢复。生物物理学。J.80 1088-1103。 [106] Sakmann,B.(2013)。单通道录制。柏林施普林格。 [107] Saxton,M.J.(1993)。群岛中的横向扩散。单粒子扩散。生物物理学。J.64 1766-1780年。 [108] Saxton,M.J.(1994)。单篇追踪:定向传输模型。生物物理学。期刊67 2110-2119。 [109] Saxton,M.J.(1997)。单粒子追踪:扩散系数的分布。生物物理学。J.72 1744-1753年。 [110] Saxton,M.J.和Jacobson,K.(1997年)。单粒子追踪:膜动力学的应用。每年。生物物理学评论。生物摩尔。结构。26 373-399. [111] Sbalzarini,I.F.和Koumoutsakos,P.(2005)。细胞生物学中视频成像的特征点跟踪和轨迹分析。J.结构。生物学151 182-195。 [112] Schenter,G.K.、Lu,H.P.和Xie,X.S.(1999)。单分子酶动力学的统计分析和理论模型。《物理学杂志》。化学。甲103 10477-10488。 [113] Schmid,S.和Hugel,T.(2018年)。有效利用单分子时间轨迹来解决动力学速率、模型和不确定性。化学杂志。物理学。148 123312. [114] Schmidt,T.、Schütz,G.J.、Baumgartner,W.、Gruber,H.J.和Schindler,H.(1996)。单分子扩散成像。程序。国家。阿卡德。科学。美国93 2926-2929。 [115] Schröder,G.F.和Grubmüller,H.(2003)。单分子荧光共振能量转移实验的最大似然轨迹。化学杂志。物理学。119 9920-9924. [116] Siekmann,I.、Sneyd,J.和Crampin,E.J.(2014)。离子通道中模式选通的统计分析。程序。R.Soc.A 470 20140030。 [117] Siekmann,I.、Wagner II,L.E.、Yule,D.、Fox,C.、Bryant,D.、Crampin,E.J.和Sneyd,J.(2011)。离子通道马尔可夫模型的MCMC估计。生物物理学。J.100 1919-1929年。 [118] Sikora,G.、Kepten,E.、Weron,A.、Balcerek,M.和Burnecki,K.(2017a)。一种提取分数动力学测量误差大小的有效算法。物理学。化学。化学。物理学。19 26566-26581. [119] Sikora,G.、Teuerle,M.、Wyłomaánska,A.和Grebenkov,D.(2017b)。基于时间平均均方位移的反常标度指数估计器的统计特性。物理学。版次:E 96 022132。 [120] Simson,R.、Sheets,E.D.和Jacobson,K.(1995)。使用单粒子追踪分析检测膜蛋白的临时侧向限制。生物物理学。期刊69 989-993。 [121] Slator,P.J.和Burroughs,N.J.(2018年)。用于检测单粒子跟踪轨迹中约束的隐马尔可夫模型。生物物理学。J.115 1741-1754。 [122] Slator,P.J.、Cairo,C.W.和Burroughs,N.J.(2015)。使用带有测量噪声传播的隐马尔可夫模型检测单粒子跟踪轨迹中的扩散不均匀性。公共科学图书馆ONE 10 e0140759。 [123] Smith,A.F.M.(1975)。用贝叶斯方法推断随机变量序列中的变化点。生物特征62 407-416·Zbl 0321.62041号 ·doi:10.1093/biomet/62.2.407 [124] Suh,J.、Choy,K.-L.、Lai,S.K.、Suk,J.S.、Tang,B.C.、Prabhu,S.和Hanes,J.(2007)。纳米粒子的聚乙二醇化可改善其细胞质转运。国际纳米医学杂志。2 735-741. [125] Sun,G.、Guo,S.-M.、Teh,C.、Korzh,V.、Bathe,M.和Wohland,T.(2015)。贝叶斯模型选择应用于荧光蛋白体内外荧光相关光谱数据的分析。分析。化学。87 4326-4333. [126] Taylor,J.N.、Makarov,D.E.和Landes,C.F.(2010年)。用小波和贝叶斯推理对单分子FRET轨迹进行去噪。生物物理学。期刊98 164-173。 [127] Tsekouras,K.、Custer,T.C.、Jashnsaz,H.、Walter,N.G.和Pressé,S.(2016)。一种通过光漂白精确定位和计数大量台阶的新方法。分子生物学。手机27 3601-3615。 [128] VanDongen,A.M.(1996)。一种新的算法,用于理想化包含多个未知电导水平的单离子通道数据。生物物理学。期刊70 1303-1315。 [129] van de Meent,J.-W.、Bronson,J.E.、Wiggins,C.H.和Gonzalez Jr,R.L.(2014)。经验贝叶斯方法支持单分子FRET实验的高级人群级分析。生物物理学。期刊106 1327-1337。 [130] Venkataramanan,L.、Kuc,R.和Sigworth,F.J.(1998年)。离子通道电流隐马尔可夫模型的识别。二、。取决于状态的过度噪声。IEEE传输。信号处理。46 1916-1929. [131] Venkataramanan,L.、Walsh,J.L.、Kuc,R.和Sigworth,F.J.(1998年)。离子通道电流隐马尔可夫模型的识别。I.彩色背景噪音。IEEE传输。信号处理。46 1901-1915. [132] Vestergaard,C.L.、Blainey,P.C.和Flyvbjerg,H.(2014)。单粒子轨道扩散系数的最佳估计。物理学。版次:E 89 022726。 [133] Wagner,T.、Kroll,A.、Haramagatti,C.R.、Lipinski,H.-G.和Wiemann,M.(2017)。细胞微环境中纳米颗粒扩散轨迹的分类和分割。公共科学图书馆ONE 12 e0170165。 [134] Wohland,T.、Rigler,R.和Vogel,H.(2001)。荧光相关光谱的标准偏差。生物物理学。期刊80 2987-2999。 [135] Wu,B.和Müller,J.D.(2005)。荧光涨落光谱中的时间积分荧光累积量分析。生物物理学。期刊89 2721-2735。 [136] Wu,Z.、Bi,H.、Pan,S.、Meng,L.和Zhao,X.S.(2016)。考虑三阶关联确定荧光相关光谱中的平衡常数和相对亮度。《物理学杂志》。化学。乙120 11674-11682。 [137] Yang,S.和Cao,J.(2001)。单分子动力学中的双事件回声:构象起伏的特征。《物理学杂志》。化学。乙105 6536-6549。 [138] Yang,H.和Xie,X.S.(2002)。逐光子探测单分子动力学的统计方法。化学。物理学。284 423-437. [139] Yang,H.、Luo,G.、Karnchanaphnurach,P.、Louie,T.-M.、Rech,I.、Cova,S.、Xun,L.和Xie,X.S.(2003)。通过单分子电子转移研究蛋白质构象动力学。科学302 262-266。 [140] Yao,Y.C.(1988)。通过Schwarz标准估计转换点的数量。统计师。普罗巴伯。莱特。6 181-189. ·Zbl 0642.62016号 ·doi:10.1016/0167-7152(88)90118-6 [141] Yin,S.、Song,N.和Yang,H.(2018年)。单粒子轨迹中速度和扩散系数变化点的检测。生物物理学。期刊115 217-229。 [142] Zhang,T.和Kou,S.C.(2010年)。基于核方法的双随机泊松过程数据的非参数推断。附录申请。统计数据4 1913-1941·Zbl 1220.62037号 ·doi:10.1214/10-AOAS352 [143] Zhang,N.R.和Siegmund,D.O.(2007)。一种改进的贝叶斯信息准则,用于比较基因组杂交数据的分析。生物统计学63 22-32309·Zbl 1206.62174号 ·文件编号:10.1111/j.1541-0420.2006.00662.x [144] 庄,X.、Bartley,L.E.、Babcock,H.P.、Russell,R.、Ha,T.、Herschlag,D.和Chu,S.(2000)。RNA催化和折叠的单分子研究。科学288 2048-2051。 [145] 庄,X.、金,H.、佩雷拉,M.J.B.、巴布科克,H.P.、沃尔特,N.G.和楚,S.(2002)。单个核酶分子的结构动力学和功能相关。科学296 1473-1476。 [146] Zwanzig,R。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。