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候选振荡和多稳态生化系统的结构分类。 (英语) 兹比尔1329.92041

摘要:分子系统是不确定的:反应参数的可变性和未知相互作用的存在会削弱固体数学模型的预测能力。然而,在不详细了解模型的具体参数的情况下,通常可以对模型的容许动力学行为得出强有力的结论。例如,在具有符号定义雅可比矩阵的系统中,与著名的托马斯猜想相关的基于循环的准则已被广泛用于表征振荡和多稳态动态结果。我们在大量文献的基础上,利用无参数准则识别潜在振荡和多稳态行为。我们提出了一种对符号定义的非自催化生化网络的分类,总结了文献中的一些现有结果。我们称之为弱(强)候选振子系统,它可能(唯一地)由于存在一对复特征值而转变为不稳定,而我们称其为弱(强大)候选多稳态系统,即那些可能(唯一)由于存在实特征值而转变为不稳定的系统。对于每个类别,我们提供了基于相关符号图中正循环和负循环的唯一或同时存在的特征。生化网络的大多数现实例子都落在既有正循环又有负循环的系统的灰色区域:因此,振荡和双稳态行为在原则上都是可能的。然而,许多表现出振荡或双稳态的典型示例电路属于强候选振荡器/多稳态系统的范畴,这与我们的结果一致。

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92C40型 生物化学、分子生物学
92立方厘米 系统生物学、网络
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