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微分等价的符号计算。 (英语) Zbl 1425.68463号

概述:常微分方程(ODE)广泛应用于许多自然科学,包括化学、生态学和系统生物学,以及控制理论和电气工程等学科。基于著名的“分子即过程”范式,它们在计算机科学中越来越受欢迎,使用高级语言和形式化方法,如Petri网、进程代数和解释为ODE的基于规则的系统。
我们考虑自动比较和最小化ODE的问题。受编程理论中传统方法的影响,我们提出微分等价关系。我们将它们作为一种基本的中间语言进行研究,对于这种语言,我们有可判定的结果,这些结果可以被一类高级规范所针对。ODE隐含地表示不可数的状态空间,因此不能从已建立的领域借用推理技术,例如具有有限状态马尔可夫链语义的概率程序。我们提供新颖象征的通过使用可满足性模理论的分区细化算法检查等价性并计算最大值的过程。我们通过证明微分等价性包括(i)众所周知的连续时间马尔可夫链最小化概念(集总性),(ii)作者最近提出的化学反应网络的互模拟[LIPIcs–Leibniz Int.Proc.Inform.42,226–239(2015;Zbl 1374.68204号)],以及(iii)具有ODE语义的进程代数的行为关系。使用ERODE(实现我们的技术的工具),我们能够从文献中检测出生物化学模型中的等价物,而这些等价物无法使用竞争性的自动技术进行简化。

MSC公司:

68瓦30 符号计算和代数计算
34个C99 常微分方程的定性理论
68号30 软件工程的数学方面(规范、验证、度量、需求等)
68问题55 计算理论中的语义学
60年第68季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等)
92C40型 生物化学、分子生物学
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参考文献:

[1] 酵母中的MAPK级联–Ste5的二聚化,可在
[2] Antoulas,A.,《大尺度动力系统近似》,《设计与控制进展》(2005),SIAM·Zbl 1112.93002号
[3] 美国阿斯彻。;Petzold,L.R.,常微分方程和微分代数方程的计算机方法(1988),SIAM
[4] 阿齐兹,A。;Sanwal,K。;Singhal,V。;Brayton,R.,模型检验连续时间马尔可夫链,ACM Trans。计算。日志。,1, 1, 162-170 (2000) ·Zbl 1365.68313号
[5] 拜尔,C。;Katoen,J.-P.,《模型检验原理》(2008),麻省理工学院出版社·Zbl 1179.68076号
[6] 拜尔,C。;Engelen,B。;Majster-Cederbaum,M.E.,《确定概率过程的双相似性和相似性》,J.Compute。系统。科学。,60, 1, 187-231 (2000) ·Zbl 1073.68690号
[7] 巴雷特,C。;塞巴斯蒂亚尼,R。;Seshia,S.A。;Cesare Tinelli Clark Barrett,S.A.S。;罗伯托·塞巴斯蒂亚尼;Tinelli,C.,可满足性模理论,(可满足性手册。可满足性指南,人工智能和应用前沿,第185卷(2009年),IOS出版社)
[8] Barua,D。;Goldstein,B.,早期Fc(ε)RI信号传递的机制模型:脂筏和脱磷酸化保护问题,PLoS ONE,7,12(2012)
[9] Berdine,J。;Bjørner,N.,通过基于SMT的分区精化计算所有隐含等式,(自动推理。自动推理,LNCS,第8562卷(2014),施普林格),168-183·Zbl 1423.68408号
[10] Bernardo,M.,《马尔科夫行为等效性调查》,(绩效评估的形式方法。绩效评估的正式方法,LNCS,第4486卷(2007),Springer),180-219·Zbl 1323.68402号
[11] 布林诺夫,M.L。;Faeder,J.R。;戈德斯坦,B。;Hlavacek,W.S.,BioNetGen:基于分子域相互作用的信号转导规则建模软件,生物信息学,20,17,3289-3291(2004)
[12] Boreale,M.,《代数、余代数和多项式微分方程中的最小化》(FOSSACS(2017)),71-87·Zbl 1486.68109号
[13] 布拉德利,J.T。;Knottenbelt,W.J.,《PEPA模型分析的ipc/hydra工具链》(QEST(2004)),334-335
[14] Buchholz,P.,有限马尔可夫链中的精确和普通集总性,J.Appl。概率。,31, 1, 59-75 (1994) ·Zbl 0796.60073号
[15] Buchholz,P.,《精确性能等价:随机自动机的等价关系》,Theor。计算。科学。,215, 1-2, 263-287 (1999) ·Zbl 0913.68141号
[16] Calzone,L。;Fages,F。;Soliman,S.,《BIOCHAM:一个模拟生物系统和形式化实验知识的环境》,生物信息学,22,14,1805-1807(2006)
[17] Camporesi,F。;Feret,J.,基于规则模型的形式化约简,Electron。注释Theor。计算。科学。,276, 29-59 (2011) ·Zbl 1342.68076号
[18] 坎波雷西,F。;Feret,J。;Koeppl,H。;Petrov,T.,《结合模型简化》,Electron。注释Theor。计算。科学。,265、73-96(2010年)·Zbl 1342.68077号
[19] Camporesi,F。;Feret,J。;Lí,K.Q.,Kade:一种将kappa规则编译为(简化)ODE模型的工具,(CMSB(2017)),291-299
[20] Cardelli,L.,《关于处理速率语义》,Theor。计算。科学。,391, 3, 190-215 (2008) ·Zbl 1133.68054号
[21] Cardelli,L.,结构与功能耦合的反应网络形态,BMC系统。生物学,8,1,84(2014)
[22] Cardelli,L。;Csikász-Nagy,A.,细胞周期开关计算近似多数,Sci。代表,2(2012年)
[23] Cardelli,L。;特里巴斯顿,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,化学反应网络的正向和反向互模拟,(CONCUR(2015)),226-239·Zbl 1374.68204号
[24] Cardelli,L。;特里巴斯顿,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,微分等价的符号计算,(POPL(2016)),137-150·Zbl 1347.68258号
[25] Cardelli,L。;Tribastone,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,《微分方程的高效语法驱动集总》(TACAS 2016(2016)),93-111·Zbl 1420.68241号
[26] Cardelli,L。;特里巴斯顿,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,《比较化学反应网络:分类和算法视角》(LICS(2016)),485-494·Zbl 1392.68188号
[27] Cardelli,L。;特里巴斯通,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,多项式动力系统的最大聚集,Proc。国家。阿卡德。科学。(2017)
[28] Cardelli,L。;特里巴斯通,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin ERODE,A.,评估和简化常微分方程的工具,(TACAS 2017(2017)),310-328
[29] Cardelli,L。;特里巴斯顿,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin,A.,《比较化学反应网络:分类和算法视角》(理论计算机科学(2017))
[30] Cardelli,L。;Tribastone,M。;Tschaikowski先生。;Vandin,A.,通过可达性分析得出的近似模型抽象的保证误差界,(QEST(2018)),104-121·Zbl 07703951号
[31] 乔切塔,F。;Hillston,J.,《生物-PEPA:生物系统建模和分析框架》,Theor。计算。科学。,410, 33-34, 3065-3084 (2009) ·Zbl 1173.68041号
[32] 科尔文,J。;莫宁,M.I。;Faeder,J.R。;拉瓦切克,W.S。;霍夫,D.D.V。;Posner,R.G.,《大规模基于规则模型的模拟》,生物信息学,25,7,910-917(2009)
[33] 科尔文,J。;莫宁,M.I。;Gutenkunst,R.N。;拉瓦切克,W.S。;霍夫,D.D.V。;Posner,R.G.,Rulemonkey:基于规则模型的随机模拟软件,BMC Bioninform。,11, 404 (2010)
[34] Conzelmann,H。;Saez-Rodriguez,J。;Sauter,T。;科洛登科,B。;Gilles,E.,《降低信号转导网络组合复杂性的面向域方法》,BMC Bioninform。,7,1,34(2006年)
[35] Conzelmann,H。;费伊,D。;Gilles,E.,组合反应网络的精确模型简化,BMC系统。生物学,2,1,78(2008)
[36] Danos,V。;Laneve,C.,《形式分子生物学》,Theor。计算。科学。,325, 1, 69-110 (2004) ·Zbl 1071.68041号
[37] Danos,V。;Desharnais,J。;Laviolette,F。;Panangaden,P.,概率系统的互模拟和同余,信息计算。,2044503-523(2006年)·Zbl 1110.68083号
[38] Danos,V。;Feret,J。;Fontana,W。;哈默,R。;Krivine,J.,《抽象基于规则的模型的差异语义:精确和自动模型简化》(LICS(2010)),362-381
[39] 大卫·R。;Alla,H.,离散、连续和混合Petri网(2005),Springer·Zbl 1074.93002号
[40] De Moura,L。;Björner,N.,Z3:高效SMT求解器(TACAS(2008)),337-340
[41] 德尼古拉,R。;拉特拉,D。;洛雷蒂,M。;Massink,M.,随机过程计算的统一定义,ACM计算。调查。,46,1,第5条pp.(2013)·Zbl 1288.68184号
[42] Dehnert,C。;Katoen,J.-P。;Parker,D.,基于SMT的马尔可夫模型互模拟最小化,(VMCAI.VMCAI,LNCS,vol.7737(2013)),28-47·Zbl 1426.68168号
[43] 德里萨维,S。;Hermanns,H。;Sanders,W.H.,马尔可夫链中的最优状态空间集总,Inf.过程。莱特。,87, 6, 309-315 (2003) ·Zbl 1189.68039号
[44] 费德,J.R。;拉瓦切克,W.S。;雷希尔,I。;布林诺夫,M.L。;梅茨格,H。;雷东多,A。;沃夫西,C。;Goldstein,B.,使用详细的数学模型研究Fc(ε)RI介导的信号传导中的早期事件,J.Immunol。,170, 7, 3769-3781 (2003)
[45] Feret,J.,《基于碎片的模型简化:一些案例研究》,电子。注释Theor。计算。科学。,268, 77-96 (2010) ·Zbl 1283.92062号
[46] Feret,J.,《在基于规则的模型中推断和使用对称性的代数方法》,Electron。注释Theor。计算。科学。,316,45-65(2015)·Zbl 1352.92050
[47] Feret,J。;Danos,V。;Krivine,J。;哈默,R。;Fontana,W.,分子系统的内部粗粒度,Proc。国家。阿卡德。科学。,106, 16, 6453-6458 (2009)
[48] Feret,J。;Henzinger,T。;Koeppl,H。;Petrov,T.,基于规则系统的集总抽象,Theor。计算。科学。,431, 137-164 (2012) ·Zbl 1267.68153号
[49] 费希尔,J。;Henzinger,T.,可执行细胞生物学,国家生物技术。,25, 11, 1239-1249 (2007)
[50] Galpin,V.,《PEPA模型和Petri网的连续近似》,国际计算机杂志。辅助工程技术。,2, 324-339 (2010)
[51] 高,S。;孔,S。;Clarke,E.,可满足模ODE,(FMCAD(2013)),105-112
[52] Ghorbal,K。;Platzer,A.,用微分根不变量表征代数不变量,(TACAS(2014)),279-294
[53] Gu,C.,QLMOR:一种基于投影的非线性模型降阶方法,使用非线性系统的二次线性表示,IEEE Trans。计算-辅助设计。集成。电路系统。,30, 9, 1307-1320 (2011)
[54] Gulwani,S。;Jha,S。;Tiwari,A。;Venkatesan,R.,《无环程序的合成》(PLDI(2011)),第62-73页
[55] 海登,R.A。;Bradley,J.T.,马尔科夫过程代数的流体分析框架,Theor。计算。科学。,411, 22-24, 2260-2297 (2010) ·Zbl 1334.68151号
[56] 海纳,M。;吉尔伯特,D。;Donaldson,R.,系统和合成生物学的Petri网,(计算系统生物学的形式方法。计算系统生物学形式方法,LNCS,第5016卷(2008),Springer),215-264·Zbl 1137.68302号
[57] Hermanns,H。;Rettelbach,M.,MTIPP的语法、语义、等价性和公理,(过程代数和概率方法论文集。过程代数和概率方法论文集,爱尔兰根(1994)),71-87
[58] Hermanns,H。;Siegle,M.,随机过程代数的互模拟算法及其基于BDD的实现,(ARTS(1999)),244-264
[59] Hillston,J.,《绩效建模的组合方法》(1996),剑桥大学出版社
[60] Hillston,J.,《PEPA模型的流体流动近似》(QEST(2005年9月),33-43
[61] Huynh,D.T。;Tian,L.,关于概率过程的一些等价关系,Fundam。通知。,17, 3, 211-234 (1992) ·Zbl 0766.68099号
[62] 亚科贝利,G。;特里巴斯顿,M。;Vandin,A.,马尔科夫过程代数的微分互模拟,(MFCS(2015)),293-306·Zbl 1465.68195号
[63] 约万诺维奇,D。;de Moura,L.M.,《解决非线性算法》(IJCAR(2012)),339-354·Zbl 1358.68257号
[64] Kanellakis,P.C。;Smolka,S.A.,《CCS表达式、有限状态过程和三个等价问题》,Inf.Comput。,86, 1, 43-68 (1990) ·Zbl 0705.68063号
[65] Kemeny,J。;斯内尔,J.,《有限马尔可夫链》(1976),施普林格:施普林格纽约,海德堡,柏林·Zbl 0328.60035号
[66] Kocieniewski,P。;费德,J.R。;Lipniacki,T.,MAPK通路中双重磷酸化和支架的相互作用,J.Theor。生物学,295116-124(2012)·Zbl 1336.92033号
[67] Köksal,美国。;昆卡,V。;Suter,P.,约束作为控制,(POPL(2012)),151-164
[68] Kwiatkowska,M。;诺曼,G。;Parker,D.,Prism 4.0:概率实时系统验证,(CAV(2011)),585-591
[69] Kwiatkowski,M。;Stark,I.,《连续pi-calculus:生化建模的过程代数》(CMSB(2008)),103-122
[70] Larsen,K.G。;Skou,A.,通过概率测试的互模拟,Inf.Comput。,94, 1, 1-28 (1991) ·兹伯利0756.68035
[71] 李,Y。;Albarghouthi,A。;金凯,Z。;Gurfinkel,A。;Chechik,M.,《使用SMT求解器的符号优化》(POPL(2014)),第607-618页·Zbl 1284.68410号
[72] Mover,S.公司。;Cimatti,A。;Tiwari,A。;Tonetta,S.,《混合系统的时间软件关系抽象》(EMSOFT(2013)),1-10
[73] M.长崎。;Onami,S。;宫野,S。;Kitano,H.,《生物演算:概念和分子相互作用》,《基因组信息》。,10, 133-143 (1999)
[74] Nelson,D.L。;Cox,M.M.,Lehninger生物化学原理(2013),Palgrave Macmillan
[75] Norris,J.,Markov Chains,《剑桥统计与概率数学丛书》(1998),剑桥大学出版社·Zbl 0938.60058号
[76] 奥基诺,M.S。;Mavrovouniotis,M.L.,化学反应系统数学模型的简化,化学。修订版,2,98,391-408(1998)
[77] 佩奇,R。;Tarjan,R.,三分区优化算法,SIAM J.Compute。,16, 6, 973-989 (1987) ·兹伯利0654.68072
[78] Pappas,G.J.,双相似线性系统,Automatica,39,12,2035-2047(2003)·Zbl 1045.93033号
[79] 佩德森,M。;Plotkin,G.,《生物化学系统的语言:设计和形式规范》,(《计算系统生物学汇刊》第十二期。《计算系统生物学汇刊》第十二期,LNCS,第5945卷(2010年),施普林格出版社),77-145·Zbl 1275.92020年
[80] Pierro,A.D。;汉金,C。;Wiklicky,H.,定量关系和近似过程等效性,(CONCUR(2003)),498-512
[81] Platzer,A。;Tan,Y.K.,微分方程公理化:微分幽灵的强大力量(LICS(2018)),819-828·Zbl 1453.03026号
[82] 雷格夫,A。;Shapiro,E.,细胞抽象:细胞作为计算,自然,419,6905,343(2002)
[83] 桑卡拉纳拉亚南,S。;Tiwari,A.,连续和混合系统的关系抽象,(CAV(2011)),686-702
[84] 斯内登,M.W。;Faeder,J.R。;Emonet,T.,《使用NFsim的生物复杂性的高效建模、模拟和粗粒度》,《自然方法》,8,2,177-183(2011)
[85] 斯普洛斯顿,J。;Donatelli,S.,《马尔可夫链模型检验中的向后互模拟》,IEEE Trans。柔和。工程,32,8,531-546(2006)
[86] Stewart,W.J.,《概率、马尔可夫链、队列和模拟》(2009),普林斯顿大学出版社·Zbl 1176.60003号
[87] 苏德曼,R。;Deeds,E.J.,《机器与集合:通过异质蛋白质复合物集的有效MAPK信号传递》,PLoS Compute。生物学,9,10,文章e1003278 pp.(2013),10
[88] Tognazzi,S。;Tribastone,M。;柴可夫斯基,M。;Vandin EGAC,A.,《比较化学反应网络的遗传算法》(The genetic and Evolutionary Computation Conference(GECCO)(2017)),出版社
[89] 托斯,J。;李·G。;拉比茨,H。;Tomlin,A.S.,《集总和膨胀对动力学微分方程的影响》,SIAM J.Appl。数学。,57, 6, 1531-1556 (1997) ·Zbl 0891.34030号
[90] Tribastone,M.,分层排队网络的流体模型,IEEE Trans。柔和。工程师,39,6,744-756(2013)
[91] 特里巴斯通,M。;吉尔摩,S。;Hillston,J.,过程代数模型的可缩放微分分析,IEEE Trans。柔和。工程师,38,1,205-219(2012)
[92] 柴可夫斯基,M。;Tribastone,M.,马尔可夫过程代数的精确流体集块性,(CONCUR(2012)),380-394·Zbl 1364.68297号
[93] 柴可夫斯基,M。;Tribastone,M.,处理马尔科夫过程代数中的连续状态空间爆炸,Theor。计算。科学。,517, 1-33 (2014) ·Zbl 1358.68219号
[94] 柴可夫斯基,M。;Tribastone,M.,《马尔科夫过程代数中微分聚合的统一框架》,J.Log。代数方法程序。,84238-258(2015)·Zbl 1319.68151号
[95] Valmari,A。;Franceschinis,G.,《简单(O(m\log n)时间马尔可夫链集总》,(TACAS(2010)),38-52·Zbl 1284.68437号
[96] van der Schaft,A.J.,《通过互模拟实现动力系统的等效性》,IEEE Trans。自动。控制,49(2004)·Zbl 1365.93212号
[97] Voit,E.O.,《生物化学系统理论:综述》,ISRN生物数学。,2013, 53 (2013) ·Zbl 1268.92045号
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